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(ページの作成:「'''pdbWaterAdd'''とはEosのコマンドである。 == オプション一覧 == ===メインオプション=== <table border="1"> <tr> <th>オプシ...」)
 
行33: 行33:
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>水の半径(m=0, 1で使用)</td>  
 
<td>水の半径(m=0, 1で使用)</td>  
−
<td>100.</td>  
+
<td>100</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行39: 行39:
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>水の高さ(m=1で使用)</td>  
 
<td>水の高さ(m=1で使用)</td>  
−
<td>100.</td>  
+
<td>100</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-cube</td>  
 
<td>-cube</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>Cube: [A]: (X, Y, Z))</td>  
+
<td>(X, Y, Z): [A](m=3で使用)</td>  
−
<td>(100., 100., 100.)</td>  
+
<td>(100, 100, 100)</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>-edge</td>  
 
<td>-edge</td>  
 
<td>選択</td>  
 
<td>選択</td>  
−
<td>layer number: Edge</td>  
+
<td>layer number(m=2で使用)</td>  
−
<td>3.</td>  
+
<td>3</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
<tr>  
 
<tr>  
行103: 行103:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>[[画像:Input-pdbWaterAdd.png]]</td>  
 
<td>[[画像:Input-pdbWaterAdd.png]]</td>  
−
<td><p align="left">最小<br>  
+
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
−
最大<br>  
+
最大半径: [CA]<br>  
−
平均値<br>
+
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
−
標準偏差<br>
+
−
標準誤差<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">2.500000e+01    3.750000e+01    5.000000e+01<br>  
−
<br>  
+
4.349928e+01 <br>  
−
<br>
+
16.25      33.75      41.25 <br></p>
−
<br>
+
−
<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
行122: 行118:
 
<tr>  
 
<tr>  
 
<td>[[画像:Outdata-pdbWaterAdd.png]]</td>  
 
<td>[[画像:Outdata-pdbWaterAdd.png]]</td>  
−
<td><p align="left">最小<br>  
+
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
−
最大<br>  
+
最大半径: [CA]<br>  
−
平均値<br>
+
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
−
標準偏差<br>
+
−
標準誤差<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
−
<td><p align="left"><br>  
+
<td><p align="left">2.801699e+01    4.042596e+01    5.283918e+01<br>  
−
<br>  
+
1.013542e+02<br>  
−
<br>
+
100.37    100.48    100.52 <br></p>
−
<br>
+
−
<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>  
 
</table>  
  
−
===オプション　-===
+
===オプション　-d===
−
====で実行====  
+
====d=100で実行====  
 
<table>  
 
<table>  
 
<tr>  
 
<tr>  
−
<td>[[画像:Outdata--pdbWaterAdd.png]]</td>  
+
<td>[[画像:Outdata-d-pdbWaterAdd.png]]</td>  
−
<td><p align="left">最小<br>  
+
<td><p align="left">重心: [CA]<br>  
−
最大<br>  
+
最大半径: [CA]<br>  
−
平均値<br>  
+
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
−
標準偏差<br>  
+
</td>
−
標準誤差<br></p>  
+
<td><p align="left">2.816617e+01    4.092423e+01    5.106283e+01<br>  
 +
1.007834e+02 <br>  
 +
100.40    100.25    100.30 <br></p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
===オプション　-r===
 +
====r=50で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-r-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心: [CA]<br>
 +
最大半径: [CA]<br>
 +
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.873605e+01    4.110250e+01    4.960092e+01<br>
 +
5.159114e+01<br>
 +
<br>51.20      51.08      50.52 </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
===オプション　-m===
 +
====m=1で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1(yz)-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心: [CA]<br>
 +
最大半径: [CA]<br>
 +
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.804255e+01    4.044974e+01    4.965178e+01<br>
 +
1.124507e+02 <br>
 +
100.56    100.77      51.28<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
====m=1, height=50で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1height-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td>[[画像:Outdata-m1height(yz)-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心: [CA]<br>
 +
最大半径: [CA]<br>
 +
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.810252e+01    4.051072e+01    4.965763e+01<br>
 +
1.035522e+02 <br>
 +
100.46    100.34      26.34<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
====m=2で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m2-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心: [CA]<br>
 +
最大半径: [CA]<br>
 +
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
 +
</td>
 +
<td><p align="left">2.351263e+01    3.752831e+01    4.991955e+01<br>
 +
5.244210e+01<br>
 +
26.59      43.87      50.47<br> </p>
 +
</td>
 +
</tr>
 +
</table>
 +
 
 +
====m=2で実行====
 +
<table>
 +
<tr>
 +
<td>[[画像:Outdata-m2-pdbWaterAdd.png]]</td>
 +
<td><p align="left">重心: [CA]<br>
 +
最大半径: [CA]<br>
 +
最大半径(座標): [CA, Axis]<br> </p>
 
</td>  
 
</td>  
 
<td><p align="left"><br>  
 
<td><p align="left"><br>  
 
<br>  
 
<br>  
−
<br>
+
<br> </p>
−
<br>
+
−
<br></p>  
+
 
</td>  
 
</td>  
 
</tr>  
 
</tr>  
 
</table>
 
</table>

2013年11月11日 (月) 01:22時点における版

pdbWaterAddとはEosのコマンドである。


オプション一覧

メインオプション

オプション 必須項目/選択項目 説明 デフォルト
-i 必須 入力ファイル: [pdb] NULL
-o 必須 出力ファイル: [pdb] NULL
-d 選択 水の密度: [M] 55.55555
-r 選択 水の半径(m=0, 1で使用) 100
-height 選択 水の高さ(m=1で使用) 100
-cube 選択 (X, Y, Z): [A](m=3で使用) (100, 100, 100)
-edge 選択 layer number(m=2で使用) 3
-c 選択 コンフィグファイル設定 NULL
-m 選択 モードを設定 0
-h 選択 ヘルプを表示 　

モードの詳細

モード 説明
0 球
1 円筒
2 エッジ
3 立方体


実行例

入力ファイルの画像

Input-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.500000e+01 3.750000e+01 5.000000e+01

4.349928e+01

16.25 33.75 41.25

オプション必須項目のみの場合

Outdata-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.801699e+01 4.042596e+01 5.283918e+01

1.013542e+02

100.37 100.48 100.52

オプション　-d

d=100で実行

Outdata-d-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.816617e+01 4.092423e+01 5.106283e+01

1.007834e+02

100.40 100.25 100.30

オプション　-r

r=50で実行

Outdata-r-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.873605e+01 4.110250e+01 4.960092e+01

5.159114e+01


51.20 51.08 50.52

オプション　-m

m=1で実行

Outdata-m1-pdbWaterAdd.png Outdata-m1(yz)-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.804255e+01 4.044974e+01 4.965178e+01

1.124507e+02

100.56 100.77 51.28

m=1, height=50で実行

Outdata-m1height-pdbWaterAdd.png Outdata-m1height(yz)-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.810252e+01 4.051072e+01 4.965763e+01

1.035522e+02

100.46 100.34 26.34

m=2で実行

Outdata-m2-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]

2.351263e+01 3.752831e+01 4.991955e+01

5.244210e+01

26.59 43.87 50.47

m=2で実行

Outdata-m2-pdbWaterAdd.png

重心: [CA]

最大半径: [CA]

最大半径(座標): [CA, Axis]





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