「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分
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Shgtkmt.tech (トーク | 投稿記録) (→Ubuntu-16.04 LTS へのインストール ) |
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2017年3月12日 (日) 19:42時点における版
Ubuntu-16.04 LTS へのインストール
virtual boxを利用する場合は以下URL参照
http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13
必要なライブラリのインストール
sudo apt-get update
sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev
nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをインストール(PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])
https://developer.nvidia.com/cuda-downloads
openmpiのインストール
https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/
要約 https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/ からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、そのディレクトリへ移動し以下コマンド実行 $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi" $ make && sudo make install $ sudo vim /etc/profile >>export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >>export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" 上記2行を付け加える $ source /etc/profile
relion2.0のインストール
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install
インストールできないときは、githubのissuesを参照 https://github.com/3dem/relion/issues