「RELION2のUbuntuへの導入」の版間の差分

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(CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール)
(環境設定)
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例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。<br>
 
例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。<br>
 
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。
 
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。
#Setup openMPI
+
<pre>
export PATH=/usr/lib64/openmpi/bin:$PATH
+
#setup openMPI
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib64/openmpi/lib:$LD_LIBRARY_PATH
+
export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
+
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
# CUDA for RELION
+
 
export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
+
# CUDA for RELION
export LD_LIBRARY_PATH=/use/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
+
export PATH="$PATH:/usr/local/cuda/bin"
export CUDA_HOME="/usr/local/cuda"
+
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/use/local/cuda/lib64"
+
export CUDA_HOME="/usr/local/cuda"
#Setup RELION
+
 
export PATH=/***/relion/build/bin:$PATH
+
# Default MOTIONCORR executable
export LD_LIBRARY_PATH=/***/relion/build/lib:$LD_LIBRARY_PATH
+
export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/home/yuki/MotionCor2/MotionCor2-01-30-2017"
# Where is qsub template script stored
+
 
export RELION_QSUB_TEMPLATE="/***/relion/build/bin/relion_qsub.csh"
+
# Default CTFFIND executable, version 4.1.x
+
export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/home/yuki/ctffind-4.1.5/bin/ctffind"
# Default MOTIONCORR executable
+
 
export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/***/MotionCor2-10-19-2016"
+
# Default ResMap executable
+
export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/home/yuki/ResMap/ResMap-1.1.4-linux64"
# Default CTFFIND executable, version 4.1.x
+
 
export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/***/ctffind-4.1.5/ctffind"
+
# Default PDF viewer
+
export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"
# Default ResMap executable
+
 
export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/***/ResMap-1.1.4-linux64"
+
</pre>
 
+
# Default PDF viewer
+
export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"
+

2017年3月15日 (水) 17:43時点における版

Ubuntu-16.04 LTS へのインストール 

virtual boxを利用する場合は以下URL参照

http://qiita.com/tokuo/items/0b7f334450b8afadcf13

必要なライブラリのインストール

$ sudo apt-get update
$ sudo apt-get install -y vim git libx11-dev gfortran ubuntu-make build-essential
openmpi-bin openmpi-common openssh-client openssh-server libibnetdisc-dev

openmpiのインストール

https://likymice.wordpress.com/2015/03/13/install-open-mpi-in-ubuntu-14-04-13-10/

上記URL要約
https://www.open-mpi.org/software/ompi/v2.0/
からopenmpiをダウンロードし、解凍、解凍したフォルダをホームディレクトリに移し、
カレントディレクトリをそのディレクトリにして以下コマンド実行
$ ./configure --prefix="/home/$USER/.openmpi"
$ make && sudo make install
$ sudo vim /etc/profile
  >> export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
  >> export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"
上記2行を付け加える
$ source /etc/profile

cudaのインストール

nvidiaのGPUを搭載している場合、cudaをNVIDIA websiteからインストールしてください (PCのアーキテクチャを確認するコマンドは[arch])

relion2.0のインストール

RELION wikiのDownload & install のInstallation using apt-getを参照してください


インストールできないときは、githubのissuesを参照
https://github.com/3dem/relion/issues

Motion Correction software(MotionCor2)のインストール

UCSFからMotinoCor2からファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら

gunzip MotionCor2-01-30-2017.tar.gz
tar -xf MotionCor2-01-30-2017.tar

で解凍します。 その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います

CTF estimation software(CTFFIND4)のインストール

Niko's CTFFINDのWebサイトからファイルをダウンロードします。 ファイルを適当なディレクトリへ保存したら

gunzip ctffind-4.1.5-linux64.tar.gz 
tar -xf ctffind-4.1.5-linux64.tar

で解凍します。

その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います

ResMapのインストール

ResMapから実行ファイルをダウンロードします

ResMapを使用するためには、python(2.7以上)、numpy(1.6以上)、scipy(0.12以上)、matplotlib(1.2以上)が必要です。 まず、pythonのバージョンを確認しましょう。

python --version

numpy、scipy、matplotlibをインストールします。

sudo apt-get install python-numpy python-scipy python-matplotlib

それぞれのバージョンを確認します。

$ python
>>> import numpy
>>> numpy.version.version
>>> import scipy
>>> scipy.version.version
>>> import matlplotlib
>>> matplotlib.__version__

確認できたら、

>>> exit()

で終了しましょう。

その後、RELIONから実行できるように環境設定を行います

環境設定

例えば、ホームの.bash_profileに以下のように書き込んでください。
"***"には、それぞれのフォルダ、ファイルまでのパスを書き込んでください。

#setup openMPI
export PATH="$PATH:/home/$USER/.openmpi/bin"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/home/$USER/.openmpi/lib/"

# CUDA for RELION
export PATH="$PATH:/usr/local/cuda/bin"
export LD_LIBRARY_PATH="$LD_LIBRARY_PATH:/use/local/cuda/lib64"
export CUDA_HOME="/usr/local/cuda"

# Default MOTIONCORR executable
export RELION_MOTIONCORR_EXECUTABLE="/home/yuki/MotionCor2/MotionCor2-01-30-2017"

# Default CTFFIND executable, version 4.1.x
export RELION_CTFFIND_EXECUTABLE="/home/yuki/ctffind-4.1.5/bin/ctffind"

# Default ResMap executable
export RELION_RESMAP_EXECUTABLE="/home/yuki/ResMap/ResMap-1.1.4-linux64"

# Default PDF viewer
export RELION_PDFVIEWER_EXECUTABLE="evince"