「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分

2017年3月15日 (水) 08:19時点における版

Ubuntu-16.04 LTS へのインストール　

virtual boxを利用する場合は以下URL参照

http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13

必要なライブラリのインストール

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential
openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev

openmpiのインストール

https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/

上記URL要約
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、
カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
$ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
$ make && sudo make install
$ sudo vim /etc/profile
  >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
  >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
上記２行を付け加える
$ source /etc/profile

cudaのインストール

nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをNVIDIA websiteからインストールしてください （PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch]）

relion2.0のインストール

RELION wikiのDownload & install のInstallation using apt-getを参照してください

インストールできないときは、githubのissuesを参照
https://github.com/3dem/relion/issues

Motion Correction software(MotionCor2)のインストール

UCSFからMotinoCor2からファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら

gunzip MotionCor2-01-30-2017.tar.gz
tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar

で解凍します。 その後、環境設定を行います

CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール

Niko's CTFFINDのWebサイトからファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら

gunzip ctffind-4.1.5-linux64.tar.gz 
tar -xf ctffind-4.1.5-linux64.tar

で解凍します。

その後、環境設定を行います。

ResMapのインストール

ResMapから実行ファイルをダウンロードします

ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。 まず、pythonのバージョンを確認しましょう。

python --version

numpy、scipy、matplotlibをインストールします。

sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib

それぞれのバージョンを確認します。

$ python
>>> import numpy
>>> numpy.version.version
>>> import scipy
>>> scipy.version.version
>>> import matlplotlib
>>> matplotlib.__version__

確認できたら、

>>> exit()

で終了しましょう。

その後、環境設定を行います。