llExtractWithLayerSeparationFilamentInfo
提供: Eospedia
llExtractWithLayerSeparationFilamentInfoとはEosのコマンドである。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(FFT) | NULL |
-o | 必須 | 出力ファイル: ASCII | NULL |
-oF | 選択 | 出力ファイル | NULL |
-oI | 選択 | 出力ファイル: ASCII | NULL |
-truePitch | 選択 | True Pitch | 430 |
-PixelSize | 選択 | ピクセルサイズ: [A] | 5 |
-deltadY | 選択 | A range of deltaY to determine dY. | 0.5 |
-kV | 選択 | AccVol: [kV] | 200 |
-Cs | 選択 | Cs: [mm] | 2.1 |
-df | 選択 | Defocus: [A]: under(+) | 27000 |
-A | 選択 | AmplitudeContrast / PhaseContrast | 0.1 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-oF はファイル名のみ -o にて使用する
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
出力ファイルのフォーマット
-o のフォーマット
-oFのファイル名 turn defocus Cs kV AmplitudeContrast Mag
-oI のフォーマット
defocus Cs kV AmplitudeContrast
mrcImageCTFCompensation等で使用可能
実行例
入力ファイルの画像
mrcFFTExpression(m=1)にて表示
サイズ モード |
( 512, 1146, 1) mrcComplexFloatFT |
オプション必須項目のみの場合
出力結果
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000 Final CalculatedY 13.325582 CalculatedY 13.000000 deltadY 0.325582
-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0
-oI のデータ
27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
オプション -truePitch
truePitch=364で実行
出力結果
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000 Final CalculatedY 15.741758 CalculatedY 16.000000 deltadY 0.258242
-o のデータ
oF-Outdata 16 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0
オプション -PixelSize
PixelSize=2で実行
出力結果
LengthY 2292.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 2.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000 Final CalculatedY 5.330233 CalculatedY 5.000000 deltadY 0.330233
-o のデータ
oF-Outdata 5 27000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0
オプション -deltadY
deltadY=0.1で実行
出力結果
LengthY 5730.000000 [A] = LengthY 1146 [Pixel] x PixelSize 5.000000 [A/Pixel] x Mag 1.000000 Final CalculatedY 13.325582 CalculatedY 13.000000 deltadY 0.325582 The deltadY value 0.325582 is larger than permitted deltadY range 0.100000 dY could not be determined
オプション -kV
kV=100で実行
-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 100.000000 0.100000 1.0
-oI のデータ
27000.000000 2.100000 100.000000 0.100000
オプション -Cs
Cs=1.7で実行
-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 1.700000 200.000000 0.100000 1.0
-oI のデータ
27000.000000 1.700000 200.000000 0.100000
オプション -df
df=20000で実行
-o のデータ
oF-Outdata 13 20000.000000 2.100000 200.000000 0.100000 1.0
-oI のデータ
20000.000000 2.100000 200.000000 0.100000
オプション -A
A=0.2で実行
-o のデータ
oF-Outdata 13 27000.000000 2.100000 200.000000 0.200000 1.0
-oI のデータ
27000.000000 2.100000 200.000000 0.200000