「Display2」の版間の差分
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行1: | 行1: | ||
− | '''Display2'''とは、[[Eos]]における画像表示のための[[コマンド]] | + | '''Display2'''とは、[[Eos]]における画像表示のための[[コマンド]]です。[[mrcImage]]画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、3Dのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。<br> |
+ | <pre> | ||
+ | Display2 -i Input.mrc | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
== オプション一覧 == | == オプション一覧 == | ||
行45: | 行49: | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
<td>倍率</td> | <td>倍率</td> | ||
− | <td> | + | <td>1 (整数倍か、整数分の1を選んで下さい。)</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
行52: | 行56: | ||
<td>設定すると、白黒が反転する</td> | <td>設定すると、白黒が反転する</td> | ||
<td></td> | <td></td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>-def</td> | ||
+ | <td>選択</td> | ||
+ | <td>Display2が使う色や大きさ、変数のデフォールト値などを変更する。引数で設定したものが優先される。</td> | ||
+ | <td>~/.Eos/Display2</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
行110: | 行120: | ||
<div>サイズ、座標はどちらかでも可</div> | <div>サイズ、座標はどちらかでも可</div> | ||
<br> | <br> | ||
+ | |||
+ | ===フォント等のデフォールト設定の変更方法 === | ||
+ | [[$HOME/.Eos/Display2]]というファイルがあります。この中で、フォント等のデフォールト設定を変更できます。 | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
− | ===[[Media:Input-1VOM-N-2D.mrc | 入力ファイル]] | + | コマンド動画: [[:Media:Outdata-Display2.mov|(.mov)]] [[:Media:Outdata-Display2.mp4|(.mp4)]] |
+ | <br> | ||
+ | ===[[Media:Input-1VOM-N-2D.mrc | 入力ファイル]]の画像=== | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行158: | 行173: | ||
<br> | <br> | ||
− | === | + | ===オプション -L, -H=== |
====L=0, H=30000で実行==== | ====L=0, H=30000で実行==== | ||
− | <div>-L, -H | + | <div>-L, -H を対象の値に合わせて設定することで観察したい範囲での表示ができる。-Lを画像値の最小値、-Hを最大値に設定すると、それらが極端な値でなければ、全体が見えるようになる。起動後は[[#Display2 Info]]でも設定できる。</div> |
− | [[画像:Outdata-LH-Display2.png]]< | + | <table> |
+ | <tr> | ||
+ | <td>デフォルト</td> | ||
+ | <td>設定後</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-LH-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
<br> | <br> | ||
===オプション -Zoom=== | ===オプション -Zoom=== | ||
====Zoom=2で実行==== | ====Zoom=2で実行==== | ||
− | [[画像:Outdata-Zoom-Display2.png]]< | + | <table> |
+ | <tr> | ||
+ | <td>デフォルト</td> | ||
+ | <td>設定後</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Zoom-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
<br> | <br> | ||
===オプション -Inverse=== | ===オプション -Inverse=== | ||
− | [[画像:Outdata-Inverse-Display2.png]]< | + | <table> |
+ | <tr> | ||
+ | <td>デフォルト</td> | ||
+ | <td>設定後</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Inverse-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
<br> | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -def=== | ||
+ | デフォールトで設定されているファイルがないときは自動的につくります。下記に設定ファイルの例を示します。 | ||
+ | 設定されていないときは、~/.Eos/Display2が存在しなければ、~/.Eos/Display2の初期ファイルをつくります。その後、~/.Eos/Display2を読み込みます。 | ||
+ | |||
+ | 例: | ||
+ | <pre> | ||
+ | |||
+ | # | ||
+ | # Default | ||
+ | # | ||
+ | |||
+ | # Precision | ||
+ | # 計算の精度を示しています。17桁を設定しています。 | ||
+ | set tcl_precision 17 | ||
+ | |||
+ | # Canvas Area Create | ||
+ | # 主たる画面(キャンパス)の大きさを指定しています。 | ||
+ | set Desktop(mainCanvasX) 1999 | ||
