mrcImageFourierNeighborCorrelation
mrcImageFourierNeighborCorrelationは、フーリエ空間の冗長性を利用した分解能をチェックする為のEosのコマンドです。
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-i | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(3D) | NULL |
-o | 選択 | 出力ファイル: ASCII(FNC) | stdout |
-d | 選択 | delta(フーリエ空間) | 0.0 |
-C | 選択 | CentreMode | 0 |
-M | 選択 | 補間モード | 0 |
-FSC | 選択 | 予測したFSCの出力フラグ | |
-Cref | 選択 | Crefの出力フラグ | |
-FSCfull | 選択 | FSC fullの出力フラグ | |
-NoiseWeighted | 選択 | NoiseWeighted: Cref*exp(-Brestore/(4*d^2) | -100.0 |
-mask | 選択 | 入力ファイル: mrcImage(3D)(Mask for FSC) | NULL |
-maskBack | 選択 | 入力ファイル: mrcImage(3D)(Mask for FSC Back) | NULL |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-maskの詳細
-i のファイルと同じ形状の二値化ファイルを使用します。
(作成例)
-i のファイルを元にmrcImageLowPassFilterにて低周波成分を得て、
mrcImageBinalization(m=32)にて二値化する。
-maskBackの詳細
-i のファイルと同じサイズで全てのデータが1のファイルを使用します。
但し、-i のファイルがWindowingされている場合は同じ窓関数を掛けるようにします。
(作成例)
-iの入力ファイルをmrcInfoにてサイズを調べ、
mrcImageNullImageCreate(v=1)にて全てのファイルが1の画像を作成し、
mrcImageWindowingにて同じ窓関数を掛ける。
-Cの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 中心を画像の中心とする: (Nx/2.0, Ny/2.0, Nz/2.0 ) |
1 | 中心を原点(左下端)とする: (0, 0, 0 ) |
2 | 中心を画像のStartNとする: (StartNx,StartNy,StartNz) |
-Mの詳細
補間モード参照。
-mの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 |
実行例
入力ファイルの画像で実行
最小 最大 |
-2390.42 (77, 14, 69) 4374.62 (17, 62, 46) |
0.000000 0.863711 1 0.012500 0.553876 18 0.025000 0.170684 64 0.037500 0.221808 146 0.050000 0.230874 266 0.062500 0.280359 382 0.075000 0.269777 588 0.087500 0.280955 746 0.100000 0.322332 1002 0.112500 0.249747 1294 -中略- 0.750000 -0.005313 2256 0.762500 0.036957 1688 0.775000 0.021723 1264 0.787500 0.010364 864 0.800000 -0.026498 568 0.812500 -0.009259 312 0.825000 -0.009356 144 0.837500 0.030291 72 0.850000 -0.109028 8 0.862500 0.000000 0
この画像は冗長性がほとんどないためにFNCがすぐに下がってしまっている。
入力ファイル(パディング)
上記のファイルを0でパディングして、冗長性を持たせます。
このファイルはチュートリアル一覧にて作成できます。
最小 最大 |
-2390.42 (165, 102, 147) 4374.62 (105, 150, 124) |
実行結果
0.000000 0.991796 1 0.003906 0.982392 18 0.007812 0.963411 62 0.011719 0.934883 98 0.015625 0.902410 210 0.019531 0.864067 350 0.023438 0.841587 450 0.027344 0.856990 602 0.031250 0.887424 762 0.035156 0.887318 1142 -中略- 0.828125 0.811470 1320 0.832031 0.812934 1352 0.835938 0.823354 1152 0.839844 0.817772 800 0.843750 0.824257 288 0.847656 0.821916 392 0.851562 0.765112 200 0.855469 0.812369 72 0.859375 0.777638 8 0.863281 0.000000 0
冗長性を持つ画像の場合、FNCが高周波成分でも高い値になる。
オプション -d
d=0.025で実行
0.000000 0.961060 147 0.025000 0.884961 3596 0.050000 0.876699 13334 0.075000 0.884583 30012 0.100000 0.888691 53048 0.125000 0.873868 82634 0.150000 0.860938 118688 0.175000 0.862499 161322 0.200000 0.875542 211496 0.225000 0.882194 266468 0.250000 0.874374 330126 0.275000 0.868385 398912 0.300000 0.861123 473858 0.325000 0.852294 557496 0.350000 0.846181 647132 0.375000 0.842054 739454 0.400000 0.836904 845340 0.425000 0.836800 950870 0.450000 0.834607 1068284 0.475000 0.831828 1190048 0.500000 0.829300 1284690 0.525000 0.827369 1227836 0.550000 0.824926 1141760 0.575000 0.824884 1043124 0.600000 0.823838 930008 0.625000 0.822523 803708 0.650000 0.821119 663864 0.675000 0.820229 512012 0.700000 0.819524 348596 0.725000 0.818723 217808 0.750000 0.820472 135048 0.775000 0.825089 77288 0.800000 0.815167 38120 0.825000 0.816419 13488 0.850000 0.814605 1760
