「画像フォーマット変換」の版間の差分
提供: Eospedia
(→Eosにおけるファイル変換) |
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1.TIFからMRCの変換(グレースケール):[[tiff2mrc]] | 1.TIFからMRCの変換(グレースケール):[[tiff2mrc]] | ||
− | + | 課題:提供したファイル[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp:/EosImages/tutorials/data/example-001.tif example-001.tif]のフォーマットをMRC型に変換してみましょう。 | |
この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。 | この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。 | ||
− | + | 出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。 | |
− | $ tiff2mrc -i | + | $ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25 |
2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):[[mrc2tiff]] | 2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):[[mrc2tiff]] | ||
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一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。 | 一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。 | ||
− | + | example-001-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。 | |
− | $ mrc2tiff -i | + | $ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif |
3.その他のツール | 3.その他のツール |
2012年9月24日 (月) 22:46時点における版
電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。
Eosにおけるファイル変換
1.TIFからMRCの変換(グレースケール):tiff2mrc
課題:提供したファイルexample-001.tifのフォーマットをMRC型に変換してみましょう。
この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。 出力はファイルはexample-001.mrcという名前にしてみましょう。
$ tiff2mrc -i example-001.tif -o example-001.mrc -R 1.25
2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):mrc2tiff
課題:提供したファイルのフォーマットをTIFF形式に変換してみましょう。
一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。 example-001-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。
$ mrc2tiff -i example-001.mrc -o example-001-8bit.tif
3.その他のツール
- MRCからGIFへの変換(グレースケール):mrc2gif
- MRCからGIFへの変換(RGBによる色付):mrcImageColoring
- arra2mrc
- emData2mrc
- bin2mrc
- ip2mrc
- moi2mrc
- mrc2lattice
- mrc2viff
- mrc2fld
- mrc2pov
- pdb2ucd
- dos2unix
EosにおけるMRCファイルフォーマット
注意:同じMRC型のフォーマットでも、少しずつ違います。注意しましょう。
- Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventionsレポート
Eosの場合には、下記の点に注意しましょう。
- Lengthの取り扱いが、通常、Voxel辺りのサンプリング間隔になっています。他のフォーマットと異なっていますので、ご注意下さい。
- CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。
- コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、mrcInfoで確認した後、mrcInfoSetで設定して下さい。