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3D auto-refineのSTARファイル - 変更履歴
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2019-06-03T07:02:12Z
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<tr style='vertical-align: top;'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">←前の版</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">2019年6月3日 (月) 07:02時点における版</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">行10:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">行10:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, <del class="diffchange diffchange-inline">1となる高さを点線でプロットしました。FSC </del>= 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 <del class="diffchange diffchange-inline">となる空間周波数はかなり一致していることがわかります。</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, <ins class="diffchange diffchange-inline">1となる高さを点線でプロットしました。(FSC </ins>= 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 <ins class="diffchange diffchange-inline">となる空間周波数はかなり一致していますが、理論的になにか関係があるんでしょうか??)</ins></div></td></tr>
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Kttn
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2019-06-02T08:57:28Z
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<tr style='vertical-align: top;'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">←前の版</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">2019年6月2日 (日) 08:57時点における版</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">行10:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">行10:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, 1となる高さを点線でプロットしました。FSC = 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 <del class="diffchange diffchange-inline">となる空間周波数はかなり一致していることがわかります。RELIONではgold-standard FSCを計算しない場合(つまり2D classificationや3D classificationなどで)はSNRが1を下回らない最大の空間周波数的なものを分解能として見ていたと思いますが、この結果を見るとその基準により納得が行く気がします。</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, 1となる高さを点線でプロットしました。FSC = 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 <ins class="diffchange diffchange-inline">となる空間周波数はかなり一致していることがわかります。</ins></div></td></tr>
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https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=3D_auto-refine%E3%81%AESTAR%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB&diff=16515&oldid=prev
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2019-06-02T08:49:48Z
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<tr style='vertical-align: top;'>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">←前の版</td>
<td colspan='2' style="background-color: white; color:black; text-align: center;">2019年6月2日 (日) 08:49時点における版</td>
</tr><tr><td colspan="2" class="diff-lineno">行10:</td>
<td colspan="2" class="diff-lineno">行10:</td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td><td class='diff-marker'> </td><td style="background-color: #f9f9f9; color: #333333; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #e6e6e6; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"></td></tr>
<tr><td class='diff-marker'>−</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #ffe49c; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, 1となる高さを点線でプロットしました。FSC = 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 となる空間周波数はかなり一致していることがわかります。RELIONではgold-standard FSCを計算しない場合(つまり2D classificationや3D classificationなどで)<del class="diffchange diffchange-inline">はSNRが1を下回らない最大の空間周波数を分解能として見ていたと思いますが、この結果を見るとその基準により納得が行く気がします。</del></div></td><td class='diff-marker'>+</td><td style="color:black; font-size: 88%; border-style: solid; border-width: 1px 1px 1px 4px; border-radius: 0.33em; border-color: #a3d3ff; vertical-align: top; white-space: pre-wrap;"><div>FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, 1となる高さを点線でプロットしました。FSC = 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 となる空間周波数はかなり一致していることがわかります。RELIONではgold-standard FSCを計算しない場合(つまり2D classificationや3D classificationなどで)<ins class="diffchange diffchange-inline">はSNRが1を下回らない最大の空間周波数的なものを分解能として見ていたと思いますが、この結果を見るとその基準により納得が行く気がします。</ins></div></td></tr>
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Kttn
https://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php?title=3D_auto-refine%E3%81%AESTAR%E3%83%95%E3%82%A1%E3%82%A4%E3%83%AB&diff=16514&oldid=prev
Kttn: ページの作成:「== _data.star == 3D classificationのSTARファイルとほぼ一緒ですが、_rlnRandomSubset なるラベル名が追加されています。その単粒子がどち...」
2019-06-02T08:48:51Z
<p>ページの作成:「== _data.star == 3D classificationのSTARファイルとほぼ一緒ですが、_rlnRandomSubset なるラベル名が追加されています。その単粒子がどち...」</p>
<p><b>新規ページ</b></p><div>== _data.star ==<br />
3D classificationのSTARファイルとほぼ一緒ですが、_rlnRandomSubset なるラベル名が追加されています。その単粒子がどちらのハーフセットに分けられたかを示す番号(1 or 2)です。<br />
<br />
== _model.star ==<br />
gold-standard法によりFourier Shell Correlationが算出され、data_model_class_1データブロックに rlnGoldStandardFscというラベル名で記録されています。<br />
<br />
run_model.star(最終イテレーション)のSNR(rlnSsnrMap)とFSCを空間周波数に対してプロットしてみます。<br />
<br />
[[File:rln-autorefine-08.png|x400px]]<br />
<br />
<br />
FSCおよびSNRがそれぞれ 0.143, 1となる高さを点線でプロットしました。FSC = 0.143となる空間周波数と SNR = 1.0 となる空間周波数はかなり一致していることがわかります。RELIONではgold-standard FSCを計算しない場合(つまり2D classificationや3D classificationなどで)はSNRが1を下回らない最大の空間周波数を分解能として見ていたと思いますが、この結果を見るとその基準により納得が行く気がします。</div>
Kttn