CTF estimationジョブのSTARファイル

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micrographs_ctf.star

CtfFind/job<ジョブ番号>/ に生成されるSTARファイルです。

(特に失敗せずtutorialを進めればCtfFind/job003になっています。以下の例では諸事情によりjob007になっています。)

# RELION; version 3.0.5

data_

loop_ 
_rlnMicrographName #1 
_rlnCtfImage #2 
_rlnDefocusU #3 
_rlnDefocusV #4 
_rlnCtfAstigmatism #5 
_rlnDefocusAngle #6 
_rlnVoltage #7 
_rlnSphericalAberration #8 
_rlnAmplitudeContrast #9 
_rlnMagnification #10 
_rlnDetectorPixelSize #11 
_rlnCtfFigureOfMerit #12 
_rlnCtfMaxResolution #13 
MotionCorr/job002/Movies/20170629_00021_frameImage.mrc CtfFind/job007/Movies/20170629_00021_frameImage.ctf:mrc 10407.339844 10826.280273   418.940430     2.460000   200.000000     1.400000     0.100000 10000.000000     0.885000     0.103875     4.632000 
MotionCorr/job002/Movies/20170629_00022_frameImage.mrc CtfFind/job007/Movies/20170629_00022_frameImage.ctf:mrc  9827.610352  9610.309570   217.300781    88.230003   200.000000     1.400000     0.100000 10000.000000     0.885000     0.129368     3.402000 
(以下略)

無名データレコードからなるファイルで、CTF推定のパラメータと、推定結果について記述されています。

各ラベルの内容は次の通りです。

micrographs_ctf.star
ラベル名 説明
_rlnMicrographName CTF推定に使用した画像ファイルのパス。
_rlnCtfImage パワースペクトルを画像化したファイル。左半分は推定されたCTFモデル、右半分は_rlnMicgoraphNameから実際に算出されたパワースペクトル 。
_rlnDefocusU Thonリング短軸または長軸のどちらかのデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。
_rlnDefocusV Thonリング短軸または長軸のうち、_rlnDefocusUでない方の軸のデフォーカス量[Å]。アンダーフォーカスが正。
_rlnCtfAstigmatism 対物非点収差の大きさ[Å]。(_rlnDefocusU - _rlnDefocusV)の絶対値で定義される。
_rlnDefocusAngle 対物非点収差の方向[度]。_rlnDefocusUの軸とX軸との成す角度で定義される。
_rlnVoltage 加速電圧[kV]
_rlnSphericalAbberation 対物レンズの球面収差係数[mm]
_rlnAmplitudeContrast コントラスト全体(位相コントラスト+振幅コントラスト)に対する振幅コントラスト成分の寄与の程度を表す数値(Kai Zhang, J. Struct. Biol (2016)の式(1)を参照)。
_rlnMagnification 撮影倍率
_rlnDetectorPixelSize 検出器の1画素が試料面上で何Åに相当するか[Å/pixel]
_rlnCtfFigureOfMerit 推定されたCTFモデルのフィッティングスコア。
_rlnCtfMaxResolution データとモデルが一致していると見なせる最大の分解能[Å]。これ以上の分解能の情報が画像の中に含まれていないという意味ではない。


対物非点収差を考慮したCTFモデルについては、例えばCTFFIND4の論文 A. Rohou and N. Grigorieff, J. Struct. Biol(2015)の1.introductionを参照ください。Δf1が_rlnDefocusU, Δf2が_rlnDefocusV, Δffが_rlnCtfAstigmatism, αastが_rlnDefocusAngleに相当します。