「pdbShapeFit」の版間の差分
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<td>-ipdb</td> | <td>-ipdb</td> | ||
<td>必須</td> | <td>必須</td> | ||
− | <td>入力ファイル: [ | + | <td>入力ファイル: [[PDB]] (原子モデル)</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-otxt</td> | <td>-otxt</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル: [ | + | <td>出力ファイル: [[ASCII]]</td> |
<td>stdout</td> | <td>stdout</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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<td>-opdb</td> | <td>-opdb</td> | ||
<td>選択</td> | <td>選択</td> | ||
− | <td>出力ファイル: [ | + | <td>出力ファイル: [[PDB]]</td> |
<td>NULL</td> | <td>NULL</td> | ||
</tr> | </tr> | ||
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118.123<br> | 118.123<br> | ||
0.118123<br></p> | 0.118123<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション必須項目のみの場合=== | ||
+ | ====C=1000で実行==== | ||
+ | <div>-omrc の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata-pdbShapeFit.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">0 (26, 0, 0)<br> | ||
+ | 63487.6 (0, 1, 0)<br> | ||
+ | 1405.62<br> | ||
+ | 2975.04<br> | ||
+ | 32.9869<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-otxt のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | REMARK Create Contour Surface of mrcImage | ||
+ | REMARK Create Surface of pdbFile | ||
+ | START 0.00 0 | ||
+ | MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
+ | START 1.00 1 | ||
+ | MAX 0.00 1.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) | ||
+ | START 2.00 2 | ||
+ | START 3.00 3 | ||
+ | START 4.00 4 | ||
+ | START 5.00 5 | ||
+ | START 6.00 6 | ||
+ | |||
+ | -中略- | ||
+ | |||
+ | START 78.00 78 | ||
+ | START 79.00 79 | ||
+ | START 80.00 80 | ||
+ | START 81.00 81 | ||
+ | START 82.00 82 | ||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-opdb の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1-pdbShapeFit.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left">6.053012e+00 2.519590e+01 1.289075e+01<br> | ||
+ | 3.286664e+01 <br> | ||
+ | 24.77 23.85 28.04<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | ===オプション -=== | ||
+ | ====で実行==== | ||
+ | <div>-omrc の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata--pdbShapeFit.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">最小<br> | ||
+ | 最大<br> | ||
+ | 平均値<br> | ||
+ | 標準偏差<br> | ||
+ | 標準誤差<br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left"><br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br></p> | ||
+ | </td> | ||
+ | </tr> | ||
+ | </table> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-otxt のデータ</div> | ||
+ | <pre> | ||
+ | |||
+ | </pre> | ||
+ | <br> | ||
+ | |||
+ | <div>-opdb の画像</div> | ||
+ | <table> | ||
+ | <tr> | ||
+ | <td>[[画像:Outdata1--pdbShapeFit.png]]</td> | ||
+ | <td><p align="left">重心<br> | ||
+ | 最大半径<br> | ||
+ | 最大半径(座標)<br> </p> | ||
+ | </td> | ||
+ | <td><p align="left"><br> | ||
+ | <br> | ||
+ | <br> </p> | ||
</td> | </td> | ||
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2014年3月7日 (金) 06:12時点における版
目次
オプション一覧
メインオプション
オプション | 必須項目/選択項目 | 説明 | デフォルト |
---|---|---|---|
-ipdb | 必須 | 入力ファイル: PDB (原子モデル) | NULL |
-imrc | 必須 | 入力ファイル: mrcImage(3D) | NULL |
-C | 必須 | Contour | 0.0 |
