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From EosPedia
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Contents

Welcome to Eospedia

We started the new manual site of Eos for only few people at 05 Nov. 2010. We would like to summarize knowledges about Eos.

Old Eos pages are here.

Now this Eospedia is under construction. Eospedia.ja has also opend here. Japanese version of Eospedia has more information than this Eospedia in English.

Beginner's Guid

What is Eos ?

We here describe what is Eos.

=== How to use Eos Commands We here describe commands of Eos by CUI.

===How to use Eos by Makefile We here describe how to integrate commands using make

List of command

We here show all of commands Eos supplies.

===[[Functional Order of Commands]Functional order of Eos command list] We here show functional order of Eos commands.

Installation

Download

1. tarball [1] 2. git from SourceFoge [2] 3. (PIONE) github or gem 3.1 gem (ruby)

$ gem install pione

3.2 git from github

$ git clone https://github.com/pione/pione.git

How to install Eos

We here describe how to install Eos.

Installation of PIONE

We here describe how to install a new process flow control system, PIONE. PIONE has been developed on "github".

Eos reference

[Integration Commands|Integration commands supplied by Eos]]

We here describe integration commands supplied by Eos, one of the support Eos supplies.

Integration comannd : PIONE

We here describe PIONE.

Eos tutorial 

How to set Eos environment 

最初にEosのインストール方法を簡単に説明します。詳細は、Eosのインストール方法の詳細をご覧下さい。

Eosでのコマンドの取り扱い 

Eosのコマンドの簡単な使い方を説明します。詳細は、コマンドの詳細をご覧下さい。Eosでは、基本はCUIを使ったコマンドの実行により画像処理を進めます。その結果は、ファイルとして保存され、その内容を確認することが出来ます。

Eosでの画像の取り扱い 

Eosで取り扱うことのできる画像フォーマットと一般的な画像フォーマットからの変換方法を示します。

Eosを使った簡単な画像処理 

Eosを使った簡単な画像処理を実行してもらいます。

CTF画像補正 

電子顕微鏡画像では、その撮影方法に由来して、コントラストが大きく変調を受けています。ここでは、その画像のコントラストの変調を補正する方法を示します。

単粒子解析の基礎 

 ここでは、単粒子解析の基礎を行います。実際の単粒子解析は、粒子の形やその対称性などを使って探索方法や3次元再構成法を切り替えることができます。

単粒子解析の概要

 単粒子解析の概要を示します。

粒子の抽出

 まず、単粒子を抽出します。ここでは、手動で切り出す方法を示します。自動で切り出す方法も各種提案されています。

2次元画像の分類

 2次元画像を分類して、SN比を上げます。

参照像があるときの投影角の決定方法

 参照像があるときの投影角の決定方法を説明します。参照像としては、単なる球や楕円体などとすることもあり得ます。参照像がない場合の構造解析法も別途存在しています。

3次元再構成・逆投影法

 3次元再構成自身を解説します。

可視化ツール

 できあがった三次元像を可視化するためのツールを紹介します。


電子線トモグラフィー

 電子線トモグラフィーとは、同一視野の連続傾斜像から、その視野の3次元画像を再構成する方法です。細胞内の構造や構造多型性をもつタンパク質の構造解析に有効な方法です。

電子線トモグラフィーの概要

 電子線トモグラフィー法は、同一視野の傾斜シリーズ画像のセットから3次元像を再構成する方法です。ここではその概要を述べます。

画像の補正

 傾斜画像では、視野全体がアンダーフォーカスとなるように、通常の電子顕微鏡撮影よりも大きなデフォカース値をとる場合が多いです。その場合、LaB6などの電子銃では第一トーンリングより外側の情報がほとんど無いために、CTF補正等は必要ありませんが、電界放出銃を利用した場合には、場合によっては間違った情報を与える場合があるので注意が必要です。

ラフ・アラインメント

 傾斜画像の中心付近の画像の相関から、それぞれの傾斜画像の大まかな位置を合わせます。

アラインメント

 傾斜画像の軸の位置、角度を出来る限り一致させます。

3次元再構成

 2次元画像のセットから3次元画像を再構成します。

画像のもつ問題点

 全方位からの投影像を得られないために、ミッシングエリアとよばれる情報がない領域があります。そのため、方向依存でのボケを生じます。

画像の解釈

 また、多様な構造を含むため、3次元画像から興味あるセグメントを切り出すなどの作業が必要です。そのための支援ソフトウェアが必要です。

備考

 上記のチュートリアル・ページは、2012/09/10-11 単粒子解析Workshopでの資料を元に作成したものです。 今後もこのサイトを充実させ、ワークショップ等で利用していきたいと考えています。



