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relion_helix_toolboxを用います。
 
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> relion_helix_toolbox --cylinder --spherical_mask --cyl_outer_diameter <円筒の直径> --angpix <ピクセルサイズ Å/pix> --boxdim <ボックスサイズ pix> --sphere_percentage <ボックスサイズに対する球面マスクの直径の比率> --width <コサイン型ソフトエッジの幅>
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> relion_helix_toolbox --cylinder --cyl_outer_diameter <円筒の直径> --angpix <ピクセルサイズ Å/pix> --o <出力ファイル名> \
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      --boxdim <ボックスサイズ pix> --sphere_percentage <ボックスサイズに対する球面マスクの直径の比率> --width <コサイン型ソフトエッジの幅>
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* --cylinderで円筒マスクの作成を指定。
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* 円筒マスクは球マスクで両端を削り長さを調整する。(--sphere_percentage)
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=== マスクの位置調整したい ===
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relion_image_handlerで動かせます。
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> relion_image_handler --i <入力マップ> --o <出力マップ> --shift_x <xシフト pix> --shift_y <yシフト pix> --shift_z <zシフト pix>  
 
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2020年6月24日 (水) 11:33時点における最新版

マスク

円筒マスクの作成

relion_helix_toolboxを用います。

> relion_helix_toolbox --cylinder --cyl_outer_diameter <円筒の直径> --angpix <ピクセルサイズ Å/pix> --o <出力ファイル名> \
      --boxdim <ボックスサイズ pix> --sphere_percentage <ボックスサイズに対する球面マスクの直径の比率> --width <コサイン型ソフトエッジの幅>
  • --cylinderで円筒マスクの作成を指定。
  • 円筒マスクは球マスクで両端を削り長さを調整する。(--sphere_percentage)

マスクの位置調整したい

relion_image_handlerで動かせます。

> relion_image_handler --i <入力マップ> --o <出力マップ> --shift_x <xシフト pix> --shift_y <yシフト pix> --shift_z <zシフト pix>