-FSCと-mask, -maskBack ファイルを指定して実行
-maskのファイル: このファイルはチュートリアル一覧にて作成できます。
MASK_VALUE=0.0125
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 1 (111, 135, 84) |
-maskBackのファイル: このファイルはチュートリアル一覧にて作成できます。
最小 最大 |
1 (0, 0, 0) 1 (88, 88, 78) |
出力結果
FNCF 0.894073 FNCN 0.820233 0.000000 0.991796 1 FSC -7.183377 SNR -1.755602e+00 FNCF 0.951711 FNCN -0.366379 0.003906 0.982392 18 FSC -11.199417 SNR -1.836058e+00 FNCF 0.903913 FNCN 0.595703 0.007812 0.963411 62 FSC 31.808857 SNR -2.064916e+00 FNCF 0.844130 FNCN 0.798653 0.011719 0.934883 98 FSC 3.471075 SNR -2.809364e+00 FNCF 0.845211 FNCN 0.799688 0.015625 0.902410 210 FSC 1.254576 SNR -9.856209e+00 FNCF 0.886035 FNCN 0.734901 0.019531 0.864067 350 FSC 0.422099 SNR 1.460802e+00 FNCF 0.893608 FNCN 0.787841 0.023438 0.841587 450 FSC 0.169033 SNR 4.068355e-01 FNCF 0.889512 FNCN 0.827210 0.027344 0.856990 602 FSC 0.331378 SNR 9.912261e-01 FNCF 0.873868 FNCN 0.811905 0.031250 0.887424 762 FSC 0.834791 SNR 1.010589e+01 FNCF 0.889606 FNCN 0.818398 0.035156 0.887318 1142 FSC 0.832380 SNR 9.931723e+00 FNCF 0.897804 FNCN 0.824152 0.039062 0.879608 1250 FSC 0.672387 SNR 4.104771e+00 FNCF 0.894009 FNCN 0.803585 0.042969 0.874892 1458 FSC 0.587592 SNR 2.849572e+00 FNCF 0.887004 FNCN 0.803368 0.046875 0.874435 1814 FSC 0.579834 SNR 2.760026e+00 FNCF 0.884325 FNCN 0.816900 0.050781 0.877405 2178 FSC 0.631676 SNR 3.429994e+00 FNCF 0.896430 FNCN 0.821318 0.054688 0.875931 2498 FSC 0.605536 SNR 3.070172e+00 FNCF 0.908684 FNCN 0.828866 0.058594 0.876247 2622 FSC 0.611065 SNR 3.142250e+00 FNCF 0.910457 FNCN 0.831098 0.062500 0.884193 3338 FSC 0.763974 SNR 6.473637e+00 FNCF 0.898597 FNCN 0.823882 0.066406 0.890079 3722 FSC 0.897373 SNR 1.748804e+01 FNCF 0.888997 FNCN 0.820916 0.070312 0.888096 4170 FSC 0.850229 SNR 1.135368e+01 FNCF 0.896541 FNCN 0.822739 0.074219 0.881947 4358 FSC 0.717896 SNR 5.089588e+00 FNCF 0.897502 FNCN 0.819764 -中略- 0.789062 0.821038 8592 FSC 0.005476 SNR 1.101324e-02 FNCF 0.888864 FNCN 0.821332 0.792969 0.813430 7208 FSC -0.044041 SNR -8.436653e-02 FNCF 0.889662 FNCN 0.818472 0.796875 0.813393 6296 FSC -0.044265 SNR -8.477789e-02 FNCF 0.890629 FNCN 0.815216 0.800781 0.812815 5544 FSC -0.047832 SNR -9.129702e-02 FNCF 0.894048 FNCN 0.808839 0.804688 0.814086 5360 FSC -0.039964 SNR -7.685736e-02 FNCF 0.892404 FNCN 0.813711 0.808594 0.814528 4344 FSC -0.037196 SNR -7.172486e-02 FNCF 0.886577 FNCN 0.828553 0.812500 0.813960 3272 FSC -0.040749 SNR -7.830638e-02 FNCF 0.887005 FNCN 0.826397 0.816406 0.816745 3096 FSC -0.023074 SNR -4.510691e-02 FNCF 0.895393 FNCN 0.818955 0.820312 0.823611 2840 FSC 0.023408 SNR 4.793880e-02 FNCF 0.898811 FNCN 0.825501 0.824219 0.810629 2240 FSC -0.061066 SNR -1.151032e-01 FNCF 0.895444 FNCN 0.827601 0.828125 0.811470 1320 FSC -0.056018 SNR -1.060935e-01 FNCF 0.903966 FNCN 0.820170 0.832031 0.812934 1352 FSC -0.047100 SNR -8.996210e-02 FNCF 0.908462 FNCN 0.826379 0.835938 0.823354 1152 FSC 0.021585 SNR 4.412220e-02 FNCF 0.887402 FNCN 0.824615 0.839844 0.817772 800 FSC -0.016396 SNR -3.226391e-02 FNCF 0.869994 FNCN 0.815638 0.843750 0.824257 288 FSC 0.028007 SNR 5.762863e-02 FNCF 0.880944 FNCN 0.824954 0.847656 0.821916 392 FSC 0.011526 SNR 2.331998e-02 FNCF 0.899626 FNCN 0.837368 0.851562 0.765112 200 FSC -0.271800 SNR -4.274263e-01 FNCF 0.925513 FNCN 0.800424 0.855469 0.812369 72 FSC -0.050561 SNR -9.625498e-02 FNCF 0.902540 FNCN 0.779785 0.859375 0.777638 8 FSC -0.223864 SNR -3.658316e-01 FNCF 0.774510 FNCN 0.868126 0.863281 0.000000 0 FSC -0.847425 SNR -9.174121e-01 FNCF 0.000000 FNCN 0.000000
FSC, SNR, FNCF, FNCNの結果が表示される。
グラフでは最初と最後の10点を除いていて表示している。
以降は-mask, maskBackにて同様のファイルを使用する。
-FSCfull, -Cref, NoiseWeighted=-100で実行
出力結果
FNCF 0.893745 FNCN 0.820252 0.000000 0.991796 1 FSC -6.985231 SNR -1.749538e+00 FNCF 0.704805 FNCN 0.391308 FSCfull 2.334156 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.003906 0.982392 18 FSC -10.699472 SNR -1.829052e+00 FNCF 0.821228 FNCN 0.684129 FSCfull 2.206197 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.007812 0.963411 62 FSC 37.413739 SNR -2.054924e+00 FNCF 0.884407 FNCN 0.773688 FSCfull 1.947935 Cref 1.395685 NoiseWeighted 0.000000 0.011719 0.934883 98 FSC 3.542894 SNR -2.786505e+00 FNCF 0.896445 FNCN 0.837667 FSCfull 1.559752 Cref 1.248900 NoiseWeighted 0.000000 0.015625 0.902410 210 FSC 1.267348 SNR -9.480880e+00 FNCF 0.879666 FNCN 0.865827 FSCfull 1.117912 Cref 1.057314 NoiseWeighted 0.000000 0.019531 0.864067 350 FSC 0.424680 SNR 1.476325e+00 FNCF 0.881884 FNCN 0.835433 FSCfull 0.596176 Cref 0.772124 NoiseWeighted 0.000000 0.023438 0.841587 450 FSC 0.169793 SNR 4.090381e-01 FNCF 0.901388 FNCN 0.806285 FSCfull 0.290296 Cref 0.538791 NoiseWeighted 0.000000 0.027344 0.856990 602 FSC 0.333237 SNR 9.995687e-01 FNCF 0.897467 FNCN 0.819184 FSCfull 0.499892 Cref 0.707031 NoiseWeighted 0.000000 0.031250 0.887424 762 FSC 0.841616 SNR 1.062755e+01 FNCF 0.888027 FNCN 0.826006 FSCfull 0.913997 Cref 0.956032 NoiseWeighted 0.000000 0.035156 0.887318 1142 FSC 0.839175 SNR 1.043589e+01 FNCF 0.885703 FNCN 0.827937 FSCfull 0.912556 Cref 0.955278 NoiseWeighted 0.000000 0.039062 0.879608 1250 FSC 0.677353 SNR 4.198725e+00 FNCF 0.886124 FNCN 0.821982 FSCfull 0.807645 Cref 0.898691 NoiseWeighted 0.000000 0.042969 0.874892 1458 FSC 0.591685 SNR 2.898177e+00 FNCF 0.893947 FNCN 0.826635 FSCfull 0.743470 Cref 0.862247 NoiseWeighted 0.000000 0.046875 0.874435 1814 FSC 0.583850 SNR 2.805960e+00 FNCF 0.893287 FNCN 0.825939 FSCfull 0.737254 Cref 0.858635 NoiseWeighted 0.000000 0.050781 0.877405 2178 FSC 0.636213 SNR 3.497730e+00 FNCF 0.891071 FNCN 0.829329 FSCfull 0.777666 Cref 0.881854 NoiseWeighted 0.000000 0.054688 0.875931 2498 FSC 0.609808 SNR 3.125677e+00 FNCF 0.882848 FNCN 0.823179 FSCfull 0.757616 Cref 0.870411 NoiseWeighted 0.000000 0.058594 0.876247 2622 FSC 0.615393 