pdbAtomSection

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pdbAtomSectionとは原子モデルのセクション(断面)をとりだしてpsファイルで出力するEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-if 選択 入力ファイル: ASCII(FlagsFile) NULL
-o 必須 出力ファイル: psファイル NULL
-dist 選択 Distance of Sections 2.5
-zmin 選択 zの最小値 0.0
-zmax 選択 zの最大値 90.0
-fm 選択 flag mode 13
-r 選択 半径 1.0
-clw 選択 円周の幅 0.1
-plw 選択 ペプチド結合の幅 0.1
-fontsize 選択 font size 2.0
-AS 選択 absolute scale of PS file (-AS 1 := 1 mm/A) 1.0
-shiftx 選択 pdb Shift x [A] 0.0
-shifty 選択 pdb Shift y [A] 0.0
-shiftz 選択 pdb Shift z [A] 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0

-fm の詳細

モード 説明
0 display nothing
1 one char amino acid name
2 three char amino acid name
4 chain identifier
8 sequence number
16 display any atom

-if のフォーマット

chainIdertifier&sequenceNumber(R123) FlagMode circleRedius circlelinewidth fontsize


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


オプション必須項目のみの場合

Outdata-pdbAtomSection.png
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オプション -AS

AS=5で実行

Outdata-AS-pdbAtomSection.png
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以降はAS=5で実行

オプション -shiftx

shiftx=10で実行

Outdata-shiftx-pdbAtomSection.png
6/90ページ


以降はshiftx=10で実行

オプション -shifty

shifty=10で実行

Outdata-shifty-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション -shiftz

shiftz=1で実行

Outdata-shiftz-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション -dist

dist=3で実行

Outdata-dist-pdbAtomSection.png
5/90ページ


オプション -zmin

zmin=1で実行

Outdata-zmin-pdbAtomSection.png
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オプション -zmax

zmax=15で実行

Outdata-zmax-pdbAtomSection.png
6/15ページ


オプション -r

r=0.5で実行

Outdata-r-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション -plw

plw=0.3で実行

Outdata-plw-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション -fontsize

fontsize=1で実行

Outdata-fontsize-pdbAtomSection.png
6/90ページ


オプション -fm

fm=0で実行

Outdata-fm0-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=1で実行

Outdata-fm1-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=2で実行

Outdata-fm2-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=4で実行

Outdata-fm4-pdbAtomSection.png
6/90ページ


fm=8で実行

Outdata-fm8-pdbAtomSection.png
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fm=16で実行

Outdata-fm16-pdbAtomSection.png
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オプション -if

-if のデータ
A28 0 2.0 0.3 2
A147 1 0.5 0.3 4
A114 2 1.0 0.3 1
A128 4 1.0 0.3 4
A8 8 1.0 0.3 4
A56 16 0.5 0.3 4
A39 31 0.7 0.3 3


実行結果
Outdata-if-pdbAtomSection.png
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