+ | set Desktop(mainCanvasY) 1999 | ||
+ | |||
+ | # 画面の全体像をみるための画面の大きさを示しています。 | ||
+ | set Desktop(overviewCanvasX) 256 | ||
+ | set Desktop(overviewCanvasY) 256 | ||
+ | # 予約語です | ||
+ | set Desktop(sizeX) 128 | ||
+ | set Desktop(sizeY) 128 | ||
+ | # カーソルの色と形を示しています。 | ||
+ | set Desktop(Cursor) "crosshair blue" | ||
+ | |||
+ | # Image | ||
+ | # ポストスクリプトファイルを書き出す際の倍率を示しています。[mm/pixel]。これとRoi(Zoom)との積で最終的な倍率が決まります。 | ||
+ | set mainImage(PSScale) 0.2 | ||
+ | # 決められたHigh/Lowの間で画像を見たいときのものです。 | ||
+ | set mainImage(thresHigh) No | ||
+ | set mainImage(thresLow) No | ||
+ | #コントラストを反転したいときのものです。 | ||
+ | set mainImage(Inverse) No | ||
+ | #最大値・最小値が指定されていないときのコントラストの自動生成を示しています。平均値±2*標準偏差 をそれぞれ、最小値、最大値とします。 | ||
+ | set mainImage(Contrast) 2 | ||
+ | #コントラストをログで変換したものを使います。 | ||
+ | set mainImage(flagLog) 0 | ||
+ | #コントラストをパワーで変換したものを使います。 | ||
+ | set mainImage(flagPow) 0 | ||
+ | #ヒストグラムを見るための刻み数を示しています。 | ||
+ | set mainImage(HistNum) 256 | ||
+ | |||
+ | # Roi | ||
+ | # 確定したROI、及び、選択中のROIの色を指定しています。 | ||
+ | set Roi(OKColor) #118866 | ||
+ | set Roi(SelectColor) #0000ff | ||
+ | # ROIの線の太さ、色を示しています。 | ||
+ | set Roi(LineWidth) 3 | ||
+ | set Roi(CurrentColor) $Roi(OKColor) | ||
+ | #デフォールトのROIの形状を表しています。 | ||
+ | set Roi(Shape) Rectangle | ||
+ | |||
+ | |||
+ | # 複数のROIを同時に選択する場合に利用します。 | ||
+ | set Roi(MultiShape) Off | ||
+ | set Roi(MultiNumber) Off | ||
+ | |||
+ | # 同じ大きさのROIを切り出すときに利用します。 | ||
+ | set Roi(SizeLock) Off | ||
+ | |||
+ | # 同じ角度のROIを切り出すときに利用します。 | ||
+ | set Roi(AngleLock) Off | ||
+ | |||
+ | set Roi(Analysis) Off | ||
+ | set Roi(View) off | ||
+ | set Roi(Extract) foreground | ||
+ | set Roi(withScale) Off | ||
+ | set Roi(absTicks) 54.6 | ||
+ | set Roi(numFormat) "-%04d.roi" | ||
+ | |||
+ | set Roi(Shrink) 1 | ||
+ | |||
+ | |||
+ | # Zooming | ||
+ | # 画像のズームを表現しています | ||
+ | set Roi(Zoom) 2 | ||
+ | set Roi(ZoomX) 1 | ||
+ | set Roi(ZoomY) 1 | ||
+ | |||
+ | # Point | ||
+ | set Point(x) 0 | ||
+ | set Point(y) 0 | ||
+ | set Point(dat) 0 | ||
+ | set Point(cx) 0 | ||
+ | set Point(cy) 0 | ||
+ | set Point(cdat) 0 | ||
+ | |||
+ | # Roi Rectangle | ||
+ | # 実際に切り出される大きさは1ピクセル大きくなるのでご注意下さい。 | ||
+ | set rectanglePoints(width) 32.0 | ||
+ | set rectanglePoints(height) 32.0 | ||
+ | set rectanglePoints(angle) 0.0 | ||
+ | |||
+ | # spline | ||
+ | set splinePoints(Width) 80 | ||
+ | |||
+ | # LayerLine | ||
+ | set LayerLine(flag) OFF | ||
+ | set LayerLine(pointRadius) 3 | ||
+ | |||
+ | # Projection Line | ||
+ | set Projection(flag) OFF | ||
+ | set Projection(which) Y | ||
+ | set Projection(scale) 1 | ||
+ | |||
+ | # Unit Cell | ||
+ | set UnitCell(n) 0 | ||
+ | set UnitCell(dimension) 2 | ||
+ | set UnitCell(axis1,n) 5 | ||
+ | set UnitCell(axis2,n) 5 | ||
+ | set UnitCell(axis3,n) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis1,x) 1 | ||
+ | set UnitCell(axis1,y) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis1,z) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis2,x) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis2,y) 1 | ||
+ | set UnitCell(axis2,z) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis3,x) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis3,y) 0 | ||
