「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分

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(Ubuntu-16.04 LTS へのインストール )
(relion2.0のインストール)
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  インストールできないときは、githubのissuesを参照
 
  インストールできないときは、githubのissuesを参照
 
  https://github.com/3dem/relion/issues
 
  https://github.com/3dem/relion/issues
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====Motion Correction software(MotionCor2)のインストール====
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UCSFから[http://msg.ucsf.edu/em/software/motioncor2.html MotinoCor2]からファイルをダウンロードします。
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ファイルを適当なディレクトリへ保存したら
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gunzip MotionCor2-01-30-2017.tar.gz
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tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar
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で解凍します。
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その後、環境設定を行います

2017年3月15日 (水) 00:54時点における版

Ubuntu-16.04 LTS へのインストール 

virtual boxを利用する場合は以下URL参照

http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13

必要なライブラリのインストール

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev

openmpiのインストール

https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/

上記URL要約
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
$ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
$ make && sudo make install
$ sudo vim /etc/profile
  >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
  >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
上記2行を付け加える
$ source /etc/profile

cudaのインストール

nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをNVIDIA websiteからインストールしてください (PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])

relion2.0のインストール

https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install

インストールできないときは、githubのissuesを参照
https://github.com/3dem/relion/issues

Motion Correction software(MotionCor2)のインストール

UCSFからMotinoCor2からファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら

gunzip MotionCor2-01-30-2017.tar.gz
tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar

で解凍します。 その後、環境設定を行います