「mrcImageFeatureExtraction」の版間の差分

提供: Eospedia
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(同じ利用者による、間の3版が非表示)
行67: 行67:
 
</table>  
 
</table>  
  
===モードの詳細===
+
===出力ファイル及び出力結果のフォーマット===
 
<table border="1">
 
<table border="1">
 
<tr>  
 
<tr>  
<th>モード</th>  
+
<th></th>  
 
<th>説明</th>  
 
<th>説明</th>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行197: 行197:
  
 
== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
===入力ファイルの画像===
+
===[[:Media:Input-1VOM-N-2D.mrc | 入力ファイル]]の画像===
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
<td>[[画像:Input-mrcImageFeatureExtraction.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Input-1VOM-N-2D.png]]</td>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
<td><p align="left">最小<br>  
 
最大<br>  
 
最大<br>  
行207: 行207:
 
標準誤差<br></p>  
 
標準誤差<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>  
+
<td><p align="left">-18651.7 (10, 1, 0)<br>  
255 (49, 32, 0)<br>  
+
52942.7 (24, 39, 0)<br>  
21.0538<br>  
+
7214.87<br>  
47.6709<br>  
+
10067.6<br>  
0.595886<br></p>  
+
125.845<br></p>  
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
 +
<br>
  
 
===オプション必須項目のみの場合===
 
===オプション必須項目のみの場合===
<table>  
+
<div>実行結果</div>
<tr>  
+
<pre>
<td>[[画像:Outdata-mrcImageFeatureExtraction.png]]</td>
+
91.996563 
<td><p align="left">最小<br>
+
1295.891863 
最大<br>
+
0.776016 
平均値<br>
+
3.386222 
標準偏差<br>  
+
9759.259375 
標準誤差<br></p>  
+
0.008844 
</td>  
+
2.132293 
<td><p align="left">0 (5, 0, 0)<br>
+
0.029652
224 (1, 0, 0)<br>
+
2.924688
20.2667<br>
+
0.677156
50.1358<br>
+
4.529570
9.1535<br></p>
+
0.500184
</td>
+
10.848437
</tr>  
+
15.193591
</table>  
+
1.155461
 +
1.696806
 +
1.225738
 +
0.622819
 +
-0.144452
 +
0.485025
 +
0.993531
 +
2.924688
 +
0.273089
 +
0.622819
 +
1.303438
 +
0.491227
 +
68.861789
 +
523.786401
 +
310.082040
 +
0.211406
 +
</pre>
 +
 
 +
<div>出力ファイルを[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
 +
<pre>
 +
0 0 91.9966
 +
1 0 1295.89
 +
2 0 0.776016
 +
3 0 3.38622
 +
4 0 9759.26
 +
5 0 0.00884414
 +
6 0 2.13229
 +
7 0 0.0296521
 +
8 0 2.92469
 +
9 0 0.677156
 +
10 0 4.52957
 +
11 0 0.500184
 +
12 0 10.8484
 +
13 0 15.1936
 +
14 0 1.15546
 +
15 0 1.69681
 +
16 0 1.22574
 +
17 0 0.622819
 +
18 0 -0.144452
 +
19 0 0.485025
 +
20 0 0.993531
 +
21 0 2.92469
 +
22 0 0.273089
 +
23 0 0.622819
 +
24 0 1.30344
 +
25 0 0.491227
 +
26 0 68.8618
 +
27 0 523.786
 +
28 0 310.082
 +
29 0 0.211406
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
===オプション -cr===
 
