relion_helix_toolboxを用います。
> relion_helix_toolbox --cylinder --spherical_mask --cyl_outer_diameter <円筒の直径> --angpix <ピクセルサイズ Å/pix> --boxdim <ボックスサイズ pix> --sphere_percentage <ボックスサイズに対する球面マスクの直径の比率> --width <コサイン型ソフトエッジの幅>