「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分
提供: Eospedia
Shgtkmt.tech (トーク | 投稿記録) (→openmpiのインストール) |
Shgtkmt.tech (トーク | 投稿記録) (→openmpiのインストール) |
||
行20: | 行20: | ||
$ make && sudo make install | $ make && sudo make install | ||
$ sudo vim /etc/profile | $ sudo vim /etc/profile | ||
− | >>export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" | + | >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" |
− | >>export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" | + | >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" |
上記2行を付け加える | 上記2行を付け加える | ||
$ source /etc/profile | $ source /etc/profile |
2017年3月12日 (日) 19:47時点における版
Ubuntu-16.04 LTS へのインストール
virtual boxを利用する場合は以下URL参照
http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13
必要なライブラリのインストール
$ sudo apt-get update $ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev
nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをインストール(PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])
https://developer.nvidia.com/cuda-downloads
openmpiのインストール
https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/
上記URL要約 https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/ からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行 $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi" $ make && sudo make install $ sudo vim /etc/profile >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin" >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/" 上記2行を付け加える $ source /etc/profile
relion2.0のインストール
https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install
インストールできないときは、githubのissuesを参照 https://github.com/3dem/relion/issues