+ | set UnitCell(axis3,z) 1 | ||
+ | |||
+ | set UnitCell(box,x) 5 | ||
+ | set UnitCell(box,y) 5 | ||
+ | set UnitCell(box,z) 0 | ||
+ | |||
+ | set UnitCell(alpha) 90 | ||
+ | set UnitCell(beta) 90 | ||
+ | set UnitCell(gamma) 90 | ||
+ | |||
+ | # Section | ||
+ | set Section(flag) OFF | ||
+ | set Section(which) Y | ||
+ | set Section(scale) 1 | ||
+ | set Section(scaleDelta) 0.1 | ||
+ | set Section(at) 0 | ||
+ | set Section(atDelta) 1 | ||
+ | set Section(mode) normal | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
===オプション -geometry=== | ===オプション -geometry=== | ||
====geometry=250x350+100+100で実行==== | ====geometry=250x350+100+100で実行==== | ||
− | < | + | <table> |
− | [[画像:Outdata-geometry-Display2.png]]< | + | <tr> |
+ | <td>デフォルト</td> | ||
+ | <td>設定後(デフォルトのときよりも画面の右下に表示される)</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-geometry-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
<br> | <br> | ||
行182: | 行376: | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td>[[画像:Display2-File.png]]</td> |
<td><p align="left">Open<br> | <td><p align="left">Open<br> | ||
New<br> | New<br> | ||
行194: | 行388: | ||
新規ウィンドウでファイルを開く<br> | 新規ウィンドウでファイルを開く<br> | ||
PSファイルで保存<br> | PSファイルで保存<br> | ||
− | + | バイナリファイル<br> | |
− | + | ||
画像をPSファイルで保存<br> | 画像をPSファイルで保存<br> | ||
終了<br></p> | 終了<br></p> | ||
行204: | 行397: | ||
====Open==== | ====Open==== | ||
+ | 操作動画: [[:Media:Display2-1-1.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-1-1.mp4|(.mp4)]] | ||
<br> | <br> | ||
====New==== | ====New==== | ||
+ | 操作動画: [[:Media:Display2-1-2.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-1-2.mp4|(.mp4)]] | ||
<br> | <br> | ||
====Save Image(PS) As==== | ====Save Image(PS) As==== | ||
+ | イメージをPSファイルとして保存します。 | ||
<br> | <br> | ||
====Save Image(BYTE) As==== | ====Save Image(BYTE) As==== | ||
+ | イメージをバイトファイルとして保存します。 | ||
<br> | <br> | ||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
====Save Canvas(PS) As==== | ====Save Canvas(PS) As==== | ||
+ | 操作動画: [[:Media:Display2-1-3.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-1-3.mp4|(.mp4)]] | ||
<div>保存したPSファイル</div> | <div>保存したPSファイル</div> | ||
[[画像:Outdata-File1-Display2.png]]<br> | [[画像:Outdata-File1-Display2.png]]<br> | ||
行247: | 行441: | ||
===Editメニュー=== | ===Editメニュー=== | ||
+ | マウスの中ボタン、ALT+左ボタン、左ボタンダブルクリック(ただし、左クリックを一度したことになりますの使用上の注意が必要です)などで開くことが出来ます。 | ||
+ | |||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>[[画像:Outdata-Edit-Display2.png]]</td> | <td>[[画像:Outdata-Edit-Display2.png]]</td> | ||
<td><p align="left">Cancel<br> | <td><p align="left">Cancel<br> | ||
+ | OK<br> | ||
Move<br> | Move<br> | ||
Resize<br> | Resize<br> | ||
Rotate<br> | Rotate<br> | ||
+ | All Delete<br> | ||
+ | Delete<br> | ||
ZoomIn<br> | ZoomIn<br> | ||
ZoomOut<br> | ZoomOut<br> | ||
ROIInfo<br></p> | ROIInfo<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">切り出し範囲の取り消し<br> |
− | + | 切り出し範囲の決定(MultiShape時のみ)<br> | |
− | + | 切り出し範囲の移動<br> | |
− | + | 切り出し範囲のサイズ変更<br> | |
+ | 切り出し範囲の回転<br> | ||
+ | 全ての切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)<br> | ||