SNR 3.200107e+00 FNCF 0.884282 FNCN 0.810449 FSCfull 0.761911 Cref 0.872875 NoiseWeighted 0.000000 0.062500 0.884193 3338 FSC 0.769958 SNR 6.694059e+00 FNCF 0.889011 FNCN 0.809316 FSCfull 0.870030 Cref 0.932754 NoiseWeighted 0.000000 0.066406 0.890079 3722 FSC 0.904980 SNR 1.904823e+01 FNCF 0.895025 FNCN 0.809225 FSCfull 0.950120 Cref 0.974741 NoiseWeighted 0.000000 0.070312 0.888096 4170 FSC 0.857243 SNR 1.200983e+01 FNCF 0.899517 FNCN 0.816330 FSCfull 0.923135 Cref 0.960799 NoiseWeighted 0.000000 0.074219 0.881947 4358 FSC 0.723358 SNR 5.229561e+00 FNCF 0.896087 FNCN 0.821250 FSCfull 0.839475 Cref 0.916229 NoiseWeighted 0.000000 -中略- 0.789062 0.821038 8592 FSC 0.005374 SNR 1.080707e-02 FNCF 0.889648 FNCN 0.823173 FSCfull 0.010692 Cref 0.103400 NoiseWeighted 0.000000 0.792969 0.813430 7208 FSC -0.044355 SNR -8.494283e-02 FNCF 0.891566 FNCN 0.824518 FSCfull -0.092828 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.796875 0.813393 6296 FSC -0.044580 SNR -8.535559e-02 FNCF 0.891161 FNCN 0.818115 FSCfull -0.093321 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.800781 0.812815 5544 FSC -0.048161 SNR -9.189702e-02 FNCF 0.892987 FNCN 0.824486 FSCfull -0.101197 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.804688 0.814086 5360 FSC -0.040262 SNR -7.740746e-02 FNCF 0.893581 FNCN 0.822037 FSCfull -0.083902 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.808594 0.814528 4344 FSC -0.037483 SNR -7.225678e-02 FNCF 0.896030 FNCN 0.823916 FSCfull -0.077884 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.812500 0.813960 3272 FSC -0.041049 SNR -7.886156e-02 FNCF 0.895996 FNCN 0.815310 FSCfull -0.085613 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.816406 0.816745 3096 FSC -0.023301 SNR -4.554071e-02 FNCF 0.903188 FNCN 0.808224 FSCfull -0.047714 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.820312 0.823611 2840 FSC 0.023389 SNR 4.789782e-02 FNCF 0.892511 FNCN 0.822457 FSCfull 0.045708 Cref 0.213795 NoiseWeighted 0.000000 0.824219 0.810629 2240 FSC -0.061448 SNR -1.157814e-01 FNCF 0.894149 FNCN 0.805167 FSCfull -0.130942 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.828125 0.811470 1320 FSC -0.056380 SNR -1.067427e-01 FNCF 0.895955 FNCN 0.802224 FSCfull -0.119498 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.832031 0.812934 1352 FSC -0.047426 SNR -9.055756e-02 FNCF 0.913658 FNCN 0.815504 FSCfull -0.099575 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.835938 0.823354 1152 FSC 0.021557 SNR 4.406357e-02 FNCF 0.917390 FNCN 0.826730 FSCfull 0.042204 Cref 0.205436 NoiseWeighted 0.000000 0.839844 0.817772 800 FSC -0.016595 SNR -3.264812e-02 FNCF 0.886657 FNCN 0.834540 FSCfull -0.033750 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.843750 0.824257 288 FSC 0.028009 SNR 5.763305e-02 FNCF 0.847956 FNCN 0.782642 FSCfull 0.054492 Cref 0.233436 NoiseWeighted 0.000000 0.847656 0.821916 392 FSC 0.011451 SNR 2.316754e-02 FNCF 0.862911 FNCN 0.801126 FSCfull 0.022643 Cref 0.150476 NoiseWeighted 0.000000 0.851562 0.765112 200 FSC -0.272800 