「RELION tips」の版間の差分
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* 円筒マスクは球マスクで両端を削り長さを調整する。(--sphere_percentage) | * 円筒マスクは球マスクで両端を削り長さを調整する。(--sphere_percentage) | ||
− | == マスクの位置調整したい == | + | === マスクの位置調整したい === |
relion_image_handlerで動かせます。 | relion_image_handlerで動かせます。 | ||
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> relion_image_handler --i <入力マップ> --o <出力マップ> --shift_x <xシフト pix> --shift_y <yシフト pix> --shift_z <zシフト pix> | > relion_image_handler --i <入力マップ> --o <出力マップ> --shift_x <xシフト pix> --shift_y <yシフト pix> --shift_z <zシフト pix> | ||
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2020年6月24日 (水) 02:33時点における最新版
マスク
円筒マスクの作成
relion_helix_toolboxを用います。
> relion_helix_toolbox --cylinder --cyl_outer_diameter <円筒の直径> --angpix <ピクセルサイズ Å/pix> --o <出力ファイル名> \ --boxdim <ボックスサイズ pix> --sphere_percentage <ボックスサイズに対する球面マスクの直径の比率> --width <コサイン型ソフトエッジの幅>
- --cylinderで円筒マスクの作成を指定。
- 円筒マスクは球マスクで両端を削り長さを調整する。(--sphere_percentage)
マスクの位置調整したい
relion_image_handlerで動かせます。
> relion_image_handler --i <入力マップ> --o <出力マップ> --shift_x <xシフト pix> --shift_y <yシフト pix> --shift_z <zシフト pix>