+ | 切り出し範囲の削除(MultiShape時のみ)<br> | ||
ズームイン<br> | ズームイン<br> | ||
ズームアウト<br> | ズームアウト<br> | ||
− | <br></p> | + | ROI Informationウィンドウを開く<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行271: | 行473: | ||
====Cancle==== | ====Cancle==== | ||
− | <div> | + | <div>切り出し範囲を取り消す</div> |
+ | <div>操作動画: [[:Media:Outdata-Cancle-Display2.mov|(.mov)]] [[:Media:Outdata-Cancle-Display2.m4v|(.m4v)]]</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行277: | 行480: | ||
<td>-></td> | <td>-></td> | ||
<td>[[画像:Outdata-Cancle-Display2.png]]</td> | <td>[[画像:Outdata-Cancle-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====OK==== | ||
+ | <div>切り出し範囲を決定する(決定前: 青色, 決定後: 緑色)</div> | ||
+ | <div>操作動画: [[:Media:Display2-2-1.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-1.mp4|(.mp4)]]</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-OK-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-OK-Display2.png]]</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
行283: | 行498: | ||
====Move==== | ====Move==== | ||
<div>ドラッグにより移動ができる</div> | <div>ドラッグにより移動ができる</div> | ||
+ | <div>操作動画: [[:Media:Display2-2-2.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-2.mp4|(.mp4)]]</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行294: | 行510: | ||
====Resize==== | ====Resize==== | ||
<div>ドラッグによりサイズ変更ができる</div> | <div>ドラッグによりサイズ変更ができる</div> | ||
+ | <div>操作動画: [[:Media:Display2-2-3.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-3.mp4|(.mp4)]]</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行305: | 行522: | ||
====Rotate==== | ====Rotate==== | ||
<div>ドラッグにより回転ができる</div> | <div>ドラッグにより回転ができる</div> | ||
+ | <div>操作動画: [[:Media:Display2-2-4.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-4.mp4|(.mp4)]]</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行310: | 行528: | ||
<td>-></td> | <td>-></td> | ||
<td>[[画像:Outdata-Rotate-Display2.png]]</td> | <td>[[画像:Outdata-Rotate-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====All Delete==== | ||
+ | <div>全ての切り出し範囲を削除する</div> | ||
+ | <div>操作動画: [[:Media:Display2-2-5.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-5.mp4|(.mp4)]]</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata3-ROIInfo-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-AllDelete-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====Delete==== | ||
+ | <div>Currentの切り出し範囲を削除する</div> | ||
+ | <div>操作動画: [[:Media:Display2-2-6.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-6.mp4|(.mp4)]]</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Delete-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata3-ROIInfo-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-Delete-Display2.png]]</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
行316: | 行565: | ||
====ZoomIn==== | ====ZoomIn==== | ||
<div>元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で拡大表示する</div> | <div>元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で拡大表示する</div> | ||
+ | <div>操作動画: [[:Media:Display2-2-7.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-7.mp4|(.mp4)]]</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行327: | 行577: | ||
