「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分

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(必要なライブラリのインストール)
(openmpiのインストール)
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  上記URL要約
 
  上記URL要約
 
  https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
 
  https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
  からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
+
  からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、
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カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
 
  $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
 
  $ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
 
  $ make && sudo make install
 
  $ make && sudo make install

2017年3月15日 (水) 15:29時点における版

Ubuntu-16.04 LTS へのインストール 

virtual boxを利用する場合は以下URL参照

http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13

必要なライブラリのインストール

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential
openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev

openmpiのインストール

https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/

上記URL要約
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、
カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
$ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
$ make && sudo make install
$ sudo vim /etc/profile
  >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
  >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
上記2行を付け加える
$ source /etc/profile

cudaのインストール

nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをNVIDIA websiteからインストールしてください (PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])

relion2.0のインストール

https://www2.mrc-lmb.cam.ac.uk/relion/index.php/Download_%26_install

インストールできないときは、githubのissuesを参照
https://github.com/3dem/relion/issues

Motion Correction software(MotionCor2)のインストール

UCSFからMotinoCor2からファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら

gunzip MotionCor2-01-30-2017.tar.gz
tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar

で解凍します。 その後、環境設定を行います

CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール

Niko's CTFFINDのWebサイトからファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら

gunzip ctffind-4.1.5.tar.gz 
tar -xf ctffind-4.1.5.tar 

で解凍します。

wx-config --version

でwxWidgetsのバージョンを確認して下さい。 バージョン3.0以前または、入っていない場合は

sudo apt-get install wx-config

でインストールするか

sudo apt-upgrade

でバージョンアップしてください

続いて

sudo apt-get install fftw3

でFFTW3をインストールします。

以下のコマンドでCTFFIND4のインストールをします

cd ctffind-4.1.5
./configure
make && make install


その後、環境設定を行います。