「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分
提供: Eospedia
YamamotoTakayuki0 (トーク | 投稿記録) (→CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール) |
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[http://grigoriefflab.janelia.org/ctf Niko's CTFFINDのWebサイト]からファイルをダウンロードします。 | [http://grigoriefflab.janelia.org/ctf Niko's CTFFINDのWebサイト]からファイルをダウンロードします。 | ||
ファイルを適当なディレクトリへ保存したら | ファイルを適当なディレクトリへ保存したら | ||
− | gunzip ctffind-4.1.5.tar.gz | + | gunzip ctffind-4.1.5-linux64.tar.gz |
− | tar -xf ctffind-4.1.5.tar | + | tar -xf ctffind-4.1.5-linux64.tar |
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その後、環境設定を行います。 | その後、環境設定を行います。 |
2017年3月15日 (水) 08:19時点における版
目次
Ubuntu-16.04 LTS へのインストール
virtual boxを利用する場合は以下URL参照
http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13
必要なライブラリのインストール
$ sudo apt-get update $ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev
openmpiのインストール
https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/
上記URL要約 https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/ からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、 カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行 $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi" $ make && sudo make install $ sudo vim /etc/profile >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" 上記2行を付け加える $ source /etc/profile
cudaのインストール
nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをNVIDIA websiteからインストールしてください (PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])
relion2.0のインストール
RELION wikiのDownload & install のInstallation using apt-getを参照してください
インストールできないときは、githubのissuesを参照 https://github.com/3dem/relion/issues
Motion Correction software(MotionCor2)のインストール
UCSFからMotinoCor2からファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら
gunzip MotionCor2-01-30-2017.tar.gz tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar
で解凍します。 その後、環境設定を行います
CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール
Niko's CTFFINDのWebサイトからファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら
gunzip ctffind-4.1.5-linux64.tar.gz tar -xf ctffind-4.1.5-linux64.tar
で解凍します。
その後、環境設定を行います。
ResMapのインストール
ResMapから実行ファイルをダウンロードします
ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。 まず、pythonのバージョンを確認しましょう。
python --version
numpy、scipy、matplotlibをインストールします。
sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib
それぞれのバージョンを確認します。
$ python >>> import numpy >>> numpy.version.version >>> import scipy >>> scipy.version.version >>> import matlplotlib >>> matplotlib.__version__
確認できたら、
>>> exit()
で終了しましょう。
その後、環境設定を行います。