画像フォーマット変換
提供: Eospedia
電子顕微鏡で撮影したデータは、それぞれ異なります。Eosの中では、MRC型のフォーマットを採用して変換するために、MRC型のフォーマットに変換する必要があります。
- MRC2000-format
- [Wikipedia:MRC_(file_format)]
Eosにおけるファイル変換
1.TIFからMRCの変換(グレースケール):tiff2mrc
課題:提供したファイルPractice00.tifのフォーマットをMRC型に変換してみましょう。
この画像のピクセルのサンプリングは、1.25Aです。RESOLUTIONを1.25として設定して下さい。 Practice00.mrcという名前にして下さい。
$ tiff2mrc -i Practice00.tif -o Practice00.mrc -R 1.25
2.MRCからTIFへの変換(グレースケール):mrc2tiff
課題:提供したファイルのフォーマットをTIFF形式に変換してみましょう。
一度変換した上記のMRCファイルをつかって、TIFファイルに変換してみます。 Practice00-8bit.tifという名前にして、8ビットのTIFファイルを作ってみて下さい。
$ mrc2tiff -i Practice00.mrc -o Practice00-8bit.tif
3.その他のツール
- MRCからGIFへの変換(グレースケール):mrc2gif
- MRCからGIFへの変換(RGBによる色付):mrcImageColoring
- arra2mrc
- emData2mrc
- bin2mrc
- ip2mrc
- moi2mrc
- mrc2lattice
- mrc2viff
- mrc2fld
- mrc2pov
- pdb2ucd
- dos2unix
EosにおけるMRCファイルフォーマット
注意:同じMRC型のフォーマットでも、少しずつ違います。注意しましょう。
- Willy Wriggers:Situs, CCP4 and MRC 3D Density Map File Formats and Format Conventionsレポート
Eosの場合には、下記の点に注意しましょう。
- Lengthの取り扱いが、通常、Voxel辺りのサンプリング間隔になっています。他のフォーマットと異なっていますので、ご注意下さい。
- CCP4−2000(MRC2000)に少しずつ対応させています。現在、読み取り側には対応しています。書き出し側は完全には対応できていません。
- コマンドによっては、一部の内容がきちんとなっていない場合があります。振る舞いがおかしいときは、mrcInfoで確認した後、mrcInfoSetで設定して下さい。