===オプション -cr===
====cr=100で実行====  
+
====cr=2で実行====  
<table>
+
<div>出力ファイルを[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
<tr>
+
<pre>
<td>[[画像:Outdata-cr-mrcImageFeatureExtraction.png]]</td>  
+
0 0 91.9966
<td><p align="left">最小<br>  
+
1 0 1295.89
最大<br>
+
2 0 0.776016
平均値<br>
+
3 0 3.38622
標準偏差<br>
+
4 0 9759.26
標準誤差<br></p>
+
5 0 0.00884414
</td>
+
6 0 2.13229
<td><p align="left">0 (5, 0, 0)<br>
+
7 0 0.0281689
224 (1, 0, 0)<br>
+
8 0 3.50906
20.9667<br>
+
9 0 0.612649
49.7698<br>
+
10 0 4.52957
9.08668<br></p>
+
11 0 0.474789
</td>
+
12 0 10.8484
</tr>  
+
13 0 14.6092
</table>
+
14 0 1.15028
 +
15 0 1.72495
 +
16 0 1.47398
 +
17 0 0.654255
 +
18 0 -0.115791
 +
19 0 0.436992
 +
20 0 0.937231
 +
21 0 3.50906
 +
22 0 0.259241
 +
23 0 0.654255
 +
24 0 1.42656
 +
25 0 0.491227
 +
26 0 68.8618
 +
27 0 523.786
 +
28 0 310.082
 +
29 0 0.211406
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
===オプション -ct===
 
===オプション -ct===
====ct=1, cr=100で実行====  
+
====ct=10で実行====  
<table>
+
<div>出力ファイルを[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
<tr>
+
<pre>
<td>[[画像:Outdata-ct-mrcImageFeatureExtraction.png]]</td>  
+
0 0 91.9966
<td><p align="left">最小<br>  
+
1 0 1295.89
最大<br>
+
2 0 0.776016
平均値<br>
+
3 0 3.38622
標準偏差<br>
+
4 0 9759.26
標準誤差<br></p>
+
5 0 0.00884414
</td>
+
6 0 2.13229
<td><p align="left">0 (5, 0, 0)<br>
+
7 0 0.145147
224 (1, 0, 0)<br>
+
8 0 0
21.1667<br>
+
9 0 1  
49.7186<br>
+
10 0 4.52957
9.07733<br></p>
+
11 0 1
</td>
+
12 0 10.8484
</tr>  
+
13 0 18.1183
</table>
+
14 0 0.915479
 +
15 0 0.915479
 +
16 0 0
 +
17 0 -0
 +
18 0 -0.988124
 +
19 0 0.916365
 +
20 0 1
 +
21 0 0
 +
22 0 1
 +
23 0 -0
 +
24 0 0
 +
25 0 0.491227
 +
26 0 68.8618
 +
27 0 523.786
 +
28 0 310.082
 +
29 0 0.211406
 +
</pre>
 +
<br>
  
 
===オプション -rt===
 
===オプション -rt===
 
====rt=1で実行====  
 
====rt=1で実行====  
<table>
+
<div>出力ファイルを[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
<tr>
+
<pre>
<td>[[画像:Outdata-rt-mrcImageFeatureExtraction.png]]</td>  
+
0 0 91.9966
<td><p align="left">最小<br>  
+
1 0 1295.89
最大<br>
+
2 0 0.776016
平均値<br>
+
3 0 3.38622
標準偏差<br>
+
4 0 9759.26
標準誤差<br></p>
+
5 0 0.00884414
</td>
+
6 0 2.13229
<td><p align="left">0 (5, 0, 0)<br>
+
7 0 0.0296521
224 (1, 0, 0)<br>
+
8 0 2.92469
20.2667<br>
+
9 0 0.677156
50.1358<br>
+
10 0 4.52957
9.1535<br></p>
+
11 0 0.500184
</td>
+
12 0 10.8484
</tr>  
+
13 0 15.1936
</table>
+
14 0 1.15546
 +
15 0 1.69681
 +
16 0 1.22574
 +
17 0 0.622819
 +
18 0 -0.144452
 +
19 0 0.485025
 +
20 0 0.993531
 +
21 0 2.92469
 +
22 0 0.273089
 +
23 0 0.622819
 +
24 0 1.30344
 +
25 0 0.491227
 +
26 0 68.8618
 +
27 0 523.786
 +
28 0 310.082
 +
29 0 0.211406
 +
</pre>
 +
<br>
  
