「mrcImageCTFDetermination」の版間の差分
行14: | 行14: | ||
<td>-i</td> | <td>-i</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td> | + | <td>入力ファイル: [[mrcImage]](M=0: FFT, M=2: 2D)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行20: | 行20: | ||
<td>-r</td> | <td>-r</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td> | + | <td>参照ファイル: [[mrcImage]](M=0: FFT, M=2: 2D)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行26: | 行26: | ||
<td>-o</td> | <td>-o</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: Optimum: | + | <td>出力: Optimum: [[ASCII]]<br> |
defocus and amplitude-contrast at minimum point</td> | defocus and amplitude-contrast at minimum point</td> | ||
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
行39: | 行39: | ||
<td>-oC</td> | <td>-oC</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: [[CTF情報]]: | + | <td>出力: [[CTF情報]]: [[ASCII]](フォーマットは-mCにて指定)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行45: | 行45: | ||
<td>-oF</td> | <td>-oF</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力: Result FFT: [[mrcImage]]</td> | + | <td>出力: Result FFT: [[mrcImage]](M=2で使用)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行129: | 行129: | ||
<td>-PixelSize</td> | <td>-PixelSize</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>ピクセルサイズ [A]</td> | + | <td>ピクセルサイズ [A] (M=1で使用)</td> |
<td>5</td> | <td>5</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行135: | 行135: | ||
<td>-Width</td> | <td>-Width</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>Pad Width [pixel]</td> | + | <td>Pad Width [pixel] (M=1で使用)</td> |
<td>120</td> | <td>120</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行141: | 行141: | ||
<td>-truePitch</td> | <td>-truePitch</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>True Pitch [A]</td> | + | <td>True Pitch [A] (M=1で使用)</td> |
<td>700</td> | <td>700</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行147: | 行147: | ||
<td>-dfRef</td> | <td>-dfRef</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>dfRef for ref(firstDf, withinDf)</td> | + | <td>dfRef for ref(firstDf, withinDf) (M=2で使用)</td> |
<td>(70000, 1000)</td> | <td>(70000, 1000)</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行153: | 行153: | ||
<td>-AoverPRef</td> | <td>-AoverPRef</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP)</td> | + | <td>A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP) (M=1, 2で使用)</td> |
<td>(0.05, 0.01)</td> | <td>(0.05, 0.01)</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行159: | 行159: | ||
<td>-MaxIter</td> | <td>-MaxIter</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>MaxIteration for ref</td> | + | <td>MaxIteration for ref(M=2で使用)</td> |
<td>10</td> | <td>10</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行181: | 行181: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===-mF の詳細=== | ===-mF の詳細=== | ||
行213: | 行214: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===-mW の詳細=== | ===-mW の詳細=== | ||
行229: | 行231: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===-mS の詳細=== | ===-mS の詳細=== | ||
行245: | 行248: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===-mC の詳細=== | ===-mC の詳細=== | ||
行261: | 行265: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
+ | <br> | ||
===-M の詳細=== | ===-M の詳細=== | ||
行285: | 行290: | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | <br> | |
== 実行例 == | == 実行例 == | ||
===入力ファイルの画像=== | ===入力ファイルの画像=== | ||
+ | [[Media:Input-B120-CTF.fft|M=0のファイル]](デフォルト) | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像:Input- | + | <td>[[画像:Input-B120-CTF.png]]<br> |
− | <td><p align="left">最小<br> | + | <td><p align="left">サイズ<br> |
+ | モード<br> | ||
+ | 最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
平均値<br> | 平均値<br> | ||
行298: | 行306: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0. | + | <td><p align="left">( 80, 80, 1)<br> |
− | + | mrcComplexFloatFT <br> | |
