「EMPIARからのデータダウンロード方法」の版間の差分

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(ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード)
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$HOME/.aspera/connect/bin にパスを通すなりして使います。
 
$HOME/.aspera/connect/bin にパスを通すなりして使います。
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== ascpコマンドでのEMPIARからのデータダウンロードが機能するかのチェック ==
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(https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/faq#question_CLDownload より)
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以下コマンドで、58MBのテストデータをEMPIARからダウンロードできます。
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> ascp -QT -l 200M -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/test testset
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成功すれば以下の様に表示されます。
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testset                                                                    100%  57MB  167Mb/s    00:05
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Completed: 58368K bytes transferred in 5 seconds
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(87642K bits/sec), in 1 file.
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== ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード ==
 
== ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード ==
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例えばEMPIAR-10019のデータセットをダウンロードしたければ、例えば以下の様にします。各オプションの意味はascp -hで確認ください。
 
例えばEMPIAR-10019のデータセットをダウンロードしたければ、例えば以下の様にします。各オプションの意味はascp -hで確認ください。
 
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~/.aspera/connect/bin/ascp -QT -k3 -I 1G -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext@fasp.ebi.ac.uk:archive/10019 <保存先ディレクトリ>
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~/.aspera/connect/bin/ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext@fasp.ebi.ac.uk:archive/10019 <保存先ディレクトリ>
 
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2020年7月22日 (水) 14:03時点における版

Aspera connectのインストール

Aspera connectはIBMが提供しているデータダウンロードツールです。

Linuxの場合

Aspera connectのウェブサイトからLinux用のパッケージをダウンロードします。

2019年5月21日時点では ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz が最新でした。

tar.gzを展開すると、ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh というインストールスクリプトが出てきます。以下コマンドでインストールできます。

$ ./ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh

Installing IBM Aspera Connect

Deploying IBM Aspera Connect (/home/kttn/.aspera/connect) for the current user only.

Install complete.

$HOME/.aspera/connect/bin にパスを通すなりして使います。

ascpコマンドでのEMPIARからのデータダウンロードが機能するかのチェック

(https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/faq#question_CLDownload より)

以下コマンドで、58MBのテストデータをEMPIARからダウンロードできます。

> ascp -QT -l 200M -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/test testset

成功すれば以下の様に表示されます。

testset                                                                     100%   57MB  167Mb/s    00:05
Completed: 58368K bytes transferred in 5 seconds
 (87642K bits/sec), in 1 file.

ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード

EMPIAR公式でも説明されていますが、

例えばEMPIAR-10019のデータセットをダウンロードしたければ、例えば以下の様にします。各オプションの意味はascp -hで確認ください。

~/.aspera/connect/bin/ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext@fasp.ebi.ac.uk:archive/10019 <保存先ディレクトリ>