Topaz

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Topaz概要

cryoDRGNと同じくMITのBerger研究室で開発されている、畳み込みニューラルネットワークを用いた単粒子ピッキングおよび画像デノイジングプログラム。

http://cb.csail.mit.edu/cb/topaz

Topazインストール

https://github.com/tbepler/topaz#installation に従えばよい。

もしくは、https://github.com/yasunaga-lab/docker のdeep-learning/Dockerfileを利用してDockerコンテナを作成すれば、以下によりtopazを利用可能な仮想環境をアクティベートできる。

> conda activate dl