cryoSPARC
提供: Eospedia
勉強
youtubeでワークショップの録画が公開されています。10時間以上に及ぶたいへん長いビデオですが、cryoSPARCリファレンスには書いていないパラメータの詳細まで説明されているので、視聴が望ましいと思います。
https://guide.cryosparc.com/processing-data/tutorial-videos
インストールと使い方
公式の説明にまずは従い、失敗したらディスカッションフォーラムで類似ケースを頑張って探します。それでも無理ならフォーラムで質問します。
単一の計算機にインストールする場合は、Single workstationモードでのインストールにならえばよいです。
cryoSPARCはRELIONのような独立したGUIアプリではなく、ウェブブラウザからHTTPでアクセスして使うアプリになっています。イメージ的にはJupyter Notebookが近いです。遠隔から使うにはsshポートフォワードの設定などが必要になる場合もあると思います。
Single workstationモードで利用できるDockerfileを試験的に作ってみました(https://github.com/yasunaga-lab/docker)。こちらの使用方法はリポジトリのREADMEに執筆予定です。