RELION2のScientificLinux7への導入

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2017年3月15日 (水) 17:12時点におけるYamamotoTakayuki0 (トーク | 投稿記録)による版

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Open MPI のインストール

yumコマンドを使ってインストールをしていきましょう。

$ yum install openmpi
$ yum install openmpi-devel

Cuda7.5 のインストール

まず、EPELリポジトリを使えるようにしておくと良いので、EPELレポジトリを使っていない方は、使えるようにしましょう。

$ yum install epel-release.noarch

次に、Cuda7.5のダウンロードとインストールです。

$ wget http://developer.download.nvidia.com/compute/cuda/7.5/Prod/local_installers/cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm
$ rpm -i cuda-repo-rhel7-7-5-local-7.5-18.x86_64.rpm
$ yum clean all
$ yum install cuda-7-5.x86_64 

再起動します。

$ reboot

Relion2.0 のインストール

まず、cmake3コマンドとpatchコマンドを使えるようにしましょう。

$ yum install cmake3
$ yum install patch

Relion2.0のダウンロードとインストールを行います。

$ git clone https://github.com/3dem/relion.git
$ cd relion
$ mkdir build
$ cd build
$ cmake3
$ make

エラーが出なければ、無事、インストール完了です。 最後に環境設定を行います。
例えば、.bash_profileに以下を書き加えます。

$ export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH
$ export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build//lib:$LD_LIBRARY_PATH
$ export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh"

"***"には、relionフォルダまでのパスを書き込んでください。

$relion

でRelionが起動するはずです。

MotionCor2

実行ファイルを http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html からダウンロードします。
そのまま実行しようとすると、libcufft.so.7.5やlibtiff.so.3がないとエラーが出たので、

$ echo “/usr/local/cuda-7.5/targets/x86_64-linux/lib” > /etc/ld.so.conf.d/cuda.conf
$ ldconfig
$ yum install campat-libtiff3

を行います。
relionからMotionCor2が実行できるよう、環境設定を行います。

ctffindD4.1

実行ファイルをhttp://grigoriefflab.janelia.org/ctf からダウンロードします。
ダウンロードするものは、"ctffind-4.1.5.tar.gz"です。解答して使います。
relionからctffind4.1が実行できるよう、環境設定を行います。

ResMap

実行ファイルをhttp://resmap.sourceforge.net/ からダウンロードします。
ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、python-matplotlib(1.2以上)が必要です。
まず、pythonのバージョンを確認しましょう。

$ python --version

numpy、scipy、python-matplotlibをインストールします。

$ yum install numpy
$ yum install scipy
$ yum install python-matplotlib

それぞれのバージョンを確認します。

$ python
>>> import numpy
>>> numpy.version.version
>>> import scipy
>>> scipy.version.version
>>> import matlplotlib
>>> matplotlib.__version__

確認できたら、

>>> exit()

relionからResMapが実行できるよう、環境設定を行います。

環境設定

例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。

#Setup openMPI
export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH

# CUDA for RELION
export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/use/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export CUDA_HOME="/usr/local/cuda"

#Setup RELION
export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build/lib:$LD_LIBRARY_PATH
# Where is qsub template script stored
export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh"

# Default MOTIONCORR executable
export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-10-19-2016"

# Default CTFFIND executable, version 4.1.x
export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/ctffind"

# Default ResMap executable
export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64"
  
# Default PDF viewer
export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"

その他

gsコマンド、latexコマンド、dvipdfコマンドなども使えると、解析結果をRELION上で確認することができます。
同様に、インストールしておくと良いでしょう。