===オプション -rd===
+
===オプション -rt===
====rd=10で実行====  
+
====rt=1で実行====  
<table>
+
<div>出力ファイルを[[mrcImageMakeDump]]で見た場合</div>
<tr>
+
<pre>  
<td>[[画像:Outdata-rd-mrcImageFeatureExtraction.png]]</td>  
+
0 0 91.9966
<td><p align="left">最小<br>  
+
1 0 1295.89
最大<br>
+
2 0 0.776016
平均値<br>
+
3 0 3.38622
標準偏差<br>
+
4 0 9759.26
標準誤差<br></p>
+
5 0 0.00884414
</td>
+
6 0 2.13229
<td><p align="left">0 (5, 0, 0)<br>
+
7 0 0.0296521
224 (1, 0, 0)<br>
+
8 0 2.92469
27.1667<br>
+
9 0 0.677156
57.5158<br>
+
10 0 4.52957
10.5009<br></p>
+
11 0 0.500184
</td>
+
12 0 10.8484
</tr>
+
13 0 15.1936
</table>
+
14 0 1.15546
 
+
15 0 1.69681
===オプション -===
+
16 0 1.22574
====で実行====
+
17 0 0.622819
<table>
+
18 0 -0.144452
<tr>
+
19 0 0.485025
<td>[[画像:Outdata--mrcImageFeatureExtraction.png]]</td>
+
20 0 0.993531
<td><p align="left">最小<br>
+
21 0 2.92469
最大<br>
+
22 0 0.273089
平均値<br>
+
23 0 0.622819
標準偏差<br>
+
24 0 1.30344
標準誤差<br></p>
+
25 0 0.00015625
</td>
+
26 0 6400
<td><p align="left"><br>
+
27 0 80
<br>
+
28 0 80
<br>
+
29 0 0.0125
<br>
+
</pre>
<br></p>
+
<br>
</td>  
+
</tr>
+
</table>
+

2014年1月29日 (水) 06:35時点における最新版

mrcImageFeatureExtractionとは画像の特徴量(現時点で30通り)の抽出を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-cr 選択 Co-Occurrence radius 1
-ct 選択 Co-Occurrence theta 0
-rt 選択 RunLength theta 0
-rd 選択 RunLength devision 4
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

出力ファイル及び出力結果のフォーマット

説明
0 densityhistgram average
1 densityhistgram variance
2 densityhistgram skewness
3 densityhistgram kurtosis
4 densityhistgram contrast
5 densityhistgram energy
6 densityhistgram entropy
7 co-occurrence anguler second moment
8 co-occurrence contrast
9 co-occurrence correlation
10 co-occurrence sum of square: variance
11 co-occurrence inverse difference moment
12 co-occurrence sum average
13 co-occurrence sum variance
14 co-occurrence sum entropy
15 co-occurrence entropy
16 co-occurrence difference variance
17 co-occurrence difference entropy
18 co-occurrence information measure of correlation 1
19 co-occurrence information measure of correlation 2
20 co-occurrence maximal correlation coefficient
21 difference statistics contrast
22 difference statistics anguler second moment
23 difference statistics entropy
24 difference statistics mean
25 runlength short runs emphasis
26 runlength long runs emphasis
27 runlength gray level nonuniformity
28 runlength run length nonuniformity
29 runlength run percentage


