llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo

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llExtractWithLayerSeparationFilamentInfoとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage(FFT) NULL
-o 必須 出力ファイル: ASCII NULL
-oF 選択 出力ファイル NULL
-oI 選択 出力ファイル: ASCII NULL
-truePitch 選択 True Pitch 430
-PixelSize 選択 ピクセルサイズ: [A] 5
-deltadY 選択 A range of deltaY to determine dY. 0.5
-kV 選択 AccVol: [kV] 200
-Cs 選択 Cs: [mm] 2.1
-df 選択 Defocus: [A]: under(+) 27000
-A 選択 AmplitudeContrast / PhaseContrast 0.1
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
-oF はファイル名のみ -o にて使用する


モードの詳細

モード 説明
0


出力ファイルのフォーマット

-o のフォーマット
-oFのファイル名  turn  defocus  Cs  kV  AmplitudeContrast  Mag


-oI のフォーマット
defocus  Cs  kV  AmplitudeContrast
mrcImageCTFCompensation等で使用可能


実行例

入力ファイルの画像

mrcFFTExpression(m=1)にて表示

1ATOMFil-FFT.png
全体

1ATOMFil-FFT1.png
中心付近

サイズ

モード
Length
最小
最大
平均値
標準偏差

標準誤差

( 512, 1146, 1)

mrcComplexFloatFT
( 2.000, 2.000, 0.000)
4.08519e-10 (257, 572, 0)
0.109661 (0, 0, 0)
0.00909953
0.00776913

1.01425e-05


オプション必須項目のみの場合

出力結果
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY        13.325582
      CalculatedY        13.000000
      deltadY             0.325582


-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0


-oI のデータ
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000


オプション -truePitch

truePitch=364で実行

出力結果
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY        15.741758
      CalculatedY        16.000000
      deltadY             0.258242


-o のデータ
oF-Outdata 16 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0


オプション -PixelSize

PixelSize=2で実行

出力結果
LengthY 2292.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 2.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY         5.330233
      CalculatedY         5.000000
      deltadY             0.330233


-o のデータ
oF-Outdata 5 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0


オプション -deltadY

deltadY=0.1で実行

出力結果
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000
Final CalculatedY        13.325582
      CalculatedY        13.000000
      deltadY             0.325582
The deltadY value 0.325582 is larger than permitted deltadY range 0.100000
dY could not be determined


オプション -kV

kV=100で実行

-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 100.000000 0.100000 1.0


-oI のデータ
27000.000000 2.100000 100.000000 0.100000


オプション -Cs

Cs=1.7で実行

-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 1.700000 200.000000 0.100000 1.0


-oI のデータ
27000.000000 1.700000 200.000000 0.100000


オプション -df

df=20000で実行

-o のデータ
oF-Outdata 13 20000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0


-oI のデータ
20000.000000 2.100000 200.000000 0.100000


オプション -A

A=0.2で実行

-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 200.000000 0.200000 1.0


-oI のデータ
27000.000000 2.100000 200.000000 0.200000