pdbNearAtomListShow

pdbNearAtomListShowとはPDBファイルから周辺の原子情報を得るEosのコマンドである。

オプション一覧

メインオプション

オプション	必須項目/選択項目	説明	デフォルト
-i	必須	入力ファイル: PDB	NULL
-o	選択	出力ファイル: ASCII(座標リスト)	stdout
-P	選択	POI: (Px, Py, Pz)	(0.0, 0.0, 0.0)
-V	選択	VOI: mrcImage	NULL
-C	選択	VOIの閾値(-V のみ使用)	0.0
-d	選択	距離: [A]	0.0
-c	選択	コンフィグファイル設定	NULL
-m	選択	モードを設定	0
-h	選択	ヘルプを表示

-P, -Vのどちらかを使用する(-Pが優先)

モードの詳細

モード	説明
0

実行例

入力ファイルの画像

重心 最大半径 最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 24.77 23.85 28.04

オプション必須項目のみの場合

No ATOM

この入力ファイルではデフォルトの設定で原子を見つけることはできない。

オプション　-P, -d

P=(25, 25, 25), d=4で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

2.462900e+01 2.550600e+01 2.299300e+01 5.227511e+00 2.81 2.28 5.20

オプション　-V

使用ファイルの画像

xy平面

yz平面

最小 最大 平均値 標準偏差 標準誤差

0 (0, 0, 0) 3500.79 (24, 28, 5) 88.3104 323.414 0.914753

d=0.3で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

4.250222e+00 2.688167e+01 1.551100e+01 2.727775e+01 21.57 22.63 26.38

C=3500, d=0.3で実行

重心 最大半径 最大半径(座標)

5.977000e+00 2.695800e+01 -1.009600e+01 0.000000e+00 0.00 0.00 0.00