「Display2」の版間の差分
行62: | 行62: | ||
<td>-geometry</td> | <td>-geometry</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td></td> | + | <td>ウィンドウの初期サイズと位置を設定</td> |
<td>1024x1024+0+0</td> | <td>1024x1024+0+0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行101: | 行101: | ||
</div> | </div> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | ===-geometry の引数のフォーマット=== | ||
+ | <pre> | ||
+ | -geometry (サイズx)x(サイズy)+(座標x)+(座標y) | ||
+ | </pre> | ||
+ | <div>サイズ、座標はどちらかでも可</div> | ||
+ | <br> | ||
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
+ | ===[[Media:Input-1VOM-N-2D.mrc | 入力ファイル]](2D)の画像=== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Input-1VOM-N-2D.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">-18651.7 (10, 1, 0)<br> | ||
+ | 52942.7 (24, 39, 0)<br> | ||
+ | 7214.87<br> | ||
+ | 10067.6<br> | ||
+ | 125.845<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
− | + | ===オプション必須項目のみの場合=== | |
+ | <div>左上に入力ファイルの実空間での画像、右上にフーリエ空間での画像が表示される</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">File<br> | ||
+ | File(Seq)<br> | ||
+ | Edit<br> | ||
+ | Window<br> | ||
+ | ROI<br> | ||
+ | Operation<br> | ||
+ | Information<br> | ||
+ | Help<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">ファイル操作<br> | ||
+ | Seqファイル操作<br> | ||
+ | 編集<br> | ||
+ | ウィンドウ処理<br> | ||
+ | ROIファイルの作成<br> | ||
+ | 画像処理<br> | ||
+ | 情報の表示<br> | ||
+ | ヘルプ<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -L, -H=== | ||
+ | ====L=0, H=30000で実行==== | ||
+ | <div>-L, -H を対象の値に合わせて設定することで観察したい範囲での表示が出来る。</div> | ||
+ | [[画像:Outdata-LH-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -Zoom=== | ||
+ | ====Zoom=2で実行==== | ||
+ | [[画像:Outdata-Zoom-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -Inverse=== | ||
+ | [[画像:Outdata-Inverse-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -geometry=== | ||
+ | ====geometry=250x350+100+100で実行==== | ||
+ | <div>以下のウィンドウがデフォルトのときよりも画面の右下に表示される</div> | ||
+ | [[画像:Outdata-geometry-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====File メニュー==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-File-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">Open<br> | ||
+ | New<br> | ||
+ | Save Image(PS) As<br> | ||
+ | Save Image(BYTE) As<br> | ||
+ | Extract ROI(REAL) As<br> | ||
+ | Save Canvas(PS) As<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">同じウィンドウでファイルを開く<br> | ||
+ | 新規ウィンドウでファイルを開く<br> | ||
+ | PSファイルで保存<br> | ||
+ | バイナリファイルで保存<br> | ||
+ | ROIファイルに展開<br> | ||
+ | 画像をPSファイルで保存<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Open===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====New===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Save Image(PS) As===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | =====Save Image(BYTE) As===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | |||
+ | =====Extract ROI(REAL) As===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Save Canvas(PS) As===== | ||
+ | <div>保存したPSファイル(一部)</div> | ||
+ | [[画像:Outdata-File1-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====File(Seq) メニュー==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-File(Seq)-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">Open<br> | ||
+ | New<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">同じウィンドウでファイルを開く<br> | ||
+ | 新規ウィンドウでファイルを開く<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Open===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====New===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====Edit メニュー==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Edit-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">Cancel<br> | ||
+ | Move<br> | ||
+ | Resize<br> | ||
+ | Rotate<br> | ||
+ | ZoomIn<br> | ||
+ | ZoomOut<br> | ||
+ | ROIInfo<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left"><br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | ズームイン<br> | ||
+ | ズームアウト<br> | ||
+ | <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Cancle===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Move===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Resize===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Rotate===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====ZoomIn===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ZoomIn-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====ZoomOut===== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td>-></td> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ZoomOut-Display2.png]]</td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====ROIInfo===== | ||
+ | [[画像:Outdata-ROIInfo-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <div>MultiShapeを選択すると、MultiShapeの設定項目が表示される</div> | ||
+ | [[画像:Outdata1-ROIInfo-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <div>Analysisを選択すると、FFTのボタンが表示される</div> | ||
+ | [[画像:Outdata2-ROIInfo-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====Window メニュー==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Window-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">New Wondow<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">新規のウィンドウを開く<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====New Window===== | ||