SNR -4.286612e-01 FNCF 0.888032 FNCN 0.840993 FSCfull -0.750275 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.855469 0.812369 72 FSC -0.050901 SNR -9.687171e-02 FNCF 0.851466 FNCN 0.740952 FSCfull -0.107262 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.859375 0.777638 8 FSC -0.224759 SNR -3.670256e-01 FNCF 0.680124 FNCN 0.689641 FSCfull -0.579843 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.863281 0.000000 0 FSC -0.848036 SNR -9.177697e-01 FNCF 0.000000 FNCN 0.000000 FSCfull -11.160973 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000
FNCfull, Cref, NoiseWeightedの結果が表示される。
R=0にてCrefが負で0に補正されるため、全てのNoiseWeightedが0となる。
グラフでは最後の1点を除いていて表示している。
-FSCfull, -Cref, d=0.025, NoiseWeighted=-100 で実行
出力結果
0.000000 0.961060 147 FSC 19.604071 SNR -2.107503e+00 FNCF 0.881653 FNCN 0.813775 FSCfull 1.902932 Cref 1.379468 NoiseWeighted 1.379468 0.025000 0.884961 3596 FSC 0.778687 SNR 7.036960e+00 FNCF 0.890538 FNCN 0.819820 FSCfull 0.875575 Cref 0.935722 NoiseWeighted 0.950457 0.050000 0.876699 13334 FSC 0.618184 SNR 3.238129e+00 FNCF 0.901366 FNCN 0.819141 FSCfull 0.764047 Cref 0.874098 NoiseWeighted 0.930472 0.075000 0.884583 30012 FSC 0.770666 SNR 6.720909e+00 FNCF 0.893296 FNCN 0.821043 FSCfull 0.870482 Cref 0.932996 NoiseWeighted 1.073872 0.100000 0.888691 53048 FSC 0.862079 SNR 1.250108e+01 FNCF 0.894515 FNCN 0.820477 FSCfull 0.925932 Cref 0.962254 NoiseWeighted 1.235558 0.125000 0.873868 82634 FSC 0.569634 SNR 2.647204e+00 FNCF 0.893251 FNCN 0.822256 FSCfull 0.725817 Cref 0.851949 NoiseWeighted 1.259099 0.150000 0.860938 118688 FSC 0.380513 SNR 1.228478e+00 FNCF 0.892919 FNCN 0.822140 FSCfull 0.551263 Cref 0.742471 NoiseWeighted 1.303077 0.175000 0.862499 161322 FSC 0.400894 SNR 1.338309e+00 FNCF 0.895633 FNCN 0.819697 FSCfull 0.572341 Cref 0.756532 NoiseWeighted 1.626799 0.200000 0.875542 211496 FSC 0.597988 SNR 2.974978e+00 FNCF 0.892626 FNCN 0.820726 FSCfull 0.748426 Cref 0.865116 NoiseWeighted 2.351630 0.225000 0.882194 266468 FSC 0.721495 SNR 5.181196e+00 FNCF 0.893766 FNCN 0.819388 FSCfull 0.838219 Cref 0.915543 NoiseWeighted 3.245882 0.250000 0.874374 330126 FSC 0.578097 SNR 2.740421e+00 FNCF 0.892148 FNCN 0.819562 FSCfull 0.732650 Cref 0.855950 NoiseWeighted 4.083509 0.275000 0.868385 398912 FSC 0.483453 SNR 1.871867e+00 FNCF 0.893360 FNCN 0.818555 FSCfull 0.651794 Cref 0.807338 NoiseWeighted 5.347409 0.300000 0.861123 473858 FSC 0.382903 SNR 1.240984e+00 FNCF 0.894373 FNCN 0.819237 FSCfull 0.553767 Cref 0.744156 NoiseWeighted 7.060352 0.325000 0.852294 557496 FSC 0.277607 SNR 7.685764e-01 FNCF 0.894332 FNCN 0.820382 FSCfull 0.434573 Cref 0.659222 NoiseWeighted 9.243587 0.350000 0.846181 647132 FSC 0.213624 SNR 5.433115e-01 FNCF 0.893565 FNCN 0.819353 FSCfull 0.352043 Cref 0.593332 NoiseWeighted 12.685995 0.375000 0.842054 739454 FSC 0.173934 SNR 4.211135e-01 FNCF 0.894578 FNCN 0.820175 FSCfull 0.296326 Cref 0.544359 NoiseWeighted 18.310566 0.400000 0.836904 845340 FSC 0.127900 SNR 2.933142e-01 FNCF 0.895293 FNCN 0.819759 FSCfull 0.226793 Cref 0.476228 