====ZoomOut==== | ====ZoomOut==== | ||
<div>元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で縮小表示する</div> | <div>元画像を 1/n倍 <-> 1倍 <-> n倍 の範囲で縮小表示する</div> | ||
+ | <div>操作動画: [[:Media:Display2-2-8.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-8.mp4|(.mp4)]]</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行337: | 行588: | ||
====ROIInfo==== | ====ROIInfo==== | ||
+ | <div>[[ROI]]ファイル設定および出力ができる</div> | ||
+ | <div>操作動画: [[:Media:Display2-2-9.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-9.mp4|(.mp4)]]</div> | ||
+ | <div>Rectrangleの場合</div> | ||
[[画像:Outdata-ROIInfo-Display2.png]]<br> | [[画像:Outdata-ROIInfo-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Lineの場合</div> | ||
+ | [[画像:Outdata1-Line-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>Splineの場合</div> | ||
+ | [[画像:Outdata1-Spline-Display2.png]]<br> | ||
<br> | <br> | ||
=====Extract===== | =====Extract===== | ||
<div>設定した範囲やサイズで[[ROI]]ファイルを出力する</div> | <div>設定した範囲やサイズで[[ROI]]ファイルを出力する</div> | ||
− | <div> | + | <div>操作動画: [[:Media:Display2-2-9-1.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-9-1.mp4|(.mp4)]]</div> |
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====AfterExtract===== | ||
+ | <div>Viewにチェックを入れてExtractすると、出力した[[ROI]]ファイルを新しいウィンドウで開く(foregroundのみ対応)</div> | ||
+ | <div>操作動画: [[:Media:Display2-2-9-2.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-2-9-2.mp4|(.mp4)]]</div> | ||
+ | <br> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Outdata- | + | <td>[[画像:Outdata-AfterExtract-Display2.png]]</td> |
− | <td> | + | <td>-></td> |
− | + | <td>[[画像:Outdata1-AfterExtract-Display2.png]]</td> | |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | <td> | + | |
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
− | + | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Redraw===== | ||
<br> | <br> | ||
=====MultiShape===== | =====MultiShape===== | ||
− | <div> | + | <div>複数の[[ROI]]ファイルが出力可能になり、MultiShapeの設定項目が表示される</div> |
[[画像:Outdata1-ROIInfo-Display2.png]]<br> | [[画像:Outdata1-ROIInfo-Display2.png]]<br> | ||
<br> | <br> | ||
− | |||
− | |||
<div>Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される</div> | <div>Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される</div> | ||
行390: | 行649: | ||
===ROIメニュー=== | ===ROIメニュー=== | ||
+ | マウスの中ボタン、ALT+左ボタンでも開くことが出来ます。 | ||
+ | |||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行397: | 行658: | ||
Spline<br> | Spline<br> | ||
Create<br> | Create<br> | ||
+ | Select<br> | ||
ZoomIn<br> | ZoomIn<br> | ||
ZoomOut<br> | ZoomOut<br> | ||
行403: | 行665: | ||
ROIInfo<br></p> | ROIInfo<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">切り出し範囲を矩形サイズにする<br> |
− | + | 切り出し範囲を直線にする<br> | |
− | + | 切り出し範囲をスプライン曲線にする<br> | |
− | <br> | + | 切り出し範囲の新規作成<br> |
+ | 切り出し範囲の選択(MultiShape時のみ)<br> | ||
ズームイン<br> | ズームイン<br> | ||
ズームアウト<br> | ズームアウト<br> | ||
ROIファイルの複数切り出し<br> | ROIファイルの複数切り出し<br> | ||
− | <br> | + | 複数ROIファイルを切り出す際に大きさを前回のものと同じ(固定)<br> |
ROI情報を表示<br></p> | ROI情報を表示<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
行418: | 行681: | ||
====Rectangle==== | ====Rectangle==== | ||
