「mrcImageAutoRotationCorrelation3D」の版間の差分
提供: Eospedia
| 行97: | 行97: | ||
<td>-MR</td> | <td>-MR</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>入力: | + | <td>入力: 画像回転の取り扱い</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行103: | 行103: | ||
<td>-m</td> | <td>-m</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
| − | <td>入力: 画像の補間モード | + | <td>入力: 画像の補間モード</td> |
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
| 行119: | 行119: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
| − | <td> | + | <td>0で周辺を埋める</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
| 行175: | 行175: | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>0</td> | <td>0</td> | ||
| − | <td> | + | <td>最近傍</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>1</td> | <td>1</td> | ||
| − | <td> | + | <td>１次補間</td> |
</tr> | </tr> | ||
<tr> | <tr> | ||
<td>2</td> | <td>2</td> | ||
| − | <td> | + | <td>３次補間</td> |
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
2013年12月3日 (火) 06:01時点における版
mrcImageAutoRotationCorrelation3DとはmrcImageファイルの３次元データ間の相関値を計算するためのEosのコマンドである。参照画像に対してもっとも合う３次元画像の向きを決定していく。そのもっともよく合った画像を出力することもできる。
目次
アルゴリズム
リファレンスの３次元画像を回転させて、もっともよく合う回転角を相関値から見出す。相関値は、いくつかの関数系をもつが、基本的には、フーリエ空間での計算から相関関数を求め、その最大値を探索する。
オプション一覧
下記に必要となる引数を記す。-i/-rは必須の引数である。
メインオプション
| オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
|---|---|---|---|
| -i | 必須 | 入力テストファイル: mrcImage | NULL |
| -r | 必須 | 参照テストファイル: mrcImage | NULL |
| -o | 選択 | 出力ファイル: パラメータ | stdout(設定しなければ標準出力) |
| -cor | 選択 | 出力ファイル: 相関マップ: mrcImage | NULL |
| -fit | 選択 | 出力: 類似度の一番高い位置、回転角でのテスト画像: mrcImage | NULL |
| -EA | 選択 | 入力: オイラー角の選択:４文字 | YOYS |
| -Rot1 | 選択 | 入力: オイラー角の第１角の範囲:min max delta | 0.0 360.0 5.0 |
| -Rot2 | 選択 | 入力: オイラー角の第２角の範囲:min max delta | 0.0 180.0 5.0 |
| -Rot3 | 選択 | 入力: オイラー角の第３角の範囲:min max delta | 0.0 360.0 5.0 |
| -Xrange | 選択 | min max (INPUT) [pixel] | 0 0(設定しなければ、Ｘ方向の全範囲) |
| -Yrange | 選択 | min max (INPUT) [pixel] | 0 0(設定しなければ、Y方向の全範囲) |
| -Zrange | 選択 | min max (INPUT) [pixel] | 0 0(設定しなければ、Z方向の全範囲) |
| -M | 選択 | 入力: 相関関数の選択 | 0 |
| -MR | 選択 | 入力: 画像回転の取り扱い | 0 |
| -m | 選択 | 入力: 画像の補間モード | 0 |
モードの詳細
回転のモード: -MR
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 0で周辺を埋める |
| 1 | 平均値で周辺を埋める |
| +0 | 楕円体としての回転 |
| +16 | 直方体としての回転 |
単粒子であり、周辺が媒体と考えられる場合には、０が推奨
そうではなく、周辺まで像があるときには、１６が推奨
そうではなく、周辺まで像があるときには、１６が推奨
相関関数のモード: -M
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | Normal Correlation FxG* |
| 1 | Phase Correlation FxG*/ |FxG*| |
| 2 | Phase Correlation FxG*/sqrt(|FxG*|) |
| 3 | Normalized Normal Correlation FxG*/|F||G|) |
| 16 | (0,0) = 0 |
補間のモード： -m
| モード | 説明 |
|---|---|
| 0 | 最近傍 |
| 1 | １次補間 |
| 2 | ３次補間 |
実行例
参照像test.refに対して、テスト画像test.inを合わせる場合の例。その際の相関値の計算結果がtest.paramに格納され、また、相関マップtest.corも手に入れている。 相関は、参照像を(オイラー角、この場合は、YOYSであるので、Ｙ軸回転(Rot1)、Ｘ軸回転(Rot2)、Ｚ軸回転(Rot3)の順に回転)に従って、３つの角度Rot1, Rot2, Rot3で指定した範囲と刻み幅で回転させる。 回転する際に、画像は直方体内全体にあると考え、その外側は平均値でパッドする。相関値は、F*G*でフーリエ空間の積の逆フーリエ変換で求められた相関関数（相関マップ）から求めるが、-Xrange/-Yrange/-Zrangeにより、その移動距離が制限される。
$ mrcImageAutoRotationCorrelation3D -i test.in -r test.ref -o test.param -cor test.cor -fit test.fit -EA YOYS -Rot1 -20 20 10 -Rot2 -30 30 15 -Rot3 -10 10 5 -Xrange -1 1 -Yrange -2 2 -Zrange 0 0 -MR 17 -M 16 -m 2
