pdbSurface

提供: Eospedia
PdbSurfaceから転送)
移動: 案内検索

pdbSurfaceとはPDBから表面上の原子情報を得るEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 必須 出力ファイル: PDB NULL
-order 選択 order: [A] 1.7
-refine 選択 Refine: Meshsize = Order/Refine 2
-size 選択 Refine: Shell thickness = Order/Refine*Size 3
-weight 選択 weight 100.0
-mergin 選択 SearchArea 3.0
-thres 選択 閾値 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


モードの詳細

モード 説明
0


実行例

入力ファイルの画像

Input-121P-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04


入力データ(一部)
-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00 14.06           N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.27           C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.41           C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 16.12           O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 17.94           C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00 19.41           C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 21.82           S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00 23.68           C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00 15.08           N  
ATOM     10  CA  THR A   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00 16.71           C  

-後略-


オプション必須項目のみの場合

出力データ(一部)
-前略-

                                                                                                ↓温度因子の項目が変化している

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00100.00   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 72.48   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00  3.60   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 52.08   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00100.00   0       C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00100.00   0       C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 21.50   0       S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00100.00   0       C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00  0.93   0       N  
ATOM     10  CA  THR A   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00  3.23   0       C  

-後略-


オプション -order

order=1.9で実行

-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00100.00   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 24.74   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00  1.05   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00  8.75   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 34.92   0       C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00  0.12   0       C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00  5.53   0       S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00100.00   0       C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00  0.12   0       N  
ATOM     10  CA  THR A   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00  0.00   0       C  

-後略-


オプション -refine

refine=1で実行

-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00100.00   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 17.24   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 16.69   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00100.00   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 32.91   0       C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00  9.69   0       C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 68.76   0       S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00 68.76   0       C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00 16.69   0       N  
ATOM     10  CA  THR A   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00 26.46   0       C 

-後略-


オプション -size

size=5で実行

-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00100.00   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00100.00   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00 32.30   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 90.33   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00100.00   0       C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00100.00   0       C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 42.23   0       S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00100.00   0       C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00  8.91   0       N  
ATOM     10  CA  THR A   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00 12.07   0       C  

-後略-


オプション -mergin=2.8

mergin=2.8で実行

-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00100.00   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00100.00   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00  3.60   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 52.08   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00100.00   0       C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00100.00   0       C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 96.55   0       S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00100.00   0       C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00 12.72   0       N  
ATOM     10  CA  THR A   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00  0.93   0       C  

-後略-


オプション -thres

thres=0.1で実行

-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00100.00   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 37.57   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00  1.46   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 32.12   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 62.40   0       C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00 36.08   0       C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 12.52   0       S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00100.00   0       C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00  0.53   0       N  
ATOM     10  CA  THR A   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00  0.93   0       C  

-後略-


オプション -weight

weight=1000, thres=0.1で実行

-前略-

ATOM      1  N   MET A   1      -7.176  32.630  -6.655  1.00100.00   0       N  
ATOM      2  CA  MET A   1      -5.913  31.928  -6.676  1.00 37.57   0       C  
ATOM      3  C   MET A   1      -5.903  30.860  -5.600  1.00  1.46   0       C  
ATOM      4  O   MET A   1      -6.703  30.881  -4.654  1.00 32.12   0       O  
ATOM      5  CB  MET A   1      -4.712  32.869  -6.415  1.00 62.40   0       C  
ATOM      6  CG  MET A   1      -4.594  33.420  -4.990  1.00 36.08   0       C  
ATOM      7  SD  MET A   1      -3.193  34.558  -4.899  1.00 12.52   0       S  
ATOM      8  CE  MET A   1      -4.325  35.886  -4.618  1.00100.00   0       C  
ATOM      9  N   THR A   2      -4.966  29.934  -5.760  1.00  0.53   0       N  
ATOM     10  CA  THR A   2      -4.759  28.930  -4.751  1.00  0.93   0       C  

-後略-