+ | <div>切り出し範囲を矩形サイズにする</div> | ||
+ | [[画像:Outdata1-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>切り出した画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Extract-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-10973.5 (23, 0, 0)<br> | ||
+ | 52942.7 (19, 34, 0)<br> | ||
+ | 12818.1<br> | ||
+ | 10974.8<br> | ||
+ | 304.857<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のログ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | mrcImageROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -m 2 -r 5.0 5.0 40.0 5.0 40.0 40.0 5.0 40.0 | ||
+ | </pre> | ||
<br> | <br> | ||
====Line==== | ====Line==== | ||
+ | <div>切り出し範囲を直線にする</div> | ||
+ | [[画像:Outdata-Line-Display2.png]]<br> | ||
<br> | <br> | ||
====Spline==== | ====Spline==== | ||
+ | <div>切り出し範囲をスプライン曲線にする</div> | ||
+ | [[画像:Outdata-Spline-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>切り出した画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-Spline-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-18651.7 (51, 1, 0)<br> | ||
+ | 52942.7 (12, 7, 0)<br> | ||
+ | 8339.4<br> | ||
+ | 10634.9<br> | ||
+ | 73.3183br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-o のログ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | mrcImageUnbentROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -x 80 -r 9.0 12.0 74.0 12.0 37.0 26.0 62.0 39.0 41.0 73.0 23.0 72.0 10.0 65.0 19.0 53.0 6.0 34.0 8.0 14.0 | ||
+ | </pre> | ||
<br> | <br> | ||
====Create==== | ====Create==== | ||
+ | <div>切り出し範囲を新規作成する</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Create-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
<br> | <br> | ||
====ZoomIn==== | ====ZoomIn==== | ||
− | [[Display2#ZoomIn| | + | <div>[[Display2#ZoomIn|Editメニュー]]と同様</div> |
<br> | <br> | ||
====ZoomOut==== | ====ZoomOut==== | ||
− | [[Display2#ZoomOut| | + | <div>[[Display2#ZoomOut|Editメニュー]]と同様</div> |
<br> | <br> | ||
====MultiROI==== | ====MultiROI==== | ||
+ | <div>複数の[[ROI]]ファイルが出力可能になる</div> | ||
+ | <div>操作動画: [[:Media:Display2-3-1.mov|(.mov)]] [[:Media:Display2-3-1.mp4|(.mp4)]]</div> | ||
<br> | <br> | ||
====SizeLock==== | ====SizeLock==== | ||
+ | 連続的にROIを切り出すときに、決まった大きさで切り出すことが出来ます。 | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====AngleLock==== | ||
+ | 連続的にROIを切り出すときに、決まった角度で切り出すことが出来ます。SizeLockがかかっているときにのみ表示され、意味を持ちます。 | ||
<br> | <br> | ||
====ROIInfo==== | ====ROIInfo==== | ||
− | [[Display2#ROIInfo| | + | [[Display2#ROIInfo|Editメニュー]]と同様<br> |
<br> | <br> | ||
行463: | 行799: | ||
===Informationメニュー=== | ===Informationメニュー=== | ||
+ | <div>画像上にて右クリックすることでも同様のメニューを開くことができる</div> | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行477: | 行814: | ||
Scale Info<br></p> | Scale Info<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"><br> | + | <td><p align="left">密度と周波数のグラフを表示する<br> |
<br> | <br> | ||
<br> | <br> | ||
行494: | 行831: | ||
====Display2 Info==== | ====Display2 Info==== | ||