Developers' Guide of Eos

For Eos System Developers

Eos System Architecture

Eos System Commands

Eosにおける開発(開発者向け)

Eosの構造

 Eosの構造(Architecture)について述べます。

Eosの開発

 SourceForgeからクローンを作成し、localで新規ツールなどを開発した後、SourceForgeに登録するまでの流れを示します。

ツールの開発

ツールの作り方

 Eosの上でのSmall Tools(コマンド群)の作り方について述べます。

簡単なプログラム例

 Eosの上でのSmall Tools(コマンド群)の簡単なプログラム例について述べます。

ライブラリ(API)の作り方

 Eosの上でのオブジェクト指向型ライブラリAPI)の作り方について述べます。

ライブラリ(API)一覧

 Eosの上でのオブジェクト指向型ライブラリAPI)の一覧です。

機能別ライブラリ(API)一覧

 Eosの上での機能別に分類されたオブジェクト指向型ライブラリAPI)の一覧です。

統合コマンドの作り方

 統合コマンドの作り方を示します。

Makefileによる統合

 Makefileを用いた統合方法について示します。Visualmakeは自動的に簡易型のGUIを提供します。

PIONEによる統合

 分散環境(クラウド環境)に対応したプロセス定義書PIONEを用いた統合方法について示します。

bashによる統合

 bashなどのスクリプト言語による統合方法について示します。

統合コマンドによる統合

 Display2, smolet, EosなどのTcl/Tk型の統合コマンドによる統合, ctfDisplay等のRuby型の統合コマンドによる統合,molvieなどのC言語型の統合コマンドによる統合、などの各種方法について示します。

画像処理

画像処理一般

 ここでは画像処理一般に関する話をまとめています。

電子顕微鏡画像処理

 電子顕微鏡画像処理に関する話をまとめています。

モンタージュ

CTF補正

3次元画像の位置合わせ

シリアル画像の位置合わせ

電子顕微鏡

 ここでは電子顕微鏡に関する基礎、FAQ、TIPSをまとめておきます。

電子銃

 電子顕微鏡の電子線源である電子銃についての解説です。

電子レンズ

 透過電子顕微鏡の光学系、及び、レンズの仕組みに関する解説です。

透過型電子顕微鏡のコントラスト

 透過型電子顕微鏡(TEM)がつくるコントラストに関する解説です。

走査型透過電子顕微鏡のコントラスト

 走査型透過電子顕微鏡(STEM)がつくるコントラストに関する解説です。

走査型電子顕微鏡のコントラスト

 走査型電子顕微鏡(SEM)がつくるコントラストに関する解説です。

クライオ電子顕微鏡法

 クライオ電子顕微鏡法に関する解説です。

電子顕微鏡のFAQ

 電子顕微鏡に関するよくある質問に対する回答です。

電子顕微鏡のTIPS

 電子顕微鏡を利用する際などのTIPSをまとめることにしました。

Eosの今後の発展(ロードマップ)について

 Eosの今後の開発方針(ロードマップ)について述べます。


FAQ

 よくある質問をまとめました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

EosのTIPS

 よくある画像処理法をまとめてました。まだまだ不十分ですが、少しずつ増やしていきたいと思います。

Eos関連ソフトウェアのTIPS

 Eosに関連するソフトウェアの使い方をまとめています。

Why we have been developing Eos/PIONE ?

Comparing the date when Eos was born, 1996, many types of software for electron micrographs have been developed and used for more users and biologist. Nonetheless, we also ask ourselves the reason why we have been developing and maintenance Eos. We will note Why Eos by Yasunaga.

Eos User Group

 Eosを利用する上での情報共有の場を、仮にFacebookの上に作りました。参加されたい方は、facebook上で登録をお願いします。

About a symbol mark of Eos

Now we plan to make a symbol mark of Eos. If you have some ideas about Eos symbol, please send us yours.

If you want to know how to use mediawiki, please refer to User's Guid

External link

How to use mediawiki