mrcImageNormalizing

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mrcImageNormalizingとは画像の値の正規化を行うEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-o 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-A 選択 A 1.0
-B 選択 B 0.0
-ContourMin 選択 輪郭の最小値 0.0
-ContourMax 選択 輪郭の最大値 1.0
-ContourSolvent 選択 溶媒の輪郭 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  


モードの詳細

モード 説明
0 Double Exponential: Solvent and Object

Fitting histgram to double exponentials as Solvent and Object

data = A*(data-MeanOfSolvent)/(MeanOfObject-MeanOfSolvent) + B
1 Min-Max: Background and Object
data = A*(data-Min)/(Max-Min) + B
2 Contour
data = A*(data-ContourMin)/(ContourMax-ContourMin) + B
3 Contour and Solvent

if data < ContourSolvent, data = ContourSolvent. After this, calculate the below.

data = A*(data-ContourMin)/(ContourMax-ContourMin) + B
4 直接演算する
data = A*data + B
5 ガウシアンとして密度を仮定する

data = A*Normalized(data) + B

Normalized(data): 平均値: 0, 標準偏差: 1としたもの

実行例

入力ファイルの画像

Input-1VOM-N-2D.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-18651.7 (10, 1, 0)

52942.7 (24, 39, 0)
7214.87
10067.6

125.845


オプション必須項目のみの場合

Outdata-mrcImageNormalizing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-0.00221962 (10, 1, 0)

0.00448009 (24, 39, 0)
0.000200939
0.000942109

1.17764e-05


オプション -A, -B

A=1000, B=3で実行

Outdata-m0-mrcImageNormalizing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0.780381 (10, 1, 0)

7.48009 (24, 39, 0)
3.20094
0.942109

0.0117764

オプション -m

m=5で実行

A=1, B=0 のとき
Outdata-m5-mrcImageNormalizing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-2.5693 (10, 1, 0)

4.5421 (24, 39, 0)
-3.70619e-12
1

0.0125

平均値が0、標準偏差が1になるように正規化されている。

A=3, B=2 のとき
Outdata1-m5-mrcImageNormalizing.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

-5.70789 (10, 1, 0)

15.6263 (24, 39, 0)
2
3

0.0375

平均値が2、標準偏差が3になるように正規化されている。