-CM | 選択 | ContourMode: refer to mrcImageContourSurfaceCreate | 0 |
-omrc | 選択 | 出力ファイル: mrcImage | NULL |
-otxt | 選択 | 出力ファイル: ASCII | stdout |
-opdb | 選択 | 出力ファイル: PDB | NULL |
-xmin | 選択 | xの最小 | 0 |
-xmax | 選択 | xの最大 | 0 |
-xd | 選択 | xの間隔 | 1 |
-ymin | 選択 | yの最小 | 0 |
-ymax | 選択 | yの最大 | 0 |
-yd | 選択 | yの間隔 | 1 |
-zmin | 選択 | zの最小 | 0 |
-zmax | 選択 | zの最大 | 82 |
-zd | 選択 | zの間隔 | 1 |
-EA | 選択 | オイラー角の回転モード | ZOYS |
-phimin | 選択 | phiの最小: [degree] | 0 |
-phimax | 選択 | phiの最大: [degree] | 194 |
-phid | 選択 | phiの間隔: [degree] | 2 |
-psimin | 選択 | psiの最小: [degree] | 0 |
-psimax | 選択 | psiの最大: [degree] | 0 |
-psid | 選択 | psiの間隔: [degree] | 2 |
-thetamin | 選択 | thetaの最小: [degree] | 0 |
-thetamax | 選択 | thetaの最大: [degree] | 0 |
-thetad | 選択 | thetaの間隔: [degree] | 2 |
-PSM | 選択 | PDB SurfaceMode: refer to pdbSurface | 0 |
-order | 選択 | order: refer to pdbSurface | 1.7 |
-refine | 選択 | refine: refer to pdbSurface | 2 |
-size | 選択 | size: refer to pdbSurface | 3 |
-weight | 選択 | weight: refer to pdbSurface | 100 |
-mergin | 選択 | mergin: refer to pdbSurface | 3.0 |
-thres | 選択 | threshold: refer to pdbSurface | 0.0 |
-I | 選択 | 黒を高密度とする | |
-Centre | 選択 | Filament-axis is x=0, y=0 | |
-c | 選択 | コンフィグファイル設定 | NULL |
-m | 選択 | モードを設定 | 0 |
-h | 選択 | ヘルプを表示 |
-ipdb : Filename : An atomic model to be fitted (PDB) -imrc : Filename : 3-D density map (mrc-formated) -omrc : Filename : fitting score map (MRC) z=0: a max-score map of an phi-z plane which includes a max score point. The max score mean a maximum score in all x-y-psi-theta plane with specific values of phi and z. z=1: a max-score map of an psi-theta plane which includes a max score point. The max score mean a maximum score in all x-y plane with specific values of psi, theta, phi and z. z=2: a score map of an x-y plane which includes a max score point. -otxt : Filename : fitting results (Text) -opdb : Filename : An atomic model with a maximum score after fitting -x|y|zmin : Initial value of z (should <= zmax) -x|y|zmax : Final value of z -x|y|zd : Delta z for fitting (should !=0) -phi|psi|thetamin : Initial value of phi (should <= phimax; initial value of phi is 0) -phi|psi|thetamax : Final value of phi (should !=0) -phi|psi|thetad : Delta phi for fitting (should >0) -C : Contour level of map file -Inverse: Protein has high density on the image -Centre : Filament-axis in an inPDBFile is along the line of x=0, y=0 -EA : Euler Angle Set : ZOYS: z -> y -> x
モードの詳細
モード | 説明 |
---|---|
0 | 輪郭内の原子数をカウントする |
実行例
入力ファイルの画像
-ipdbのファイルの画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.189075e+01 3.286664e+01 |
-imrcのファイルの画像
最小 最大 |
0 (0, 0, 0) 3500.79 (49, 53, 30) |
オプション必須項目のみの場合
C=1000で実行
-omrc の画像
最小 最大 |
0 (26, 0, 0) 63487.6 (0, 1, 0) |
-otxt のデータ
REMARK Create Contour Surface of mrcImage REMARK Create Surface of pdbFile START 0.00 0 MAX 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 1.00 1 MAX 0.00 1.00 0.00 0.00 0.00 0.00 (phi,z,psi,theta,x,y) START 2.00 2 START 3.00 3 START 4.00 4 START 5.00 5 START 6.00 6 -中略- START 78.00 78 START 79.00 79 START 80.00 80 START 81.00 81 START 82.00 82
-opdb の画像
重心 最大半径 |
6.053012e+00 2.519590e+01 1.289075e+01 3.286664e+01 |
オプション -
で実行
-omrc の画像
ファイル:Outdata--pdbShapeFit.png | 最小 最大 |
|
-otxt のデータ
-opdb の画像
ファイル:Outdata1--pdbShapeFit.png | 重心 最大半径 |
|