実行例

入力ファイルの画像

Input-1VOM-N-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845


オプション必須項目のみの場合

実行結果
91.996563  
1295.891863  
0.776016  
3.386222  
9759.259375  
0.008844  
2.132293  
0.029652
2.924688
0.677156
4.529570
0.500184
10.848437
15.193591
1.155461
1.696806
1.225738
0.622819
-0.144452
0.485025
0.993531
2.924688
0.273089
0.622819
1.303438
0.491227
68.861789
523.786401
310.082040
0.211406
出力ファイルをmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 91.9966 
1 0 1295.89 
2 0 0.776016 
3 0 3.38622 
4 0 9759.26 
5 0 0.00884414 
6 0 2.13229 
7 0 0.0296521 
8 0 2.92469 
9 0 0.677156 
10 0 4.52957 
11 0 0.500184 
12 0 10.8484 
13 0 15.1936 
14 0 1.15546 
15 0 1.69681 
16 0 1.22574 
17 0 0.622819 
18 0 -0.144452 
19 0 0.485025 
20 0 0.993531 
21 0 2.92469 
22 0 0.273089 
23 0 0.622819 
24 0 1.30344 
25 0 0.491227 
26 0 68.8618 
27 0 523.786 
28 0 310.082 
29 0 0.211406 


オプション -cr

cr=2で実行

出力ファイルをmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 91.9966 
1 0 1295.89 
2 0 0.776016 
3 0 3.38622 
4 0 9759.26 
5 0 0.00884414 
6 0 2.13229 
7 0 0.0281689 
8 0 3.50906 
9 0 0.612649 
10 0 4.52957 
11 0 0.474789 
12 0 10.8484 
13 0 14.6092 
14 0 1.15028 
15 0 1.72495 
16 0 1.47398 
17 0 0.654255 
18 0 -0.115791 
19 0 0.436992 
20 0 0.937231 
21 0 3.50906 
22 0 0.259241 
23 0 0.654255 
24 0 1.42656 
25 0 0.491227 
26 0 68.8618 
27 0 523.786 
28 0 310.082 
29 0 0.211406 


オプション -ct

ct=10で実行

出力ファイルをmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 91.9966 
1 0 1295.89 
2 0 0.776016 
3 0 3.38622 
4 0 9759.26 
5 0 0.00884414 
6 0 2.13229 
7 0 0.145147 
8 0 0 
9 0 1 
10 0 4.52957 
11 0 1 
12 0 10.8484 
13 0 18.1183 
14 0 0.915479 
15 0 0.915479 
16 0 0 
17 0 -0 
18 0 -0.988124 
19 0 0.916365 
20 0 1 
21 0 0 
22 0 1 
23 0 -0 
24 0 0 
25 0 0.491227 
26 0 68.8618 
27 0 523.786 
28 0 310.082 
29 0 0.211406 


オプション -rt

rt=1で実行

出力ファイルをmrcImageMakeDumpで見た場合
0 0 91.9966 
1 0 1295.89 
2 0 0.776016 
3 0 3.38622 
4 0 9759.26 
5 0 0.00884414 
6 0 2.13229 
7 0 0.0296521 
8 0 2.92469 
9 0 0.677156 
10 0 4.52957 
11 0 0.500184 
12 0 10.8484 
13 0 15.1936 
14 0 1.15546 
15 0 1.69681 
16 0 1.22574 
17 0 0.622819 
18 0 -0.144452 
19 0 0.485025 
20 0 0.993531 
21 0 2.92469 
22 0 0.273089 
23 0 0.622819 
24 0 1.30344 
25 0 0.491227 
26 0 68.8618 
27 0 523.786 
28 0 310.082 
29 0 0.211406 


オプション -rt

rt=1で実行

出力ファイルをmrcImageMakeDumpで見た場合
 
0 0 91.9966 
1 0 1295.89 
2 0 0.776016 
3 0 3.38622 
4 0 9759.26 
5 0 0.00884414 
6 0 2.13229 
7 0 0.0296521 
8 0 2.92469 
9 0 0.677156 
10 0 4.52957 
11 0 0.500184 
12 0 10.8484 
13 0 15.1936 
14 0 1.15546 
15 0 1.69681 
16 0 1.22574 
17 0 0.622819 
18 0 -0.144452 
19 0 0.485025 
20 0 0.993531 
21 0 2.92469 
22 0 0.273089 
23 0 0.622819 
24 0 1.30344 
25 0 0.00015625 
26 0 6400 
27 0 80 
28 0 80 
29 0 0.0125