NoiseWeighted 26.001148 0.425000 0.836800 950870 FSC 0.127013 SNR 2.909839e-01 FNCF 0.894829 FNCN 0.820387 FSCfull 0.225397 Cref 0.474760 NoiseWeighted 43.409539 0.450000 0.834607 1068284 FSC 0.108519 SNR 2.434566e-01 FNCF 0.894605 FNCN 0.819227 FSCfull 0.195790 Cref 0.442482 NoiseWeighted 69.905495 0.475000 0.831828 1190048 FSC 0.085938 SNR 1.880360e-01 FNCF 0.893867 FNCN 0.819873 FSCfull 0.158275 Cref 0.397838 NoiseWeighted 112.046453 0.500000 0.829300 1284690 FSC 0.066183 SNR 1.417471e-01 FNCF 0.893855 FNCN 0.821343 FSCfull 0.124149 Cref 0.352348 NoiseWeighted 182.520960 0.525000 0.827369 1227836 FSC 0.051568 SNR 1.087446e-01 FNCF 0.894786 FNCN 0.820592 FSCfull 0.098079 Cref 0.313176 NoiseWeighted 307.856690 0.550000 0.824926 1141760 FSC 0.033639 SNR 6.962054e-02 FNCF 0.893119 FNCN 0.820052 FSCfull 0.065089 Cref 0.255125 NoiseWeighted 491.027655 0.575000 0.824884 1043124 FSC 0.033335 SNR 6.896969e-02 FNCF 0.894419 FNCN 0.819959 FSCfull 0.064520 Cref 0.254007 NoiseWeighted 987.556329 0.600000 0.823838 930008 FSC 0.025857 SNR 5.308599e-02 FNCF 0.894395 FNCN 0.819809 FSCfull 0.050410 Cref 0.224522 NoiseWeighted 1819.317450 0.625000 0.822523 803708 FSC 0.016596 SNR 3.375260e-02 FNCF 0.894275 FNCN 0.820134 FSCfull 0.032651 Cref 0.180695 NoiseWeighted 3148.491102 0.650000 0.821119 663864 FSC 0.006894 SNR 1.388304e-02 FNCF 0.894622 FNCN 0.820588 FSCfull 0.013693 Cref 0.117017 NoiseWeighted 4523.596884 0.675000 0.820229 512012 FSC 0.000838 SNR 1.678337e-03 FNCF 0.893624 FNCN 0.820495 FSCfull 0.001676 Cref 0.040933 NoiseWeighted 3622.105778 0.700000 0.819524 348596 FSC -0.003899 SNR -7.768473e-03 FNCF 0.894646 FNCN 0.819049 FSCfull -0.007829 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.725000 0.818723 217808 FSC -0.009236 SNR -1.830228e-02 FNCF 0.893341 FNCN 0.820796 FSCfull -0.018643 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.750000 0.820472 135048 FSC 0.002487 SNR 4.985434e-03 FNCF 0.891864 FNCN 0.822416 FSCfull 0.004961 Cref 0.070432 NoiseWeighted 0.000000 0.775000 0.825089 77288 FSC 0.034817 SNR 7.214486e-02 FNCF 0.895766 FNCN 0.818517 FSCfull 0.067290 Cref 0.259404 NoiseWeighted 0.000000 0.800000 0.815167 38120 FSC -0.032256 SNR -6.249550e-02 FNCF 0.898301 FNCN 0.823939 FSCfull -0.066662 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.825000 0.816419 13488 FSC -0.024276 SNR -4.740110e-02 FNCF 0.894416 FNCN 0.824161 FSCfull -0.049760 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.850000 0.814605 1760 FSC -0.035796 SNR -6.911783e-02 FNCF 0.894095 FNCN 0.806454 FSCfull -0.074250 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000
R=0.675000までNoiseweightedが出力されている。
グラフでは最初の1点を除いていて表示している。
このようにFNCがFNCF, FNCNの間にある場合はSNR, FSC, FSCfullの推定値が正となり、Cref, NoiseWeightの値を実数として求めることができる。
-FSCと-mask, -maskBack ファイルを指定して実行2
上記の例では、maskファイルの作成にてローパスフィルタを掛けるときにhalf value point=0.0125(80Å)とかなり粗めにしていたために、ほとんど楕円に近い画像となっていました。
次はhalf value point=0.05(20Å)としてmaskファイルを用意します。
-maskのファイル: このファイルはチュートリアル一覧にて作成できます。
MASK_VALUE=0.05
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 1 (114, 141, 82) |