[[画像:Outdata1-Information-Display2.png]]<br> | [[画像:Outdata1-Information-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>右上のボタン(line1)を押すと、グラフのピークが表示される</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>グラフ上をドラッグすることでズームができる(連続操作可能)</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>グラフ上を右クリックすると、ズームを1段階戻す</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata2-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2Info-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>High, Lowにより画像の表示範囲を再設定できる。<br> | ||
+ | [[画像:Outdata3-Display2Info-Display2.png]]</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-LH-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
<br> | <br> | ||
====mrcImage Info==== | ====mrcImage Info==== | ||
+ | <div>[[mrcImage]]の画像情報が表示される</div> | ||
[[画像:Outdata2-Information-Display2.png]]<br> | [[画像:Outdata2-Information-Display2.png]]<br> | ||
+ | <div>[[Display2#Display2 Info|Display2 Info]]と同様にグラフのピークの表示やズームができる</div> | ||
<br> | <br> | ||
行506: | 行886: | ||
====Roi Info==== | ====Roi Info==== | ||
− | [[Display2#ROIInfo| | + | [[Display2#ROIInfo|Editメニュー]]と同様<br> |
<br> | <br> | ||
2016年6月4日 (土) 22:26時点における最新版
Display2とは、Eosにおける画像表示のためのコマンドです。mrcImage画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、3Dのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。
Display2 -i Input.mrc
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル設定: mrcImage | NULL |
-t | 選択 | 入力ファイルのテンプレート | 85.roi |
-o | 選択 | ログファイル | .EosLog |
-L | 選択 | LowThreshold | 0.0(設定しないと使われない) |
-H | 選択 | HighThreshold | 0.0(設定しないと使われない) |
-Zoom | 選択 | 倍率 | 1 (整数倍か、整数分の1を選んで下さい。) |
-Inverse | 選択 | 設定すると、白黒が反転する | |
-def | 選択 | Display2が使う色や大きさ、変数のデフォールト値などを変更する。引数で設定したものが優先される。 | ~/.Eos/Display2 |
-display | 選択 | :0.0 | |
-geometry | 選択 | ウィンドウの初期サイズと位置を設定 | 1024x1024+0+0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
-geometry の引数のフォーマット
-geometry (サイズx)x(サイズy)+(座標x)+(座標y)
フォント等のデフォールト設定の変更方法
$HOME/.Eos/Display2というファイルがあります。この中で、フォント等のデフォールト設定を変更できます。
実行例
入力ファイルの画像
最小 最大 |
-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) |
オプション必須項目のみの場合
File File(Seq) |
ファイル操作 Seqファイル操作 |
オプション -L, -H
L=0, H=30000で実行
デフォルト | 設定後 |
オプション -Zoom
Zoom=2で実行
デフォルト | 設定後 |
オプション -Inverse
デフォルト | 設定後 |
オプション -def
デフォールトで設定されているファイルがないときは自動的につくります。下記に設定ファイルの例を示します。 設定されていないときは、~/.Eos/Display2が存在しなければ、~/.Eos/Display2の初期ファイルをつくります。その後、~/.Eos/Display2を読み込みます。
例:
# # Default # # Precision # 計算の精度を示しています。17桁を設定しています。 set tcl_precision 17 # Canvas Area Create # 主たる画面(キャンパス)の大きさを指定しています。 set Desktop(mainCanvasX) 1999 set Desktop(mainCanvasY) 1999 # 画面の全体像をみるための画面の大きさを示しています。 set Desktop(overviewCanvasX) 256 set Desktop(overviewCanvasY) 256 # 予約語です set Desktop(sizeX) 128 set Desktop(sizeY) 128 # カーソルの色と形を示しています。 set Desktop(Cursor) "crosshair blue" # Image # ポストスクリプトファイルを書き出す際の倍率を示しています。[mm/pixel]。これとRoi(Zoom)との積で最終的な倍率が決まります。 set mainImage(PSScale) 0.2 # 決められたHigh/Lowの間で画像を見たいときのものです。 set mainImage(thresHigh) No set mainImage(thresLow) No #コントラストを反転したいときのものです。 set mainImage(Inverse) No #最大値・最小値が指定されていないときのコントラストの自動生成を示しています。平均値±2*標準偏差 をそれぞれ、最小値、最大値とします。 set mainImage(Contrast) 2 #コントラストをログで変換したものを使います。 set mainImage(flagLog) 0 #コントラストをパワーで変換したものを使います。 set mainImage(flagPow) 0 #ヒストグラムを見るための刻み数を示しています。 set mainImage(HistNum) 256 # Roi # 確定したROI、及び、選択中のROIの色を指定しています。 