pdbPCA

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pdbPCAとはPDBファイルで指定された原子モデルの軸を求めるためのEosコマンドである。主成分分析PCA)により、3つの直交する軸を求める。第一主成分が、分子のもっとも長い向きを表すことになる。

オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 選択 入力ファイル: PDB stdion(設定しなければ標準入力)
-o 選択 出力ファイル:計算結果を出力: ASCII stdout(設定しなければ標準出力)
-oU 選択 出力ファイル:Unit Vector: ASCII(Array) NULL(設定しなければ出力しない)
-oM 選択 出力ファイル:Unit Vector: ASCII(Marix3D) NULL(設定しなければ出力しない)
-oPDB 選択 出力ファイル:Unit Vectorで回転した原子モデル: PDB
       第1,2,3主成分軸がx, y, z軸
NULL(設定しなければ出力しない)
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  

モードの詳細

モード 説明
0


実行例

 $ pdbPCA -i 1VOM.pdb 
 Program Start
 (0,0):=1149624.289131
 (0,1):=-118627.789270
 (0,2):=315483.835955
 (1,0):=-118627.789270
 (1,1):=2010078.268384
 (1,2):=-1021173.592972
 (2,0):=315483.835955
 (2,1):=-1021173.592972
 (2,2):=2127164.855685
 nrot for PCA: 11
 Result
 C: covariance matrix
 2 3 3 
  1149624.250000  -118627.789062   315483.843750 
  -118627.789062  2010078.250000 -1021173.562500 
   315483.843750 -1021173.562500  2127164.750000 
 u: unit vector
 2 3 3 
        0.154886       -0.671246        0.724871         # 第一主成分の固有ベクトル
        0.767707        0.543582        0.339330         # 第二主成分の固有ベクトル
       -0.621801        0.503931        0.599514     # 第三主成分の固有ベクトル
 lambda^2: lambda^2
 1 3 
  3140204.500000  1205074.000000   941588.812500 
 #第一主成分   #第二主成分   # 第三主成分


入力ファイルの詳細

Input-1VOM-PDB.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.727136e+01 3.631518e+01 -2.983928e+01

5.314867e+01

40.92 41.49 48.47


オプション必須項目のみの場合

-o のデータ
Result
C: covariance matrix
2 3 3 
 1149624.250000  -118627.789062   315483.843750 
 -118627.789062  2010078.250000 -1021173.562500 
  315483.843750 -1021173.562500  2127164.750000 
u: unit vector
2 3 3 
       0.154886       -0.671246        0.724871 
       0.767707        0.543582        0.339330 
      -0.621801        0.503931        0.599514 
lambda^2: lambda^2
1 3 
 3140204.500000  1205074.000000   941588.812500 
Averege: Center Position
1 3 
      66.530304       36.237804      -29.722399 


-oU のデータ
2 3 3 
       0.154886       -0.671246        0.724871 
       0.767707        0.543582        0.339330 
      -0.621801        0.503931        0.599514 


-oM のデータ
       0.154886       -0.671246        0.724871 
       0.767707        0.543582        0.339330 
      -0.621801        0.503931        0.599514 
       0.000000        0.000000        0.000000 


-oPDB のデータ
Outdata-pdbPCA.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-3.558668e+01 6.125959e+01 -4.141817e+01

5.314899e+01

48.12 36.21 35.41