mrcImageSymmetryFind

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mrcImageSymmetryFindとは、対称性を見出すためのEosコマンドである。現在は、回転対称性を中心にチェックできるようになっています。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-O 選択 出力: ASCII(Symmetry Infomation) stdout
-A 選択 出力: mrcImage(Average) NULL
-centreMode 選択 centreMode 1
-t1 選択 Threshold of CheckByAdd 1.8
-t2 選択 Threshold in deciding the symmetry number 0.9
-m1 選択 Mode of Check 3
-m2 選択 Mode of Substruction 2
-dr 選択 Delta r of outputfile. 1
-dtheta 選択 Delta theta of outputfile. [degree] 1
-n 選択 Check to the number 10
-nRange 選択 Checkto the number: (nmin, nmax) (2, 10)
-In 選択 入力ファイル: (Image, Back) (NULL, NULL)
-rangex 選択 入力: (minx, maxx, delx) (-3, 3, 1)
-rangey 選択 入力: (miny, maxy, dely) (-3, 3, 1)
-rangez 選択 入力: (minz, maxz, delz) (0, 0, 1)
-rrange 選択 入力: (rmin, rmax):特定の領域のみを利用する(単位:オングストローム) 0, -1(全範囲)
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-h 選択 ヘルプを表示  

-centreMode の詳細

モード 説明
0 Centre is GC (gravity of centre)
1 Centre is Rotational Symmetry

-m1 の詳細

モード 説明
1 Check by Add
2 Check by Correlation
4 Check by Fourier
8 Check by TTest
16 Check by SRP

-m2 の詳細

モード 説明
0 No Subtraction
1 Mean Subtraction
2 Min Subtraction

-In のフォーマット

Image, Backのフォーマット
mrcファイル1
mrcファイル2
.
.


実行例

入力ファイルを使ったデータ

10回対称から16回対称までを探索、中心は重心として探索、ADDアルゴリズムを利用、平均値を引き算し、thresholdとして1.5(1.5-2.0 となる範囲を指定)の和(正は正、負は負)で指定されている。

$ mrcImageSymmetryFind -i FlagellaSection-0001.roi -O FlagellaSection.info1 -nRange 10 16 -A FlagellaSection)-0001.avg1 -centreMode 0 -m1 1 -m2 1 -t1 1.5
 入力ファイル FlagellaSection-0001.roi.png
 平均化ファイル(最大:13回転対称) FlagellaSection-0001.avg1.png
10 -> value: 9831.000000 point: 93.026115
11 -> value: 10386.000000 point: 98.277817
12 -> value: 9944.000000 point: 94.095383
13 -> value: 10568.000000 point: 100.000000
14 -> value: 10317.000000 point: 97.624908
15 -> value: 9243.000000 point: 87.462151
16 -> value: 10196.000000 point: 96.479942
Symmetry number 13.(Check by add, MeanSubtraction)
Centre: 122.000000 139.000000 0.000000

入力ファイルの画像

Input-2D-Data1-s.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

65535 (14, 1, 0)
24950.9
31821.5

776.135


オプション必須項目のみの場合

出力結果
 2 -> value: 1.000000 point: 33.333332
 3 -> value: 0.000000 point: 0.000000
 4 -> value: 3.000000 point: 100.000000
 5 -> value: 1.000000 point: 33.333332
 6 -> value: 1.000000 point: 33.333332
 7 -> value: 1.000000 point: 33.333332
 8 -> value: 0.000000 point: 0.000000
 9 -> value: 1.000000 point: 33.333332
10 -> value: 0.000000 point: 0.000000
Symmetry number 4.(Check by add, MinSubtraction)
 2 -> value: 0.754960 point: 25.118885
 3 -> value: 0.747752 point: 5.859963
 4 -> value: 0.782986 point: 100.000000
 5 -> value: 0.754746 point: 24.546839
 6 -> value: 0.757313 point: 31.407404
 7 -> value: 0.745559 point: 0.000000
 8 -> value: 0.776130 point: 81.683868
 9 -> value: 0.751637 point: 16.241667
10 -> value: 0.744289 point: -3.392937
Symmetry number 4.(Check by add, MinSubtraction)


-o をmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 1 
1 0 0.748045 
2 0 0.757302 
3 0 0.777038 
4 0 0.751623 
5 0 0.751097 
6 0 0.751701 
7 0 0.750209 
8 0 0.744015 
9 0 0.775344 

-中略-

350 0 0.745883 
351 0 0.775344 
352 0 0.744015 
353 0 0.750209 
354 0 0.751701 
355 0 0.751097 
356 0 0.751623 
357 0 0.777038 
358 0 0.757302 
359 0 0.748045 


-A の画像
Outdata-mrcImageSymmetryFind.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

65535 (14, 1, 0)
42883.4
31166

760.147