「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分

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(openmpiのインストール)
(Ubuntu-16.04 LTS へのインストール )
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====必要なライブラリのインストール====
 
====必要なライブラリのインストール====
 
  $ sudo apt-get update
 
  $ sudo apt-get update
  $ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev
+
  $ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential
nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをインストール(PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])
+
openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev
 
+
https://developer.nvidia.com/cuda-downloads
+
  
 
====openmpiのインストール====
 
====openmpiのインストール====
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  上記2行を付け加える
 
  上記2行を付け加える
 
  $ source /etc/profile
 
  $ source /etc/profile
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====cudaのインストール====
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nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaを[
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https://developer.nvidia.com/cuda-downloads インストール]してください(PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])
  
 
====relion2.0のインストール====
 
====relion2.0のインストール====

2017年3月14日 (火) 23:32時点における版

Ubuntu-16.04 LTS へのインストール 

virtual boxを利用する場合は以下URL参照

http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13

必要なライブラリのインストール

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential
openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev

openmpiのインストール

https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/

上記URL要約
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
$ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
$ make && sudo make install
$ sudo vim /etc/profile
  >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
  >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
上記2行を付け加える
$ source /etc/profile


cudaのインストール

nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaを[ https://developer.nvidia.com/cuda-downloads インストール]してください(PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])

relion2.0のインストール

https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install

インストールできないときは、githubのissuesを参照
https://github.com/3dem/relion/issues