− | + | 0.000514398 (78, 51, 0)<br> | |
− | + | 1684.3 (0, 0, 0)<br> | |
− | 0. | + | 9.67542<br> |
+ | 65.3969<br> | ||
+ | 0.817461<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
</table> | </table> | ||
− | + | <br> | |
===参照ファイルの画像=== | ===参照ファイルの画像=== | ||
+ | [[Media:Input-B120.fft|M=0のファイル]](デフォルト) | ||
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
− | <td>[[画像: | + | <td>[[画像:Input-B120-FFT.png]]</td> |
− | <td><p align="left">最小<br> | + | <td><p align="left">サイズ<br> |
+ | モード<br> | ||
+ | 最小<br> | ||
最大<br> | 最大<br> | ||
平均値<br> | 平均値<br> | ||
行318: | 行331: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left"> | + | <td><p align="left">( 80, 80, 1)<br> |
− | + | mrcComplexFloatFT <br> | |
− | + | 0.00776821 (75, 37, 0)<br> | |
− | + | 1684.3 (0, 0, 0)<br> | |
− | 0. | + | 9.41977<br> |
+ | 61.1799<br> | ||
+ | 0.764749<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
− | </table> | + | </table> |
− | + | <br> | |
===オプション必須項目のみの場合=== | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
− | <div>-oP の画像</div> | + | <div>-oP の画像(z=0)</div> |
<table> | <table> | ||
<tr> | <tr> | ||
行339: | 行354: | ||
標準誤差<br></p> | 標準誤差<br></p> | ||
</td> | </td> | ||
− | <td><p align="left">0 ( | + | <td><p align="left">0.0193939 (18, 72, 0)<br> |
− | 2. | + | 2.0847 (13, 0, 0)<br> |
− | + | 1.52075<br> | |
− | 0. | + | 0.209894<br> |
− | 0. | + | 0.00147313<br></p> |
</td> | </td> | ||
</tr> | </tr> | ||
行350: | 行365: | ||
<div>-o のデータ</div> | <div>-o のデータ</div> | ||
<pre> | <pre> | ||
− | ( | + | (18000.000000 0.720000): 0.019394 |
</pre> | </pre> | ||
行356: | 行371: | ||
<pre> | <pre> | ||
0.000000 -1 0 | 0.000000 -1 0 | ||
− | 0. | + | 0.042155 -1 0 |
− | 0. | + | 0.042155 0 0 |
</pre> | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | ===オプション -df=== | ||
+ | ====df=(0, 27000, 200)で実行==== | ||
+ | <div>-oP の画像(z=0)</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-df-mrcImageCTFDetermination.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0.0193939 (90, 72, 0)<br> | ||
+ | 2.11379 (68, 0, 0)<br> | ||
+ | 1.34909<br> | ||
+ | 0.459847<br> | ||
+ | 0.00392359<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <div>-o のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | (17800.000000 0.830000): 0.019394 | ||
+ | </pre> | ||
+ | |||
+ | <div>-oC のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | 0.000000 -1 0 | ||
+ | 0.041808 -1 0 | ||
+ | 0.041808 0 0 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>以降、df=(0, 27000, 200)で実行</div> | ||
===オプション -kV=== | ===オプション -kV=== | ||
====kV=100で実行==== | ====kV=100で実行==== | ||
行460: | 行510: | ||
0.038443 -1 0 | 0.038443 -1 0 | ||
0.038443 0 0 | 0.038443 0 0 | ||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
− | |||
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− | |||
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</pre> | </pre> | ||
2014年3月27日 (木) 06:22時点における版
mrcImageCTFDeterminationとはCTFの推定の為のプログラムである。
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(M=0: FFT, M=2: 2D) | NULL |
-r | 必須 | 参照ファイル: mrcImage(M=0: FFT, M=2: 2D) | NULL |
-o | 選択 | 出力: Optimum: ASCII defocus and amplitude-contrast at minimum point |
stdout |
-oP | 選択 | 出力: Distribution: mrcImage | NULL |
-oC | 選択 | 出力: CTF情報: ASCII(フォーマットは-mCにて指定) | NULL |
-oF | 選択 | 出力: Result FFT: mrcImage(M=2で使用) | NULL |
-kV | 選択 | 加速電圧: [kV] | 200 |
-Cs | 選択 | 球面収差: [mm] | 2.1 |
-Ain | 選択 | IlluminationAperture[mrad] | 0.02 |
-W | 選択 | 白色ノイズ比(Noise/Signal) | 1.0 |
-df | 選択 | デフォーカス: [A]: (mindf, maxdf, deldf) | (0.0, 200000, 1000) |
-AoverP | 選択 | AoverP[A] for in(minAoverP, maxAoverP, delAoverP) | (0.0, 1.0, 0.01) |
-Rmin | 選択 | 最小空間周波数[/A] | 0.0 |
-Rmax | 選択 | 最大空間周波数[/A] | 0.1 |
-mF | 選択 | フィルタタイプ | 1 |
-mW | 選択 | Wight Type | 0 |
-mS | 選択 | Sum Type | 0 |
-mC | 選択 | CTF Information Type | 0 |
-M | 選択 | ref Type | 0 |
-PixelSize | 選択 | ピクセルサイズ [A] (M=1で使用) | 5 |
