「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分

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(ResMapのインストール)
(openmpiのインストール)
 
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  $ sudo apt-get update
 
  $ sudo apt-get update
 
  $ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential
 
  $ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential
  openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev
+
  openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev cmake
 +
 
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====cudaのインストール====
 +
nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaを[https://developer.nvidia.com/cuda-downloads NVIDIA website]からインストールしてください
 +
(PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])
  
 
====openmpiのインストール====
 
====openmpiのインストール====
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  からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、
 
  からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、
 
  カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
 
  カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
 +
(必要なライブラリは上記にて既にインストールしてある)
 
  $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
 
  $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
 
  $ make && sudo make install
 
  $ make && sudo make install
  $ sudo vim /etc/profile
+
  $ cd
 +
$ vim .bash_profile
 
   >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
 
   >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
 
   >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
 
   >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
 
  上記2行を付け加える
 
  上記2行を付け加える
  $ source /etc/profile
+
  $ source .bash_profile
 
+
====cudaのインストール====
+
nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaを[https://developer.nvidia.com/cuda-downloads NVIDIA website]からインストールしてください
+
(PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])
+
  
 
====relion2.0のインストール====
 
====relion2.0のインストール====
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  tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar
 
  tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar
 
で解凍します。
 
で解凍します。
その後、環境設定を行います
+
その後、RELIONから実行できるように[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEUbuntu%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います
  
 
====CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール====
 
====CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール====
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で解凍します。
 
で解凍します。
  
その後、環境設定を行います。
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その後、RELIONから実行できるように[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEUbuntu%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います
  
 
====ResMapのインストール====
 
====ResMapのインストール====
 
[http://resmap.sourceforge.net/ ResMap]から実行ファイルをダウンロードします
 
[http://resmap.sourceforge.net/ ResMap]から実行ファイルをダウンロードします
 +
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実行権限が与えられていないので、
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chmod +x ResMap-1.1.4-linux64
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で権限を与えます。
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ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。
 
ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。
まず、pythonのバージョンを確認しましょう。
+
 
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(今回は楽なのでapt-getで環境を整えますが、pipやpyenv使うことを推奨します)
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まず、pythonのバージョンが2.7以上であることを確認しましょう。
 
  python --version
 
  python --version
 
numpy、scipy、matplotlibをインストールします。
 
numpy、scipy、matplotlibをインストールします。
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で終了しましょう。
 
で終了しましょう。
  
その後、環境設定を行います。
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その後、RELIONから実行できるように[http://www.yasunaga-lab.bio.kyutech.ac.jp/EosJ/index.php/RELION2%E3%81%AEUbuntu%E3%81%B8%E3%81%AE%E5%B0%8E%E5%85%A5#.E7.92.B0.E5.A2.83.E8.A8.AD.E5.AE.9A 環境設定]を行います
  
 
====環境設定====
 
====環境設定====
 
例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。<br>
 
例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。<br>
 
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。
 
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。
#Setup openMPI
+
<pre>
export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH
+
#setup openMPI
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
+
export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
+
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
# CUDA for RELION
+
 
export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
+
# CUDA for RELION
export LD_LIBRARY_PATH=/use/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
+
export PATH="$PATH:/usr/local/cuda/bin"
export CUDA_HOME="/usr/local/cuda"
+
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/use/local/cuda/lib64"
+
export CUDA_HOME="/usr/local/cuda"
#Setup RELION
+
 
export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH
+
# Default MOTIONCORR executable
export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build/lib:$LD_LIBRARY_PATH
+
export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-01-30-2017"
# Where is qsub template script stored
+
 
export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh"
+
# Default CTFFIND executable, version 4.1.x
+
export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/bin/ctffind"
# Default MOTIONCORR executable
+
 
export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-10-19-2016"
+
# Default ResMap executable
+
export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64"
# Default CTFFIND executable, version 4.1.x
+
 
export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/ctffind"
+
# Default PDF viewer
+
export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"
# Default ResMap executable
+
 
export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64"
+
</pre>
 
+
# Default PDF viewer
+
export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"
+

2017年3月16日 (木) 00:39時点における最新版

Ubuntu-16.04 LTS へのインストール 

virtual boxを利用する場合は以下URL参照

http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13

必要なライブラリのインストール

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential
openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev cmake

cudaのインストール

nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをNVIDIA websiteからインストールしてください (PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])

openmpiのインストール

https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/

上記URL要約
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、
カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
(必要なライブラリは上記にて既にインストールしてある)
$ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
$ make && sudo make install
$ cd
$ vim .bash_profile
  >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
  >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
上記2行を付け加える
$ source .bash_profile

relion2.0のインストール

RELION wikiのDownload & install のInstallation using apt-getを参照してください


インストールできないときは、githubのissuesを参照
https://github.com/3dem/relion/issues

Motion Correction software(MotionCor2)のインストール

UCSFからMotinoCor2からファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら

gunzip MotionCor2-01-30-2017.tar.gz
tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar

で解凍します。 その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います

CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール

Niko's CTFFINDのWebサイトからファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら

gunzip ctffind-4.1.5-linux64.tar.gz 
tar -xf ctffind-4.1.5-linux64.tar

で解凍します。

その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います

ResMapのインストール

ResMapから実行ファイルをダウンロードします

実行権限が与えられていないので、

chmod +x ResMap-1.1.4-linux64

で権限を与えます。


ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。

(今回は楽なのでapt-getで環境を整えますが、pipやpyenv使うことを推奨します)

まず、pythonのバージョンが2.7以上であることを確認しましょう。

python --version

numpy、scipy、matplotlibをインストールします。

sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib

それぞれのバージョンを確認します。

$ python
>>> import numpy
>>> numpy.version.version
>>> import scipy
>>> scipy.version.version
>>> import matlplotlib
>>> matplotlib.__version__

確認できたら、

>>> exit()

で終了しましょう。

その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います

環境設定

例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。

#setup openMPI
export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"

# CUDA for RELION
export PATH="$PATH:/usr/local/cuda/bin"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/use/local/cuda/lib64"
export CUDA_HOME="/usr/local/cuda"

# Default MOTIONCORR executable
export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-01-30-2017"

# Default CTFFIND executable, version 4.1.x
export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/bin/ctffind"

# Default ResMap executable
export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64"

# Default PDF viewer
export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"