「単粒子解析ことはじめ」の版間の差分

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== 電顕画像を見てみる(Fiji編) ==
 
== 電顕画像を見てみる(Fiji編) ==
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[https://fiji.sc/ Fiji]はImageJのディストリビューションの1つで、電顕画像 (mrcやtiff、動画でもok)を読み込むことができます。種々のフィルタツールや計測ツールが入っているので、被写体を観察したり単粒子の直径を測るなど、色々役立ちます。
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FijiとファイルエクスプローラーをXフォーワードで手元のPCに飛ばしてくる使い方と、研究室計算機で利用しているのと同じネットワークドライブを手元のPCにマウントしてファイルにアクセスする使い方と、仮想デスクトップを使って研究室計算機のデスクトップ画面ごと飛ばしてくる使い方の3つを紹介します。
 
FijiとファイルエクスプローラーをXフォーワードで手元のPCに飛ばしてくる使い方と、研究室計算機で利用しているのと同じネットワークドライブを手元のPCにマウントしてファイルにアクセスする使い方と、仮想デスクトップを使って研究室計算機のデスクトップ画面ごと飛ばしてくる使い方の3つを紹介します。
  

2020年7月16日 (木) 18:36時点における最新版

下準備

まずは計算機利用ことはじめを参考にして、研究室計算機に対してXフォーワードを有効にしてのsshログインができるようにしてください。

作業ディレクトリの準備

RELION3チュートリアルで使うβガラクトシダーゼの電顕画像(正確には電子直接検出器で撮影した動画)を準備します。

電顕画像を見てみる(Fiji編)

FijiはImageJのディストリビューションの1つで、電顕画像 (mrcやtiff、動画でもok)を読み込むことができます。種々のフィルタツールや計測ツールが入っているので、被写体を観察したり単粒子の直径を測るなど、色々役立ちます。

FijiとファイルエクスプローラーをXフォーワードで手元のPCに飛ばしてくる使い方と、研究室計算機で利用しているのと同じネットワークドライブを手元のPCにマウントしてファイルにアクセスする使い方と、仮想デスクトップを使って研究室計算機のデスクトップ画面ごと飛ばしてくる使い方の3つを紹介します。

Xフォーワードを使う場合

ネットワークドライブをマウントしてファイルにアクセスする場合

仮想デスクトップを使う場合

RELIONで単粒子解析

cryoSPARCで単粒子解析

お役立ちツール

EMAN2

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