set Roi(OKColor) #118866 set Roi(SelectColor) #0000ff # ROIの線の太さ、色を示しています。 set Roi(LineWidth) 3 set Roi(CurrentColor) $Roi(OKColor) #デフォールトのROIの形状を表しています。 set Roi(Shape) Rectangle # 複数のROIを同時に選択する場合に利用します。 set Roi(MultiShape) Off set Roi(MultiNumber) Off # 同じ大きさのROIを切り出すときに利用します。 set Roi(SizeLock) Off # 同じ角度のROIを切り出すときに利用します。 set Roi(AngleLock) Off set Roi(Analysis) Off set Roi(View) off set Roi(Extract) foreground set Roi(withScale) Off set Roi(absTicks) 54.6 set Roi(numFormat) "-%04d.roi" set Roi(Shrink) 1 # Zooming # 画像のズームを表現しています set Roi(Zoom) 2 set Roi(ZoomX) 1 set Roi(ZoomY) 1 # Point set Point(x) 0 set Point(y) 0 set Point(dat) 0 set Point(cx) 0 set Point(cy) 0 set Point(cdat) 0 # Roi Rectangle # 実際に切り出される大きさは1ピクセル大きくなるのでご注意下さい。 set rectanglePoints(width) 32.0 set rectanglePoints(height) 32.0 set rectanglePoints(angle) 0.0 # spline set splinePoints(Width) 80 # LayerLine set LayerLine(flag) OFF set LayerLine(pointRadius) 3 # Projection Line set Projection(flag) OFF set Projection(which) Y set Projection(scale) 1 # Unit Cell set UnitCell(n) 0 set UnitCell(dimension) 2 set UnitCell(axis1,n) 5 set UnitCell(axis2,n) 5 set UnitCell(axis3,n) 0 set UnitCell(axis1,x) 1 set UnitCell(axis1,y) 0 set UnitCell(axis1,z) 0 set UnitCell(axis2,x) 0 set UnitCell(axis2,y) 1 set UnitCell(axis2,z) 0 set UnitCell(axis3,x) 0 set UnitCell(axis3,y) 0 set UnitCell(axis3,z) 1 set UnitCell(box,x) 5 set UnitCell(box,y) 5 set UnitCell(box,z) 0 set UnitCell(alpha) 90 set UnitCell(beta) 90 set UnitCell(gamma) 90 # Section set Section(flag) OFF set Section(which) Y set Section(scale) 1 set Section(scaleDelta) 0.1 set Section(at) 0 set Section(atDelta) 1 set Section(mode) normal
オプション -geometry
geometry=250x350+100+100で実行
デフォルト | 設定後(デフォルトのときよりも画面の右下に表示される) |
Fileメニュー
Open New |
同じウィンドウでファイルを開く 新規ウィンドウでファイルを開く |
Open
New
Save Image(PS) As
イメージをPSファイルとして保存します。
Save Image(BYTE) As
イメージをバイトファイルとして保存します。
Save Canvas(PS) As
File(Seq)メニュー
Open |
同じウィンドウでファイルを開く |
Open
New
Editメニュー
マウスの中ボタン、ALT+左ボタン、左ボタンダブルクリック(ただし、左クリックを一度したことになりますの使用上の注意が必要です)などで開くことが出来ます。
Cancle
-> |
OK
-> |
Move
-> |
Resize
-> |
Rotate
-> |
All Delete
-> |
Delete
-> |
-> |
ZoomIn
-> |
ZoomOut
-> |
ROIInfo
Extract
AfterExtract
-> |
Redraw
MultiShape
Windowメニュー
New Wondow |
新規のウィンドウを開く |
New Window
ROIメニュー
マウスの中ボタン、ALT+左ボタンでも開くことが出来ます。
Rectangle
最小 最大 |
-10973.5 (23, 0, 0) 52942.7 (19, 34, 0) |
mrcImageROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -m 2 -r 5.0 5.0 40.0 5.0 40.0 40.0 5.0 40.0
Line
Spline
最小 最大 |
-18651.7 (51, 1, 0) 52942.7 (12, 7, 0) |
mrcImageUnbentROI -i Input-1VOM-N-2D.mrc -o Outdata.mrc -x 80 -r 9.0 12.0 74.0 12.0 37.0 26.0 62.0 39.0 41.0 73.0 23.0 72.0 10.0 65.0 19.0 53.0 6.0 34.0 8.0 14.0
Create
-> |
ZoomIn
ZoomOut
MultiROI
SizeLock
連続的にROIを切り出すときに、決まった大きさで切り出すことが出来ます。
AngleLock
連続的にROIを切り出すときに、決まった角度で切り出すことが出来ます。SizeLockがかかっているときにのみ表示され、意味を持ちます。
ROIInfo
Editメニューと同様
Operationメニュー
fft2d |
FFT処理を行う |
fft2d
Informationメニュー
Display2 Info mrcImage Info |
密度と周波数のグラフを表示する |
Display2 Info
-> |
-> |
-> |
-> |
mrcImage Info
Image Info
Roi Info
Editメニューと同様
LayerLine Info
Projection Info
Scetion Info
CTF Info
UnitCell Info
Scale Info
Helpメニュー
Help |
ヘルプ |