「pdbRhoFitTm」の版間の差分

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== 実行例 ==
 
== 実行例 ==
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===入力ファイルの画像===
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====pdbの画像====
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Input(pdb)-pdbRhoFitTm.png]]</td>
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<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
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最大半径(座標)<br> </p>
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</td>
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<td><p align="left">6.053012e+00    2.519590e+01    1.189075e+01<br>
 +
3.286664e+01  <br>
 +
24.77      23.85      28.04 <br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
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====[[mrcImage]]の画像====
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Input(mrc)-pdbRhoFitTm.png]]</td>
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<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
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<td><p align="left">0 (0, 0, 0)<br>
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5 (34, 41, 36)<br>
 +
0.00471829<br>
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0.0933498<br>
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0.000162869<br></p>
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</td>
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</tr>
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</table>
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===オプション -C===
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====C=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110で実行====
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=====pdbの画像=====
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata(pdb)-C-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
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最大半径(座標)<br> </p>
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</td>
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<td><p align="left">-4.127895e+01    1.871655e+02    2.597458e+00<br>
 +
3.823911e+01 <br>
 +
21.51      36.99      20.84<br></p>
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</td>
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</tr>
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</table>
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=====[[mrcImage]]の画像=====
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata(mrc)-C-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
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平均値<br>
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標準偏差<br>
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標準誤差<br></p>
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</td>
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<td><p align="left">0 (10, 0, 0)<br>
 +
15519 (32, 8, 0)<br>
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125.844<br>
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1103.92<br>
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7.06681<br></p>
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</td>
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</tr>
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</table>
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===オプション -Sx===
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====Sx=0, Sy=110, Sz=110, C=1で実行====
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=====pdbの画像=====
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata(pdb)-Sx-pdbRhoFitTm.png]]</td>
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<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
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最大半径(座標)<br> </p>
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</td>
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<td><p align="left">-4.086051e+01    2.123659e+02    2.597458e+00<br>
 +
3.823867e+01<br>
 +
32.66      29.04      20.84<br></p>
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</td>
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</tr>
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</table>
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=====[[mrcImage]]の画像=====
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<table>
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<tr>
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<td>[[画像:Outdata(mrc)-Sx-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (15, 0, 0)<br>
 +
12888 (4, 8, 0)<br>
 +
95.5124<br>
 +
842.466<br>
 +
5.39311<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
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</table>
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===オプション -Sy===
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====Sy=0, Sx=55, Sz=110, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
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<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-Sy-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.957797e+00  -1.917446e+01    2.597458e+00<br>
 +
3.823857e+01 <br>
 +
33.06      28.34      20.84<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
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<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-Sy-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (18, 0, 0)<br>
 +
14125 (93, 8, 0)<br>
 +
119.109<br>
 +
992.326<br>
 +
6.35246<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
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 +
===オプション -Sz===
 +
====Sz=0, Sx=55, Sy=110, C=1で実行====
 +
=====pdbの画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(pdb)-Sz-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心<br>
 +
最大半径<br>
 +
最大半径(座標)<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">-4.127895e+01    1.871655e+02    2.597458e+00<br>
 +
3.823911e+01 <br>
 +
21.51      36.99      20.84<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 +
=====[[mrcImage]]の画像=====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata(mrc)-Sz-pdbRhoFitTm.png]]</td>
 +
<td><p align="left">最小<br>
 +
最大<br>
 +
平均値<br>
 +
標準偏差<br>
 +
標準誤差<br></p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">0 (10, 0, 0)<br>
 +
15519 (32, 8, 0)<br>
 +
125.844<br>
 +
1103.92<br>
 +
7.06681<br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>