-maskBack: 同じファイルを使用します。
NoiseWeighted=-100, -FSCfull, -Cref
FNCF 0.914907 FNCN 0.819953 0.000000 0.991796 1 FSC 9.512511 SNR -2.234948e+00 FNCF 0.982818 FNCN 0.771068 FSCfull 1.809750 Cref 1.345270 NoiseWeighted 1.345270 0.003906 0.982392 18 FSC 5.913521 SNR -2.407040e+00 FNCF 0.979065 FNCN 0.796796 FSCfull 1.710712 Cref 1.307942 NoiseWeighted 1.308441 0.007812 0.963411 62 FSC 3.088481 SNR -2.957634e+00 FNCF 0.971746 FNCN 0.760178 FSCfull 1.510821 Cref 1.229154 NoiseWeighted 1.231031 0.011719 0.934883 98 FSC 1.532837 SNR -5.753490e+00 FNCF 0.963111 FNCN 0.803158 FSCfull 1.210372 Cref 1.100169 NoiseWeighted 1.103953 0.015625 0.902410 210 FSC 0.767399 SNR 6.598402e+00 FNCF 0.955381 FNCN 0.827784 FSCfull 0.868393 Cref 0.931876 NoiseWeighted 0.937581 0.019531 0.864067 350 FSC 0.302572 SNR 8.676784e-01 FNCF 0.940646 FNCN 0.801457 FSCfull 0.464576 Cref 0.681598 NoiseWeighted 0.688129 0.023438 0.841587 450 FSC 0.128559 SNR 2.950497e-01 FNCF 0.929146 FNCN 0.807370 FSCfull 0.227829 Cref 0.477314 NoiseWeighted 0.483914 0.027344 0.856990 602 FSC 0.242277 SNR 6.394883e-01 FNCF 0.922377 FNCN 0.819179 FSCfull 0.390054 Cref 0.624543 NoiseWeighted 0.636326 0.031250 0.887424 762 FSC 0.551068 SNR 2.455017e+00 FNCF 0.922938 FNCN 0.811850 FSCfull 0.710566 Cref 0.842951 NoiseWeighted 0.863784 0.035156 0.887318 1142 FSC 0.549727 SNR 2.441751e+00 FNCF 0.924502 FNCN 0.804822 FSCfull 0.709450 Cref 0.842289 NoiseWeighted 0.868721 0.039062 0.879608 1250 FSC 0.457992 SNR 1.689984e+00 FNCF 0.927185 FNCN 0.798498 FSCfull 0.628251 Cref 0.792623 NoiseWeighted 0.823443 0.042969 0.874892 1458 FSC 0.407043 SNR 1.372928e+00 FNCF 0.927562 FNCN 0.809349 FSCfull 0.578580 Cref 0.760644 NoiseWeighted 0.796577 0.046875 0.874435 1814 FSC 0.402297 SNR 1.346145e+00 FNCF 0.920495 FNCN 0.820928 FSCfull 0.573769 Cref 0.757475 NoiseWeighted 0.800249 0.050781 0.877405 2178 FSC 0.433740 SNR 1.531945e+00 FNCF 0.907902 FNCN 0.804488 FSCfull 0.605047 Cref 0.777848 NoiseWeighted 0.829646 0.054688 0.875931 2498 FSC 0.417965 SNR 1.436221e+00 FNCF 0.903627 FNCN 0.813420 FSCfull 0.589528 Cref 0.767807 NoiseWeighted 0.827416 0.058594 0.876247 2622 FSC 0.421315 SNR 1.456114e+00 FNCF 0.912572 FNCN 0.826763 FSCfull 0.592853 Cref 0.769969 NoiseWeighted 0.838975 0.062500 0.884193 3338 FSC 0.511185 SNR 2.091527e+00 FNCF 0.916913 FNCN 0.821846 FSCfull 0.676535 Cref 0.822518 NoiseWeighted 0.906895 0.066406 0.890079 3722 FSC 0.585445 SNR 2.824450e+00 FNCF 0.917732 FNCN 0.820012 FSCfull 0.738524 Cref 0.859374 NoiseWeighted 0.959536 0.070312 0.888096 4170 FSC 0.559622 SNR 2.541557e+00 FNCF 0.918467 FNCN 0.831005 FSCfull 0.717638 Cref 0.847135 NoiseWeighted 0.958583 0.074219 0.881947 4358 FSC 0.484656 SNR 1.880902e+00 FNCF 0.920695 FNCN 0.829698 FSCfull 0.652886 Cref 0.808014 NoiseWeighted 0.927312 -中略- 0.644531 0.822764 109556 FSC 0.015021 SNR 3.049937e-02 FNCF 0.914710 FNCN 0.819465 FSCfull 0.029597 Cref 0.172037 NoiseWeighted 5571.763528 0.648438 0.820426 104768 FSC 0.002494 SNR 5.000113e-03 FNCF 0.916695 FNCN 0.818935 