+ | [[画像:Outdata1-Window-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====ROI メニュー==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-ROI-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">Rectangle<br> | ||
+ | Line<br> | ||
+ | Spline<br> | ||
+ | Create<br> | ||
+ | ZoomIn<br> | ||
+ | ZoomOut<br> | ||
+ | MultiROI<br> | ||
+ | SizeLock<br> | ||
+ | ROIInfo<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">矩形サイズで切り出す<br> | ||
+ | 直線で切り出す<br> | ||
+ | スプライン曲線で切り出す<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | ズームイン<br> | ||
+ | ズームアウト<br> | ||
+ | ROIファイルの複数切り出し<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | ROI情報を表示<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Rectangle===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Line===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Spline===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Create===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====ZoomIn===== | ||
+ | [[Display2#実行例#Editメニュー#ZoomIn|Editメニューと同様]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====ZoomOut===== | ||
+ | [[Display2#実行例#Editメニュー#ZoomOut|Editメニューと同様]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====MultiROI===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====SizeLock===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====ROIInfo===== | ||
+ | [[Display2#実行例#Editメニュー#ROIInfo|Editメニューと同様]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====Operation メニュー==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Operation-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">fft2d<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">FFT処理を行う<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====fft2d===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====Information メニュー==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Information-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">Display2 Info<br> | ||
+ | mrcImage Info<br> | ||
+ | Image Info<br> | ||
+ | Roi Info<br> | ||
+ | LayerLine Info<br> | ||
+ | Projection Info<br> | ||
+ | Section Info<br> | ||
+ | CTF Info<br> | ||
+ | UnitCell Info<br> | ||
+ | Scale Info<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left"><br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Display2 Info===== | ||
+ | [[画像:Outdata1-Information-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====mrcImage Info===== | ||
+ | [[画像:Outdata2-Information-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Image Info===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Roi Info===== | ||
+ | [[Display2#実行例#Editメニュー#ROIInfo|Editメニューと同様]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====LayerLine Info===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Projection Info===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Scetion Info===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====CTF Info===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====UnitCell Info===== | ||
+ | [[画像:Outdata3-Information-Display2.png]]<br> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | =====Scale Info===== | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ====Help メニュー==== | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-Help-Display2.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">Help<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">ヘルプ<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> |
2014年2月24日 (月) 05:32時点における版
Display2とは、Eosにおける画像表示のためのコマンドです。画像からROI(Region of Interest)を切り出すためのツールでもあります。フーリエ変換したものも表示できます。また、3Dのデータの場合にはそのセクションを表示することが出来ます。
目次
- 1 オプション一覧
- 2 実行例
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 選択 | 入力ファイル設定: mrcImage | NULL |
-t | 選択 | 入力ファイルのテンプレート | 85.roi |
-o | 選択 | ログファイル | .EosLog |
-L | 選択 | LowThreshold | 0.0(設定しないと使われない) |
-H | 選択 | HighThreshold | 0.0(設定しないと使われない) |
-Zoom | 選択 | 倍率 | 1.0 |
-Inverse | 選択 | 設定すると、白黒が反転する | |
-display | 選択 | :0.0 | |
-geometry | 選択 | ウィンドウの初期サイズと位置を設定 | 1024x1024+0+0 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
-geometry の引数のフォーマット
-geometry (サイズx)x(サイズy)+(座標x)+(座標y)
実行例
入力ファイル(2D)の画像
最小 最大 |
-18651.7 (10, 1, 0) 52942.7 (24, 39, 0) |
オプション必須項目のみの場合
File File(Seq) |
ファイル操作 Seqファイル操作 |
オプション -L, -H
L=0, H=30000で実行
オプション -Zoom
Zoom=2で実行
オプション -Inverse
オプション -geometry
geometry=250x350+100+100で実行
File メニュー
Open New |
同じウィンドウでファイルを開く 新規ウィンドウでファイルを開く |
Open
New
Save Image(PS) As
Save Image(BYTE) As
Extract ROI(REAL) As
Save Canvas(PS) As
File(Seq) メニュー
Open |
同じウィンドウでファイルを開く |
Open
New
Edit メニュー
Cancel Move |
|
Cancle
Move
Resize
Rotate
ZoomIn
-> |
ZoomOut
-> |
ROIInfo
Window メニュー
New Wondow |
新規のウィンドウを開く |
New Window
ROI メニュー
Rectangle Line |
矩形サイズで切り出す 直線で切り出す |
Rectangle
Line
Spline
Create
ZoomIn
ZoomOut
MultiROI
SizeLock
ROIInfo
Operation メニュー
fft2d |
FFT処理を行う |
fft2d
Information メニュー
Display2 Info mrcImage Info |
|
Display2 Info
mrcImage Info
Image Info
Roi Info
LayerLine Info
Projection Info
Scetion Info
CTF Info
UnitCell Info
Scale Info
Help メニュー
Help |
ヘルプ |