「EMPIARからのデータダウンロード方法」の版間の差分

提供: Eospedia
移動: 案内検索
(ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード)
行43: 行43:
 
例えば以下の様にします。各オプションの意味はascp -hで確認ください。
 
例えば以下の様にします。各オプションの意味はascp -hで確認ください。
 
<pre>
 
<pre>
~/.aspera/connect/bin/ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext@fasp.ebi.ac.uk:archive/<EMPIAR ID> <保存先ディレクトリ>
+
~/.aspera/connect/bin/ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext@fasp.ebi.ac.uk:/<EMPIAR ID> <保存先ディレクトリ>
 
</pre>
 
</pre>
  

2020年7月22日 (水) 14:20時点における版

Aspera connectのインストール

Aspera connectはIBMが提供しているデータダウンロードツールです。

Linuxの場合

Aspera connectのウェブサイトからLinux用のパッケージをダウンロードします。

2019年5月21日時点では ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.tar.gz が最新でした。

tar.gzを展開すると、ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh というインストールスクリプトが出てきます。以下コマンドでインストールできます。

$ ./ibm-aspera-connect-3.9.1.171801-linux-g2.12-64.sh

Installing IBM Aspera Connect

Deploying IBM Aspera Connect (/home/kttn/.aspera/connect) for the current user only.

Install complete.

$HOME/.aspera/connect/bin にパスを通すなりして使います。

ascpコマンドでのEMPIARからのデータダウンロードが機能するかのチェック

(https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/faq#question_CLDownload より)

以下コマンドで、58MBのテストデータをEMPIARからダウンロードできます。

> ascp -QT -l 200M -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext3@fasp.ebi.ac.uk:/test testset

成功すれば以下の様に表示されます。

testset                                                                     100%   57MB  167Mb/s    00:05
Completed: 58368K bytes transferred in 5 seconds
 (87642K bits/sec), in 1 file.

ascpコマンドを用いたEMPIARデータダウンロード

EMPIAR公式でも説明されていますが、

例えば以下の様にします。各オプションの意味はascp -hで確認ください。

~/.aspera/connect/bin/ascp -QT -k3 -I 200M -P33001 -i ~/.aspera/connect/etc/asperaweb_id_dsa.openssh emp_ext@fasp.ebi.ac.uk:/<EMPIAR ID> <保存先ディレクトリ>

例えばEMPIAR-10248をダウンロードしたければ、<EMPIAR ID>の部分を 10248 に置き換えれて、適当な保存先ディレクトリを指定すれば良いです。

数TBに達するデータセットも多数あるので、ダウンロードする前にデータセットの情報を確認しましょう。(https://www.ebi.ac.uk/pdbe/emdb/empiar/)