FSCfull 0.004975 Cref 0.070535 NoiseWeighted 2591.879420 0.652344 0.820764 101724 FSC 0.004285 SNR 8.606361e-03 FNCF 0.915339 FNCN 0.815352 FSCfull 0.008533 Cref 0.092374 NoiseWeighted 3854.118436 0.656250 0.821992 98396 FSC 0.010851 SNR 2.194065e-02 FNCF 0.914227 FNCN 0.817587 FSCfull 0.021470 Cref 0.146525 NoiseWeighted 6946.843637 0.660156 0.820556 94632 FSC 0.003182 SNR 6.384020e-03 FNCF 0.912940 FNCN 0.820474 FSCfull 0.006344 Cref 0.079646 NoiseWeighted 4294.096180 0.664062 0.819228 90908 FSC -0.003806 SNR -7.583799e-03 FNCF 0.912924 FNCN 0.819343 FSCfull -0.007642 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.667969 0.819197 86684 FSC -0.003967 SNR -7.901843e-03 FNCF 0.914583 FNCN 0.817105 FSCfull -0.007965 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.671875 0.820568 82776 FSC 0.003245 SNR 6.510316e-03 FNCF 0.915174 FNCN 0.819274 FSCfull 0.006468 Cref 0.080425 NoiseWeighted 0.000000 0.675781 0.820683 80372 FSC 0.003858 SNR 7.746611e-03 FNCF 0.913751 FNCN 0.818000 FSCfull 0.007687 Cref 0.087676 NoiseWeighted 0.000000 0.679688 0.821076 75108 FSC 0.005946 SNR 1.196247e-02 FNCF 0.913970 FNCN 0.815727 FSCfull 0.011821 Cref 0.108725 NoiseWeighted 0.000000 -中略- 0.828125 0.811470 1320 FSC -0.042763 SNR -8.201861e-02 FNCF 0.917130 FNCN 0.825454 FSCfull -0.089347 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.832031 0.812934 1352 FSC -0.035646 SNR -6.883734e-02 FNCF 0.920492 FNCN 0.823277 FSCfull -0.073926 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.835938 0.823354 1152 FSC 0.018231 SNR 3.713860e-02 FNCF 0.925875 FNCN 0.800023 FSCfull 0.035809 Cref 0.189232 NoiseWeighted 0.000000 0.839844 0.817772 800 FSC -0.011359 SNR -2.246248e-02 FNCF 0.931022 FNCN 0.818680 FSCfull -0.022979 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.843750 0.824257 288 FSC 0.023185 SNR 4.747129e-02 FNCF 0.926149 FNCN 0.862458 FSCfull 0.045320 Cref 0.212885 NoiseWeighted 0.000000 0.847656 0.821916 392 FSC 0.010442 SNR 2.110497e-02 FNCF 0.912921 FNCN 0.826884 FSCfull 0.020669 Cref 0.143766 NoiseWeighted 0.000000 0.851562 0.765112 200 FSC -0.224072 SNR -3.661096e-01 FNCF 0.904654 FNCN 0.721120 FSCfull -0.577560 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.855469 0.812369 72 FSC -0.038404 SNR -7.396801e-02 FNCF 0.878913 FNCN 0.789634 FSCfull -0.079876 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.859375 0.777638 8 FSC -0.182221 SNR -3.082684e-01 FNCF 0.792984 FNCN 0.764045 FSCfull -0.445647 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000 0.863281 0.000000 0 FSC -0.811947 SNR -8.962150e-01 FNCF 0.000000 FNCN 0.000000 FSCfull -8.635308 Cref 0.000000 NoiseWeighted 0.000000
刻み幅dがデフォルトの場合でも、R=0.660156のデータまでをみえるようになりました。
グラフでは最初の4点と最後の1点を除いていて表示している。
SN比毎のデータ比較
下記のようにSN比が異なる入力ファイルについての結果を比較します。
それぞれの入力画像(パディング前)
SN比 |
SN=0.3 |
SN=1 |
SN=3 |
SN=10 |
SN=100 |
xy平面 |
|||||
最小 最大 |
|
|
|
|
参考文献
Ab initio resolution measurement for single particle structures (FNC, FNCF, FNCNを求めてSNR、FSCを推定する)
Single particle electron microscopy (FSCからCref, NoiseWeightedを求める)