pdb2mrc

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pdb2mrcとはPDBファイルをmrcファイルとして、密度を計算して変換するEosコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: PDB NULL
-o 選択 出力ファイル: mrcImage NULL
-nx 選択 出力画像x軸の幅を設定 1
-ny 選択 出力画像y軸の幅を設定 1
-nz 選択 出力画像z軸の幅を設定 1
-Sx 選択 入力ファイルの読み込み開始地点設定(x軸) 0.0
-Sy 選択 入力ファイルの読み込み開始地点設定(y軸) 0.0
-Sz 選択 入力ファイルの読み込み開始地点設定(z軸) 0.0
-dx 選択 1ピクセルのx軸の幅を設定 2.5
-dy 選択 1ピクセルのy軸の幅を設定 2.5
-dz 選択 1ピクセルのz軸の幅を設定 2.5
-w 選択 重量を設定 1.0
-sig 選択 原子の半径 0.0
-m 選択 モード設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

※ 出力するmrcImageのサイズが大きすぎるとエラーとなる場合がある。そのときはPDBファイル自体のサイズを小さくするか、-dxなどのパラメータを再設定してサイズを調整する。

モード説明

モード 説明
0 Gaussian
1 WentzelAtomModel


実行例

入力ファイルの画像

121p.png
pdbInfoでみた入力ファイルの詳細
121p-Info.png

入力データ

オプションを使用し、画像に物体が写るよう調整する
今回の入力ファイルではオプションを下記のように設定
-nx 100
-ny 100
-nz 1
-Sx -18
-Sy -1
-Sz 0.5
-dx 0.5
-dy 0.5
-dz 60


オプション -m

m=0で実行

121p.m3.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

4
0.1364
0.39089
0.0039089

1364


m=1で実行

121p.m2.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

9516.95
1100.45
1467.25
14.6725

1.10045e+07


オプション -w

w=10で実行


オプション指定前の画像データ
121p.m5.info.png

オプション指定後の画像データ
121p.m5.info2.png

オプション -sig

sig=1で実行

121p.m4.png

最小

最大
平均値
標準偏差
標準誤差

合計

0

0.251258
0.0430626
0.0499095
0.000499095

430.626