「cryoSPARC」の版間の差分
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2020年9月16日 (水) 13:10時点における版
勉強
youtubeでワークショップの録画が公開されています。10時間以上に及ぶたいへん長いビデオですが、cryoSPARCを使うならば視聴が望ましいと思います。
https://guide.cryosparc.com/processing-data/tutorial-videos
インストールと使い方
公式の説明にまずは従い、失敗したらディスカッションフォーラムで類似ケースを頑張って探します。それでも無理ならフォーラムで質問します。
こちらも要チェックです→ https://web.chaperone.jp/w/index.php?cryoSPARC
単一の計算機にインストールする場合は、Single workstationモードでのインストールにならえばよいです。
cryoSPARCはRELIONのような独立したGUIアプリではなく、ウェブブラウザからHTTPでアクセスして使うアプリになっています。遠隔から使うにはsshポートフォワードの設定などが必要になる場合もあると思います。
Single workstationモードで利用できるDockerfileを試験的に作ってみました( https://github.com/yasunaga-lab/docker )。こちらの使用方法はリポジトリのREADMEに執筆予定です。
cryoSPARC tips
cryoSPARCのtipsをまとめます。
DockerでcryoSPARCクラスタ
Docker swarmを使って、複数のホストマシンで構成されるcryoSPARCクラスタを作ってみます。