2013年11月13日 (水) 01:25時点における版

pdbRhoFitTmとはEosコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-ipdb 必須 入力ファイル: [pdb] (原子モデル) NULL
-imrc 必須 入力ファイル: mrcImage NULL
-Sx 必須 xの回転軸 55
-Sy 必須 yの回転軸 110
-Sz 必須 zの回転軸 110
-omrc 必須 出力ファイル: mrcImage NULL
-otxt 選択 出力ファイル: [テキスト] NULL
-opdb 選択 出力ファイル: [pdb] NULL
-xmin 選択 xの最小 0
-xmax 選択 xの最大 0
-xd 選択 xの間隔 1
-ymin 選択 yの最小 0
-ymax 選択 yの最大 0
-yd 選択 yの間隔 1
-zmin 選択 zの最小 0
-zmax 選択 zの最大 82
-zd 選択 zの間隔 1
-EA 選択 オイラー角 ZOYS
-phimin 選択 phiの最小: [degree] 0
-phimax 選択 phiの最大: [degree] 194
-phid 選択 phiの間隔: [degree] 2
-psimin 選択 psiの最小: [degree] 0
-psimax 選択 psiの最大: [degree] 0
-psid 選択 psiの間隔: [degree] 2
-thetamin 選択 thetaの最小: [degree] 0
-thetamax 選択 thetaの最大: [degree] 0
-thetad 選択 thetaの間隔: [degree] 2
-nw 選択 weight for normalize 100000000.0
-nC 選択 Contour Level for Normalize 0.0
-I 選択 黒を高密度とする
-Zminus 選択 Shift to -z
-Tfactor 選択 Consider T factor
-Tlim 選択 The atom will be neglected 60
-Centre 選択 Filament-axis is x=0, y=0
-C Variable コンターレベル 0.0
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示  
    -ipdb   : Filename of pdb file of atomic model
    -imrc   : Filename of mrc file of contour map
    -omrc   : Filename of mrc file of fitting results
    -otxt   : Filename of text file of fitting results
    -opdb   : Filename of pdb file with a max score after fitting results
    -zmin   : Initial value of z (should <= zmax)
    -zmax   : Final value of z
    -zd     : Delta z for fitting (should >0)
    -phimin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0)
    -phimax : Final value of phi (should >0)
    -phid   : Delta phi for fitting (should >0)
    -C      : Contour level (variable and MUST be last option)
    -Inverse: Protein has high density on the image
    -Sx	    : x of rotation axis
    -Sy     : y of rotation axis
    -Sz     : z of rotation axis
    -Zminus : Atomic model shift to -z while fitting
    -Tfactor: Consider temperature factor
    -Tlim   : The atoms whose T factor is above Tlim will be neglected
    -Centre : Filament-axis is x=0, y=0

モードの詳細

モード 説明
0 輪郭内の原子数をカウントする
1 原子の密度を加える


実行例

入力ファイルの画像

pdbの画像

Input(pdb)-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01

3.286664e+01

24.77 23.85 28.04

mrcImageの画像

Input(mrc)-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (0, 0, 0)

5 (34, 41, 36)
0.00471829
0.0933498

0.000162869

オプション -C

C=1, Sx=55, Sy=110, Sz=110で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-C-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00

3.823911e+01

21.51 36.99 20.84

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-C-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (10, 0, 0)

15519 (32, 8, 0)
125.844
1103.92

7.06681

オプション -Sx

Sx=0, Sy=110, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-Sx-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-4.086051e+01 2.123659e+02 2.597458e+00

3.823867e+01

32.66 29.04 20.84

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-Sx-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (15, 0, 0)

12888 (4, 8, 0)
95.5124
842.466

5.39311

オプション -Sy

Sy=0, Sx=55, Sz=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-Sy-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

2.957797e+00 -1.917446e+01 2.597458e+00

3.823857e+01

33.06 28.34 20.84

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-Sy-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (18, 0, 0)

14125 (93, 8, 0)
119.109
992.326

6.35246

オプション -Sz

Sz=0, Sx=55, Sy=110, C=1で実行

pdbの画像
Outdata(pdb)-Sz-pdbRhoFitTm.png

重心

最大半径

最大半径(座標)

-4.127895e+01 1.871655e+02 2.597458e+00

3.823911e+01

21.51 36.99 20.84

mrcImageの画像
Outdata(mrc)-Sz-pdbRhoFitTm.png

最小

最大
平均値
標準偏差

標準誤差

0 (10, 0, 0)

15519 (32, 8, 0)
125.844
1103.92

7.06681