「cryoSPARC」の版間の差分

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(cryoSPARC使い方 研究室内向け)
(勉強)
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== 勉強 ==
 
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=== さくっとチュートリアル ===
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T20Sプロテアソームのデータセットでの公式チュートリアルです。
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https://guide.cryosparc.com/processing-data/cryo-em-data-processing-in-cryosparc-introductory-tutorial
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=== 動画でがっつり ===
 
youtubeでワークショップの録画が公開されています。10時間以上に及ぶたいへん長いビデオですが、cryoSPARCを使うならば視聴が望ましいと思います。
 
youtubeでワークショップの録画が公開されています。10時間以上に及ぶたいへん長いビデオですが、cryoSPARCを使うならば視聴が望ましいと思います。
  

2020年9月24日 (木) 12:31時点における版

勉強

さくっとチュートリアル

T20Sプロテアソームのデータセットでの公式チュートリアルです。

https://guide.cryosparc.com/processing-data/cryo-em-data-processing-in-cryosparc-introductory-tutorial

動画でがっつり

youtubeでワークショップの録画が公開されています。10時間以上に及ぶたいへん長いビデオですが、cryoSPARCを使うならば視聴が望ましいと思います。

https://guide.cryosparc.com/processing-data/tutorial-videos

インストール方法

(※ 安永研究室ではすでにcryoSPARCのクラスタが稼働しているので新規インストールは不要です。)

公式の説明にまずは従い、失敗したらディスカッションフォーラムで類似ケースを頑張って探します。それでも無理ならフォーラムで質問します。

こちらも要チェックです→ https://web.chaperone.jp/w/index.php?cryoSPARC

単一の計算機にインストールする場合は、Single workstationモードでのインストールにならえばよいです。

cryoSPARCはRELIONのような独立したGUIアプリではなく、ウェブブラウザからHTTPでアクセスして使うアプリになっています。遠隔から使うにはsshポートフォワードの設定などが必要になる場合もあると思います。

経験的には、既存環境へcryoSPARCを入れようとすると問題が起きることが多い印象です。Dockerで環境を用意すれば解放されます。

Single workstationモードで利用できるDockerfileを試験的に作ってみました( https://github.com/yasunaga-lab/docker )。こちらの使用方法はリポジトリのREADMEに執筆予定です。

Dockerのswarmモードを使ってcryoSPARCのクラスタを作ることもできます。整理の途中ですがこちらをご覧ください DockerでcryoSPARCクラスタ

cryoSPARC tips

cryoSPARCのtipsをまとめます。

DockerでcryoSPARCクラスタ

Docker swarmを使って、複数のホストマシンで構成されるcryoSPARCクラスタを作ってみます。

cryoSPARC使い方 研究室内向け

研究室のファイルサーバー内、"マニュアル\単粒子解析\cryoSPARC"に使用方法のドキュメントを置いておきます。(まだ書き途中)