「3D auto-refineのSTARファイル」の版間の差分

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(_model.star)
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FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, 1となる高さを点線でプロットしました。FSC = 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 となる空間周波数はかなり一致していることがわかります。RELIONではgold-standard FSCを計算しない場合(つまり2D classificationや3D classificationなどで)はSNRが1を下回らない最大の空間周波数的なものを分解能として見ていたと思いますが、この結果を見るとその基準により納得が行く気がします。
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FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, 1となる高さを点線でプロットしました。(FSC = 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 となる空間周波数はかなり一致していますが、理論的になにか関係があるんでしょうか??)

2019年6月3日 (月) 07:02時点における最新版

_data.star

3D classificationのSTARファイルとほぼ一緒ですが、_rlnRandomSubset なるラベル名が追加されています。その単粒子がどちらのハーフセットに分けられたかを示す番号(1 or 2)です。

_model.star

gold-standard法によりFourier Shell Correlationが算出され、data_model_class_1データブロックに rlnGoldStandardFscというラベル名で記録されています。

run_model.star(最終イテレーション)のSNR(rlnSsnrMap)とFSCを空間周波数に対してプロットしてみます。

rln-autorefine-08.png


FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, 1となる高さを点線でプロットしました。(FSC = 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 となる空間周波数はかなり一致していますが、理論的になにか関係があるんでしょうか??)