「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分

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(Ubuntu16.04 へのインストール )
(Ubuntu16.04 へのインストール )
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=== Ubuntu16.04 へのインストール ===
 
=== Ubuntu16.04 へのインストール ===
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必要なライブラリのインストール
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https://github.com/tokuo/relion2.0_setup_on_ubuntu-16.04
 
https://github.com/tokuo/relion2.0_setup_on_ubuntu-16.04
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nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをインストール
  
 
https://developer.nvidia.com/cuda-downloads
 
https://developer.nvidia.com/cuda-downloads
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openmpiのインストール
  
 
https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/
 
https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/
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relion2.0のインストール
  
 
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install
 
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install

2017年2月17日 (金) 08:56時点における版

CentOS7.3 (RHEL系)へのRELION2.0インストール

現在,RELION2.0をCentOS7.3で利用する際に,CentOS7.3が持つパッケージのバグにより,MPIが正常に動作しない現象が発生する模様です.RELIONのベンチマークをコマンドラインで実行しようとすると,

localhost.localdomain.5517hfi_wait_for_device: The /dev/hfi1_0 device failed to appear after 15.0 seconds: Connection timed out

のエラーメッセージが出ます. https://bugzilla.redhat.com/show_bug.cgi?id=1408316

これは,libfabric1.3のバグによるものなので,libfabric1.4へアップグレードすることで回避できます. https://koji.fedoraproject.org/koji/buildinfo?buildID=814957 から,Fedora用のsrc.rpm(SRPM)を取得し,rpmbuildコマンドでリビルドすることで,インストール可能です.

Ubuntu16.04 へのインストール 

必要なライブラリのインストール

https://github.com/tokuo/relion2.0_setup_on_ubuntu-16.04


nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをインストール

https://developer.nvidia.com/cuda-downloads


openmpiのインストール

https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/


relion2.0のインストール

https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install