「ダウンロード」の版間の差分

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(付加的なレポジトリを利用したい場合)
(Eosの機能追加、修正を登録する場合)
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=== Eosの機能追加、修正を登録する場合===
 
=== Eosの機能追加、修正を登録する場合===
自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。こちらでも、gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。
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自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。
 
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  git add        ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
 
  git add        ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
 
  git commit      ; # 変更したモノをgitに格納する
 
  git commit      ; # 変更したモノをgitに格納する
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  git push origin master
 
  git push origin master
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※ gitコマンド使い方の詳細は、[[http://sourceforge.jp/magazine/09/03/16/0831212 sourceforge]]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。
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Eosそのものの機能を使ってインストールすることもできます。
 
Eosそのものの機能を使ってインストールすることもできます。

2013年11月11日 (月) 07:44時点における版

Eosのダウンロード方法について

gitが利用できる方

gitがご利用できる方は、SourceForge.jpからのダウンロード([projects/eos])が可能です。gitコマンド使い方の詳細は、[sourceforge]をご覧下さい。以下は、簡単にインストールに関連するコマンドをまとめておきます。


初めてのディレクトリにインストールする場合

Eosの複製をgitを使って作製します。

共同開発を考えている場合(SourceForge上にアカウントが必要)

編集後、SourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提とする場合
※ SourceForge上のUsernameとPasswordが必要です。 下記を実行する場合、Eos_envをダウンロードしたのち

$ source Eos_env

を実行してから行うか、もしくは、$EOS_HOMEの替わりにインストールしたいディレクトリを設定する必要があります。

$EOS_HOMEが既に設定されている場合

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
   or 
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME

インストールを指定したい場合、指定したいディレクトリをdstとすると、下記のように指定する必要があります。

$ git clone --depth 1 ${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git dst
   or 
$ git clone --depth 1 https://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git dst

Eosを使いたいだけの場合、もしくは、自分の所だけで開発を行いたい場合(SourceForge上にアカウントが必要ない)

編集しないか、もしくは、編集してもSourceForge上にソースをアップ(push)する事を前提としない場合

$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME
   or 
$ git clone --depth 1 http://scm.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git $EOS_HOME


【注意1】sshやhttpsを使ってダウンロードする場合には、開発者として登録が必要です。ssh-keygenを使って作製したpublic_keyをsourceforge上に登録する必要があります。

【注意2】gitを使ってダウンロードした場合には、そのままでは、Eos上で新たに開発したものを登録(git-push)することができません。開発者として登録をお願いします。

【注意3】 --depth 1は、最新版のみを取得するためのオプションです。つけない場合は、すべての履歴をコピーすることになります。

付加的なレポジトリを利用したい場合

チュートリアルで利用するデータやMakefileが置かれています。 いずれも、$EOS_HOMEのディレクトリで実施して下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/tutorial.git

テスト用のデータファイルなどが置かれています。

$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/data.git

Eosのマニュアルなどが置かれています。

$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/optional.git

Eosで利用される他の開発コードが置かれています。

$ cd $EOS_HOME
$ git clone --depth 1 git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/others.git

最新版に更新する場合

Eosの最新にアップデートすることができます。

最新版の取得

$ git fetch            ;# 変更があったファイルをダウンロード
   or
$ git fetch ssh://${EOS_GIT_USER}@git.sourceforge.jp:/gitroot/eos/base.git
   or
$ git fetch git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git
最新版の取得(別法)

git pullは、fetch/merge等が自動的に実行されます。自分自身がソースコードを変更していない場合には一度に実施することができます。分かっている場合にのみ、使いましょう。疑問が少しでもある場合には、fetch/mergeを順に行うことをお薦めします。

$ git pull git://git.sourceforge.jp/gitroot/eos/base.git

変更になっている部分の確認

$ git log   FETCH_HEAD ;# 変更になっている部分を表示

変更を追加

変更になっている部分を確認した後、自分自身が変更したものとマージしても問題がなければ、変更を追加します。自分自身も変更している場合には注意が必要です。

$ git merge FETCH_HEAD ;# 変更になっているものをマージする

makeを用いた更新

$EOS_HOME/Makefileが最新のものになっていれば、上記のことを下記のMakefileにて実行できます。
※ $EOS_HOMEは$HOME/Eosディレクトリを指しています。
 環境ファイルをそのまま使用する場合は、baseディレクトリを$HOMEに置き、Eosとリネームして下さい。

$ cd $EOS_HOME
$ make git-fetch
$ make git-merge

Eosの機能追加、修正を登録する場合

自分自身が機能追加、修正をかけ、登録する場合の例を下記に挙げておきます。

git add         ; # 自分自身の複製で変更したものを加える
git commit      ; # 変更したモノをgitに格納する
#
git push        ; # git serverに格納
 or
git push origin master
 or
git push origin master

※ gitコマンド使い方の詳細は、[sourceforge]もしくは、gitの解説書をご覧下さい。


Eosそのものの機能を使ってインストールすることもできます。

$ cd $EOS_HOME 
$ make git-add
$ make git-commit
$ make git-push

直接ダウンロードしたい方

下記のサイトから、バイナリtarballをダウンロードが可能です。

[EosHomePage]
    or
[Sourceforge]


上記にアップされていないバイナリ形式に興味がある方は安永(yasunaga@bio.kyutech.ac.jp)までご連絡下さい。

作成されたディレクトリの構成(Eosの構造)は別ページにて説明しています。

※ 2013/02より、大幅にディレクトリの構成が変更になっています。ご注意下さい。目的は、ホスト依存のバイナリコードと非依存なソースコードを切り離すことが目的です。ヘテロな環境での実行を維持しながら、NFSなどでexportされた一つのディレクトリで実行するために変更しました。

動作環境

 現在、手元に環境があり、動作することが確認出来ているのは、下記のものです。

LINUX 32bits/64bits
OS-X  32bits/64bits
Windows with Cygwin

うまく動作しない場合

Q1) 使いたいツールを実行しようとすると Not Installed: XXXXX-version YYYYYY といわれる

A1) 設定された環境でコンパイル・リンクがなされていません。src/Tools以下のディレクトリにあるCLASS/YYYYYY のディレクトリに移動し、make check; make depend; make install とうってみましょう。