-Width | 選択 | Pad Width [pixel] (M=1で使用) | 120 |
-truePitch | 選択 | True Pitch [A] (M=1で使用) | 700 |
-dfRef | 選択 | dfRef for ref(firstDf, withinDf) (M=2で使用) | (70000, 1000) |
-AoverPRef | 選択 | A over P Ref for ref(firstAoverP, withinAoverP) (M=1, 2で使用) | (0.05, 0.01) |
-MaxIter | 選択 | MaxIteration for ref(M=2で使用) | 10 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-mF の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | CTF補正しない |
1 | 位相のみ: W = CTF/|CTF| |
2 | 積算 : W = CTF |
3 | 積算 : W = 1/CTF |
4 | ウィーナーフィルタ (ノイズ定数): W = CTF/(|CTF|^2+N^2) |
5 | 積算 : W = CTF^2 |
-mW の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Weight = 1 |
1 | Weight = (|in| + |ref|)/2 |
-mS の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | Sigma[Phase(i)] |
1 | Sigma[Phase(i)*Weight(i)] / Sigma[Weight(i)] |
-mC の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | llExtractCtfinfFileCreate(m=0)のフォーマット |
1 | llExtractCtfinfFileCreate(m=1)のフォーマット |
-M の詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 単一イメージでCTF補正 |
1 | Three-dimentional reconstruction images that were made by nea and far Bessel separation. デフォーカスの最小値-最大値間でCTF補正が行われる。 |
2 | Result FFT (オプション) -oF, -dfRef, -AoverPRef |
実行例
入力ファイルの画像
M=0のファイル(デフォルト)
サイズ モード |
( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT |
参照ファイルの画像
M=0のファイル(デフォルト)
サイズ モード |
( 80, 80, 1) mrcComplexFloatFT |
オプション必須項目のみの場合
最小 最大 |
0.0193939 (18, 72, 0) 2.0847 (13, 0, 0) |
(18000.000000 0.720000): 0.019394
0.000000 -1 0 0.042155 -1 0 0.042155 0 0
オプション -df
df=(0, 27000, 200)で実行
最小 最大 |
0.0193939 (90, 72, 0) 2.11379 (68, 0, 0) |
(17800.000000 0.830000): 0.019394
0.000000 -1 0 0.041808 -1 0 0.041808 0 0
オプション -kV
kV=100で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.14785 (21, 99, 0) |
(18000.000000 0.100000): 0.108409
0.000000 -1 0 0.038151 -1 0 0.038151 0 0
オプション -Cs
Cs=2.0で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.14785 (31, 100, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000002
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
オプション -Ain
Ain=0.01で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.14785 (31, 100, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000002
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
オプション -AoverP
AoverP=(0.2, 0.8, 0.02)で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.08574 (32, 29, 0) |
(26000.000000 0.420000): 0.171647
0.000000 -1 0 0.036612 -1 0 0.036612 0 0
オプション -Rmin, -Rmax
Rmin=0.02, Rmax=0.08で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.26548 (34, 86, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000002
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
オプション -MaxIter
MaxIter=1で実行
最小 最大 |
2.34805e-06 (27, 0, 0) 2.14785 (31, 100, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000002
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
オプション -mF
mF=0で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 1.76051 (0, 0, 0) |
(0.000000 0.000000): 1.760510
0.000000 -1 0 -1.000000 -1 0 -1.000000 0 0
mF=3で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.1501 (31, 100, 0) |
(27000.000000 0.100000): 0.105022
0.000000 -1 0 0.037828 -1 0 0.037828 0 0
オプション -oC
oC=1で実行
27000.000000 2.100000 200.000000 0.000000
オプション -mW, -mS
mW=1, mS=1で実行
他のオプション設定なし
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.44935 (0, 0, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000000
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
mF=2で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.15037 (0, 0, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000000
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
mF=4で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.15038 (0, 0, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000000
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0
mF=5で実行
最小 最大 |
0 (0, 0, 1) 2.15577 (0, 0, 0) |
(27000.000000 0.000000): 0.000000
0.000000 -1 0 0.038443 -1 0 0.038443 0 0