mrcImageParticleCandidateExtract

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mrcImageParticleCandidateExtractとは周辺に比べて密度が有意に高いところを見出すEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage(IQマップ) NULL
-RR 選択 入力: 探索範囲の内径 [A] 100.0
-RW 選択 入力: 探索範囲の幅 [A] 10.0
-thres 選択 入力: IQの閾値(標準出力用) 3.0
-out 選択 出力 stdout
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

IQ = (testdata - mean)/sd;

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-B120.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
21.0538
47.6709

0.595886


オプション必須項目のみの場合

出力ファイルの画像

Outdata-mrcImageParticleCandidateExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
9.36703
42.704

0.5338

入力画像のサイズが80×80に対し、デフォルトでRR=100なので画像外からデータを取るために有効なデータが得られない。

-out のデータ

38.000000 24.000000 0.000000 3.285927
39.000000 24.000000 0.000000 5.289909
40.000000 24.000000 0.000000 6.301086
41.000000 24.000000 0.000000 5.084664
51.000000 24.000000 0.000000 3.458355
52.000000 24.000000 0.000000 3.290684

-中略-

36.000000 58.000000 0.000000 7.257681
37.000000 58.000000 0.000000 6.887584
38.000000 58.000000 0.000000 5.179653
39.000000 58.000000 0.000000 3.826627
35.000000 59.000000 0.000000 3.485140
36.000000 59.000000 0.000000 4.024090


オプション -RR

RR=50で実行

Outdata-RR50-mrcImageParticleCandidateExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

7
0.217344
0.741059

0.00926323

RRを適切に設定すると、周辺密度が高い場所が抽出できる。

オプション -RW

RW=30, RR=50で実行

Outdata-RW30-mrcImageParticleCandidateExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

9
0.345781
1.15243

0.0144054


オプション -thres

thres=1で実行

出力ファイルの画像
Outdata-thres-mrcImageParticleCandidateExtract.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0

255
9.36703
42.704

0.5338

-out の出力データ
47.000000 19.000000 0.000000 1.098040
48.000000 19.000000 0.000000 1.125516
46.000000 20.000000 0.000000 1.035438
47.000000 20.000000 0.000000 1.264296
48.000000 20.000000 0.000000 1.169891
49.000000 20.000000 0.000000 1.004437

-中略-

29.000000 62.000000 0.000000 1.318240
30.000000 62.000000 0.000000 1.408884
31.000000 62.000000 0.000000 1.180901
33.000000 62.000000 0.000000 1.042541
34.000000 62.000000 0.000000 1.174146
35.000000 62.000000 0.000000 1.107767