「画像フォーマット変換」の版間の差分
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電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。 | 電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。 | ||
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+ | *[http://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/image2000.html MRC2000-format] | ||
+ | *[http://en.wikipedia.org/wiki/MRC_%28file_format%29 MRC_file_format] | ||
+ | *[http://www.ccp4.ac.uk/html/maplib.html#description CCP4 File Format] | ||
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+ | == Eosにおけるファイル変換 == | ||
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+ | 1.TIFからMRCの変換(グレースケール):[[tiff2mrc]] | ||
+ | 課題:提供したファイル[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp:/EosImages/tutorials/data/example-001.tif example-001.tif]のフォーマットをMRC型に変換してみましょう。 | ||
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+ | この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。 | ||
+ | 出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。 | ||
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+ | $ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25 | ||
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+ | 2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):[[mrc2tiff]] | ||
+ | 課題:提供したファイルのフォーマットをTIFF形式に変換してみましょう。 | ||
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+ | 一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。 | ||
+ | example-001-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。 | ||
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+ | $ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif | ||
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+ | 3.その他のツール | ||
+ | *MRCからの変換 | ||
+ | **[[mrc2dsn6]] | ||
+ | **[[mrc2fld]] | ||
+ | **MRCからGIFへの変換(グレースケール):[[mrc2gif]] | ||
+ | **[[mrc2hdf]] | ||
+ | **[[mrc2lattice]] | ||
+ | **[[mrc2map]] | ||
+ | **[[mrc2pov]] | ||
+ | **[[mrc2tiff]] | ||
+ | **[[mrc2viff]] | ||
+ | **MRCからGIFへの変換(RGBによる色付):[[mrcImageColoring]] | ||
+ | *MRCへの変換 | ||
+ | **[[tiff2mrc]] | ||
+ | **[[imodst2mrc]] | ||
+ | **[[array2mrc]] | ||
+ | **[[emData2mrc]] | ||
+ | **[[bin2mrc]] | ||
+ | **[[ip2mrc]] | ||
+ | **[[moi2mrc]] | ||
+ | *その他 | ||
+ | **[[pdb2ucd]] | ||
+ | **[[dos2unix]] | ||
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+ | == EosにおけるMRCファイルフォーマット == | ||
+ | 注意:同じMRC型のフォーマットでも、少しずつ違います。注意しましょう。 | ||
+ | # Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventions[http://situs.biomachina.org/fmap.pdf レポート] | ||
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+ | === 一般的な注意 === | ||
+ | [[Eos]]の場合には、下記の点に注意しましょう。 | ||
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+ | # Lengthの取り扱いが、通常、Voxel辺りのサンプリング間隔になっています。他のフォーマットと異なっていますので、ご注意下さい。 | ||
+ | # CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。 | ||
+ | # コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、[[mrcInfo]]で確認した後、[[mrcInfoSet]]で設定して下さい。 | ||
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+ | === Chimeraに対応させたいとき === | ||
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+ | これ以外は、Eosのフォーマットとほぼ対応している。 | ||
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+ | === AVIZOに対応させたいとき === | ||
+ | 拡張子を .rec としておき、Voxel Size1をAVIZO側で決める。 | ||
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+ | == MRC以外にEosが対応しているファイルフォーマット == | ||
+ | === DM3/DM4 === | ||
+ | 参考になるのは、 | ||
+ | http://www.er-c.org/cbb/info/dmformat/ | ||
+ | のサイトです。この内容を[[DMフォーマット]]にまとめておきます。 |
2014年10月4日 (土) 17:23時点における版
電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。
目次
Eosにおけるファイル変換
1.TIFからMRCの変換(グレースケール):tiff2mrc
課題:提供したファイルexample-001.tifのフォーマットをMRC型に変換してみましょう。
この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。 出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。
$ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25
2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):mrc2tiff
課題:提供したファイルのフォーマットをTIFF形式に変換してみましょう。
一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。 example-001-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。
$ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif
3.その他のツール
- MRCからの変換
- mrc2dsn6
- mrc2fld
- MRCからGIFへの変換(グレースケール):mrc2gif
- mrc2hdf
- mrc2lattice
- mrc2map
- mrc2pov
- mrc2tiff
- mrc2viff
- MRCからGIFへの変換(RGBによる色付):mrcImageColoring
- MRCへの変換
- その他
EosにおけるMRCファイルフォーマット
注意:同じMRC型のフォーマットでも、少しずつ違います。注意しましょう。
- Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventionsレポート
一般的な注意
Eosの場合には、下記の点に注意しましょう。
- Lengthの取り扱いが、通常、Voxel辺りのサンプリング間隔になっています。他のフォーマットと異なっていますので、ご注意下さい。
- CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。
- コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、mrcInfoで確認した後、mrcInfoSetで設定して下さい。
Chimeraに対応させたいとき
A, B, G: 90 90 90 C, R, S: 1 2 3 これ以外は、Eosのフォーマットとほぼ対応している。
AVIZOに対応させたいとき
拡張子を .rec としておき、Voxel Size1をAVIZO側で決める。
MRC以外にEosが対応しているファイルフォーマット
DM3/DM4
参考になるのは、 http://www.er-c.org/cbb/info/dmformat/ のサイトです。この内容をDMフォーマットにまとめておきます。