例えばhogeというndarrayの中で値 0 をもつ要素のインデックスを得るには、
np.where(hoge == 0)[0]
とすればよい。np.whereはタプルを返してきて、その最初の要素が当該インデックスのndarrayになっている。
これは以下の式と等価。(hogeがndarrayであれば。)
(hoge == 0).nonzero()