mrcImageDeconvolution
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mrcImageDeconvolutionとはEosのコマンドである。
アルゴリズム
DeconvolutionのアルゴリズムはmrcImageCTFCompensation(電子顕微鏡のCTFに特化)で利用したアルゴリズムに準拠している。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage | NULL |
-k | 必須 | カーネルファイル: mrcImage | NULL |
-kcentre | 選択 | KernelCentre | 1 |
-o | 必須 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-oconv | 選択 | 出力ファイル: mrcImage (Conv*Dst to compare with in) | NULL |
-o | 選択 | パラメータ: ASCII | stdout |
-ORSMD | 選択 | パラメータ: mrcImage | NULL |
-thresCTF | 選択 | threshold CTF for InverseFilter | 1e-4 |
-NSRatio | 選択 | N/S Ratio for R-dependent Wiener Filter | 0.0 |
-NSCoeff | 選択 | N/S Coeff for R-dependent Wiener Filter | 0.0 |
-Pad3DMode | 選択 | lmrcImage3DPad Mode | 1 |
-r | 選択 | Pad3D: [pix] Threshold radius of signal.Default is min(Nx,Ny). | 0 |
-w | 選択 | Pad3D: [pix] Width of slope. For mode 1. | 1 |
-v | 選択 | Pad3D: Value of out of threshold. | 0 |
-Floating | 選択 | Pad3D: Floating | |
-maxIter | 選択 | maxIteration for Iterative | 0 |
-minRSMD | 選択 | min of MRSD for Iterative | 0.0 |
-lambda | 選択 | lambda for Iterative | 0.5 |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
Deconvolution Modeの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | No deconvolution |
1 | CTF/|CTF| (phase flipping) |
2 | CTF (CTF-Multi) |
3 | 1/CTF (Inverse Filter) |
4 | CTF/(SQR(CTF)+SQR(NS)) (Wiener Filter) |
5 | SQR(CTF) x CTF/|CTF| (phase flipping + ctfWeighted) |
6 | 1/|CTF| (No phase-flipping: Inverse Filter) |
7 | |CTF|/(SQR(CTF)+SQR(NS)) (No phase-flipping: Wiener Filter) |
8 | CTF /(SQR(CTF)+SQR(NS*exp(a*R))) (phase-flipping: Wiener Filter + Noise) |
9 | |CTF|/(SQR(CTF)+SQR(NS*exp(a*R))) (No phase-flipping: Wiener Filter + Noise) |
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |